MmuINT0118743 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000025764 | Jade1
Description
jade family PHD finger 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1925835]
Coordinates
chr3:41555731-41581272:+
Coord C1 exon
chr3:41555731-41555819
Coord A exon
chr3:41555820-41581194
Coord C2 exon
chr3:41581195-41581272
Length
25375 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAGGT
5' ss Score
9.65
3' ss Seq
GCTGTCTCATTGCTTTGCAGGCT
3' ss Score
9.12
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GCTGCCTGCTGTCTCCCGGGGAGATCATGAAACGAGGTCGCCTTCCCAGCAGCAGTGAGGATTCTGACGACAATGGCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000025764:ENSMUST00000026865:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF105134=EPL1=PU(10.3=55.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types