GgaINT0122264 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000014071 | ITPR2
Description
inositol 1,4,5-trisphosphate receptor, type 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6181]
Coordinates
chr1:67856778-67874912:-
Coord C1 exon
chr1:67874793-67874912
Coord A exon
chr1:67856886-67874792
Coord C2 exon
chr1:67856778-67856885
Length
17907 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATTC
5' ss Score
6.49
3' ss Seq
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3' ss Score
8.03
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TTGGCTCGTCACAATAAAACACTGCAGCAGATGCTGAAGCCAGGGTCAGATCCAGACGAAGGAGATGAAGCCTTGAGCCATTACGCCAATCATACAGCACAGATAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000014071:ENSGALT00000022784:44
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.375 A=NA C2=0.556
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]