Special

HsaINT0123936 @ hg38

Intron Retention

Gene
Description
jade family PHD finger 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:30027]
Coordinates
chr4:128811326-128831810:+
Coord C1 exon
chr4:128811326-128811403
Coord A exon
chr4:128811404-128831732
Coord C2 exon
chr4:128831733-128831810
Length
20329 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTGACC
5' ss Score
3.89
3' ss Seq
GCTGTCTCATTGCTTTGCAGGCT
3' ss Score
9.12
Exon sequences
Seq C1 exon
ACGGCACCCGCCAGTGGGGGTGCCTCAACTTCCGCGGGCGTTTAAATAGCAGCCTCTCTCCCCTCCCACCGGTAATAG
Seq A exon
GTGACCTGGCGGCCGAGGGCGGCGGGGGAGGGAACCGGGGGAGACTCGGGAGCGAGCCTCCGCGGCACGTGGGCAGGTGCTGGGTGGCCCCGGGGCCAACTTTTGTAGCCCGCCTCTGGTGTTTGAGGAGAGGCGGCCCAGTGTGGAAATGGGGGCGGGCGGCGGCCGAGGCGCTGCTTCTCCGCTGCGGCCGGAGCGTCACCTAACGGTCCCAGCTGCGCCGCCCGGGCCGGGGTGGGGGGTTGCGGGGGCGGGGACGCCCGGCCCGCCGCGCCCGCCCCGCACAAAGCCCGCGGCGCGGGGGTGGCCGCTGCGCCCCCGCCCCGGGAACGGCCCGAAGCCCGACGCGGTCCCCGCGCCGGTTCCGGCGGGCGGCCGCAGGCGTTTGTTTGTTGGTTCCGCGCCGCCTTCCTCGCCGGATGGCTTCCTGTGACAGAGGTGATACACAGTTTCCAGAACTGTCTGGGGGCGGGAGCGGGAGCGGGAGCCGAGCCCGCTCGGAGCTCCTCGCCGCCGCTGCCGCTCCCATCTTAAAACCGTTTCTCGCCGGCGCGCCCGCCCCAGCCCGAAGGTGCCGCCCCGGAGGGACTCGGGGAGGGGGACGGCGCGGCCGTTTCCAGCGGCGCAAGTGGCTTCTGGACGCGAGGGAGCGTTTGATTTGCAACTGGGGCCGAGCGGATTGGTGCAGCTGGCGGCGGCGGGGCGGGAGGAGCTGCCGCGGCGGGGGGTGGCCACTTTCAAATGGAGAGGGCGGCGGCGGCGGGGACGCCGCTGCGGAGGGAGCGGGGCTTGGTTGCGCCACGAGAAGGTGTCATCACTGCACCGGGGCTAATTCCGGCGGAGGTGCCGGGAGTTACTTTCCCCTCCTCCCGCGCTGTTGTTTCTGTCGCCTCGGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGATTGGGAGAGAGGGAGGGGTCGGCGCCGCGCGGAACCGCGGCCCTGCGCATTCCCCGGCGGGCGGCGGGAGCCGCGCGGAGCGTTCGCCGCTGCGGGGCGGCGGCCGAGCTCCCCCACAACCCCGGGGTGCCCCCCTTGCTGGGATCCTTAGCCTTCTCACGTCCCCTCTCACTCCGCCACCCTCCCACTAGAGCTCCTTATTCTCGAGTCCTCAACCCCGGCTTGGCGCGTCCCGGGTCTCCCCTCGCCCCAGGATTCCTCCCGCGCCAGGCTCCGCTGGCCCCAGGTTTCCCACCCCAAGCGGGTGGGGGCGGCCGCAGTCCCGGCGCCGGTGAATGCTGAGAGCAAACAAAAAAGCGGGCGATTTAAACATGCCTTCGAAACCCGTTAGGAATGCGTCGTCATCCGGAGACCGTTTAAAAGGAGCTTTAGCTTGCCTTCTAGTAACGAGAGGGCTGGCGCCCTGCCTTACTTCGGCAGGGGCGAGGGGCTGTCGCCCTCTATTTGCCCCGGCCAAGAGGGAATTTAAATTTTCTTTTGTAAAATGACAGCTGCAGTGAATGACCTGAGACAGCTACGTTTTTAGGAAAGTAGGAGAGGATCTGAGGTTTCCATTAATGGGAATGCTTAGGGGGTTCTTTCCCAAAGGTTTTTTATTAGGTGAACTATTTTTCCTTTTTATAATACCCGCCATGAAGGCTAGCTCTCTTGCTACTTGTAGCTCAAGGCTAATACCTTTCAAAGCTAATGAACTAGTTTTAAGATAGAGGGAAATTATTTCCCTGAAAGCTGATTTAGGTAGTGACTCCCCAGTGGTTACAGATTTTATAGTAAGTTGCATTTTGATCATATCACAACTGATCAAGATTTAATCACAGGTGGAGAAAGGTGGAGAAAGGAAGCATTCAATATGTCCATACTTGCATTGAGTCAACACTTTTGATGTAATAATTTGTTGTAGGTGGGCAACATACGTGGGGGGAGTTAAATGGGATGTTTTGTGAGTAACACTCTTAGCAAGTACATGCAACCCAGAATTTTTATTGTCCTTTTATCCCAAAGATCTTAGTCTCATTTACTTACGGTCACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTCCTTGAGACAGAGTCTTTCGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCCCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCGTGCCACCACGGCTGGCTAATTTTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCCCGGCCTCTCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCACGCCCAGCCTGCTTACGGTCACTTGTAAATCAGATGACTTTCTGCTTGGTATTTTGCTGTCTTCTTCAAAGTTTGGATACTTCTATAAGTGTCTTTTACTTGGCATTGTCATTTTAATGTGTAGAATAAATATAATTTTAAGCTGTTTAAGTGTTAGGTTTCCTGCTATTTCCTTTGGTCCCTATTTAGCAGAGATAATGGGAGTGTCTGAAAGTAAGGTAGAACTTGAACTTGATTCCACCTTTAAGAGTACAGACTGCTTACTAGTAAAAGTTGGGTTGGCTGCACATATATTTTAGCTTTAACAAAGGTAGATATGTGTTCATTTAAAAGAAAAAAAAAAAACCCACCTTCTTAGTTCTCCCCGCTTCACTTGACTGGTTTTCTGCCTGTAAACCAGTGCTGTGCTTATATTAGTTATCCAGGTTGAAAGAGTAGCTATACAGGGACAGCAATGAAAAGTATGTGTGTCTGGGTGAAACTAGAGGGAGAAAACCTATTGGAGTTTGAGGAAATGTGTTTTGTTGCTTAGCCTAGGGGGTTGGAGAAGAAAGATGACCTAAAAAACAAACTTGGAGGACTAGGTGAGAGTAAAAGCAGATTTCCATTGCGTCTTACGTATAGTAGGCACGTGACCGATATTAATTTTTGACTTTAGCTGTTAAAAAGTTATTACACAAGTAGTGTTACATGTACGTTTTTGAAAATTAGAAAATACAAGGAAACAAATATAAAAACAAATTGCTACCATCCATAGATGACTACTGTATTACTTTTCAGATAATTTTCTATGCATGTGCATGTGTGTTTTAATAAAAATGAGATACATGAATATACCATCTGTAAGGATTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGAAGTTTTGCTCATGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGTGGGATCTCACTGCAACCTATGCCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCTCCCGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGTTTTCACCATGTTTGTCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCCAGCTCTGAGGACCTTTTTTTTTTCTGTCAGCTAGCTTGGTTAGTTTTAATATAATCTATTACTGTAACATGTCCAGATTTCCCCATTTAGCCCCAGACTGTAATAGAGAAGCTTTGTCTAAACCACTGCCTAATAAAGGACCATTTATTGCATTTGGTTGTTTCCCTTAAGTCGATTTTAATCTTAAGTAACTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGGCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGGGGTGCGATCTCGGCTCCCTGTAAGCTCCGCCTCCCTGTAAGCTCCGCCTCCCTGTAAGCTCCGCCTCCCTGTAAGCTCCGCCTCGCGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCAGAGTAGCTGGGACTACAGGCACCCGCCACCATGCCCAGCTAATTTTTTTGTATTTTTATTAAGACGGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTTCTGGGGTTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCCGGCAATCTTAAGTAACTTTTTGACAGAATATCTGACACTGAGGAGGCAAGCCTTTGGAAATAAAGTTGCCTGGATTTTAAAAAAGCAGGAAATCCAAATGGTATTTATTGTAATTTGGAAATCTTAAATTTGGAGATCATCTGCTTGCTTGATGTTACTTTCCACAGACTTGTTGGAAAAAGATTTATCAGATGTTTGTGTTTCAGTACTGAGGTGGTTGGAACAGTAAACATCAAGATATCAAATACAGATTACATCCTGTCTCTTTAGGGTTTGGTCAGAGAAGAGGAGGCATAGGAATCTGTCACAGTTCTGCTTGCTGCTTTACTTTCTTGTTTGTGAAGCTCTTCCCTGTCATTTAGTATTATGGGGCACCTGTTACAGCATTACAGTTAATGGTCTGTCAGAATTTGCATTATAAAACTGGTTTTCCTGTGAGGTTTATAAAACAGTTATAGAGGGAAATATGACATATTAGCGAACACACCTTGCTTTTTATTTGGGTTGGCATTAAGAGGTTTAGCTTGATTGTTAAAACGGTGAAAGTTACGTCACGTTTAAACTTATTTCCTCCCTTGTACAAGCCTTTAGAGAATTGGCACCATATTCAACAATACTTTTTTTTTTTTTTTAAACATGAAGGGTGGGTTTGCTTGGAGTTTCTGGTTTCTTAGAAGGTATCAGCAATCTTAAATTAGGAAAGTATTTTAATTCCTGAGACAGGTAAGTTGTTTCCTTAAAAGTCTTAAATCTGTTTTCTCCGTTTTCAAGTCCTTGCAGCACTTTATATGACCATGTATTTACAATCTGGACAATTCTTTTTATGTTTGTGGAATGTAATATCTCAGAAGTTGAGATTTAGTTGAGTCTATTGAGTCTATTGTCCTTTGCCTAGTGTATTTCTCATATGAAAACTTTGGTTTGTGATCATGAGGGTGTATGCATTATTTTTATTTTTTCTTTTTTTGCAGTTCATAGCCCTGATGAAGCAAGTTACTCTGCTCTCCT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Seq C2 exon
GCTGCCTGCTGTTTCCCGGGGAGATCATGAAACGAGGTCGCCTTCCCAGCAGCAGTGAGGATTCTGACGACAATGGCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000077684:ENST00000413543:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

5' UTR

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=NA A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
NA
A:
NA
C2:
PF105134=EPL1=PU(4.4=38.9)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:
NA


Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains
  • Pre-implantation embryo development