BtaINT0078753 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000017493 | JADE1
Description
jade family PHD finger 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:30027]
Coordinates
chr17:29402961-29421827:-
Coord C1 exon
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Length
18738 bp
Sequences
Splice sites
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Seq C2 exon
GCTGCCTGCTGTTTCCCGGGGAGATCATGAAACGAGGTCGCCTTCCCAGCAGCAGTGAGGATTCTGACGACAATGGCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000017493:ENSBTAT00000032115:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development