MmuINT0118743 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000025764 | Phf17
Description
PHD finger protein 17 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1925835]
Coordinates
chr3:41368802-41385194:+
Coord C1 exon
chr3:41368802-41368925
Coord A exon
chr3:41368926-41385116
Coord C2 exon
chr3:41385117-41385194
Length
16191 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTAATA
5' ss Score
5.56
3' ss Seq
GCTGTCTCATTGCTTTGCAGGCT
3' ss Score
9.12
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GCTGCCTGCTGTCTCCCGGGGAGATCATGAAACGAGGTCGCCTTCCCAGCAGCAGTGAGGATTCTGACGACAATGGCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000025764-Phf17:NM_001130186:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: