BtaINT0081315 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000018061 | KIAA1715
Description
Bos taurus KIAA1715 (KIAA1715), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001075989]
Coordinates
chr2:20941574-20946981:+
Coord C1 exon
chr2:20941574-20941700
Coord A exon
chr2:20941701-20946892
Coord C2 exon
chr2:20946893-20946981
Length
5192 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGAG
5' ss Score
6.38
3' ss Seq
AATAATTTCTTTATTTCTAGCTG
3' ss Score
7.58
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAGTTGGCCGGGCCCATATCTCTGTCACTGGCTGGTGCTGTCCGCTCTGGAGGCGGACTGCGGGGTGGTGGCTGAAACTGGCAGAGGTGGACGCCAGCGCCGGGCTTTGCCCGTTTCTACTTGAAG
Seq A exon
GTAGAGGGTTCAAAATGAGGGTCATTGGGAAGGTTCGGCAGAAGGGAGGCGCGCTGAGCTTTTCCCTGGGAAATACGCTGCCGATTATCTCGCTTGCCTCTCCCAGGCGCCTCCGCCTTATGCCGAGTGGCCTACCAGTTGCGCGGCGGCGGCTAGTCGAGCTCCTGCCCGGCTGGGTGCTGACCCCTTCTCACCGCCTGATCCCCTTGGTTTCCCGGTCCAGTGGCTGGGATGGCTCTGGAGTGTTGGAGACCCCTTTTTGTCCCCGGAGGGGAGTTGGTTCCCCAGCCTTTTTTCAGAGATTCGAGGCGGGGGTGGTGGTGCGGTGGCTGGGTTGAGCGGCGCACCATCCCTTTGGCCCACCTCTCTGTCCGAGCGAAGGGTCAGAAGGTCCTACAGTAGGCCATCGCTCTGCGTGGGTTCTACCCTTGTCATCTTTTGCTGAGTTGTGCAGAGGCGCCGCGAGTGGGAGAGATCGGGAGGGACCGAAAACTGTCAGTGTCATACTGCTCGGCCCAGGCTTGTGGGCGTGGATTATGTGCTGCTTAGAGAAGCCTCTCTTCTGCCGTTGTACTTATTTGAGAGATGGTGGGGTGAAGGGAAGGGCGAGATTGCGTGGGTGTCATAGGCCTGGCAGAAGAAGAGCAACTCTAAACCGCATCAATAGTTTTAATTCCTGAATATTGTGTATGGGGATTAAGAGAAAGTTGGGATTGGTGCTCTCAGTTTTGCTGATGGTGCTCTCGCTGTACTAAGTAAAATCTATGACTCACTGAATTTTCCATTTTCCGTTTTTCCCAGTAGGCTTCTGGTTTGTGGTGCCCATTGTCGACTGTTTTCTCCTTTCTCTGTGGCCTGGGTGTCACTGTTGACAAAATTGTCACCACACAAAATTCAACAGCAGTTTGTGTGGTTGTGAGTAAGCTTCGCTTCAGGGATATGTTCAAACTGGCAAGGAATGCTAATTTCTTGTCCTCAGCAGCCCCCGTAGTTTAGTTTTAGGAGAATCAAGTTGATTTTGAACACATTTTTAAACGAGTGATGCATTTACAATTAGAATTTCAGTTTTTCTGTCATCTACTGGGATGAGCCCAATACTGTTAAAAACCTTGGTGTTCATATATTATTAACTTGAAATATTCTTTCTTAAGGAAGAAATGGCTTACAACAGGTATGATTTGTTATAGAAATCTTTCCAATCAAATAGTCATTTTTTGAGTAGTATTTAGTTTAGAATGACTATTGACTTACCGTGAAGACTAGAACTTAATCATTAAATAATAAAAGTACACTTTTAGAAGTGTACTTCTTTTCAGTAATTTTATTTTTGAGCAATAAATGTGGTTTGGGATATTTCAGAATTGTCCTTTCAGTTAGGATATTCGGGAGTTAGAGTTCTAGAACAAACCCTTTTAATCTCAAGTTGAATAGTCCAGTGTGTTATAGAGGTTTCTATTGATGGTGACTGAATAGTTTTTACTTAAGTTTGGAACTTGATAAAACTAAACTTCCTTTGCTGTTAAAGGCCCTATAGGGTTATTTTAATGGAAGAGTTGTTAGAGTATTTTGCTTTTTTTTTAATATTGGAGGAAACGAGAGCAATACACTTTCAGTTTAAAATGCAAACTAATTTTGTTTTCCAATTTTAAAATTATGAAACAGTTTCTTTATAAGAAAGTAGAAAGAAATGTGTTCCATATGAGAAGTACTGCTGTACTACATGTGTTTTCTGGTAATAGTAGTAATAAGTTCTATAGTTTATTATACACTTCATTATTTGTTGAACACTGTGCCAAATAATGTATGATTTCATTTAACTTATACAACAATTATGTGAAGTGTACTTTCACAGCTAAACAAATGCTGAACTGAGGCTTAGAGAGTTTAGTTTATCCAAGATCGCATAGCTAGTGTGTGGTTGAGTCATATTTTGAATCCAGACCTTTTTTATTGCCTTATTTCAATATGACTTGAAGTAAGCTGAAAATTTAAGAATAACATGTCTCAAGATTTTAAATTCTGACACCTAAACCTGAGTGTGAATAGCAGTTAGTAGAAAGCATTCGAATAATATGGTGGGCATTGTTATTTATTGAAAAACACATTAGATGCACCCAGCTCTTATGGTCATGTCAGGTCCCATTATATCAAAGTGGAAGGAGACTCTTTGTACATGTTCATAGAAGAGTTCTTAGAATAGGCCAGTTGAGATTGAACCATCTGTCCACTCAAGGGCAAGCAAATCGATTTATGCTTCAGAAAAAAATGCTAGTAGTTTGATTCTCATGTATTTTCCCTGTGTTGAAAGGAAGCAGAGATGGACTGGAGAAAGGCAACACCCACAGCAGTAAAAAAACAATTTGTGTTGAGAAATTAGGATGTGTCAGACACTGTTGTAAATCCTTTAGAATGCTTTTTAACATTTGAGAGGATTCTTATCTATCACTGTTTTGCAGATGAAGATAATGAGTAACTGAGAGGTTAAGTACTTTATTTGCCCAAGGTTTCATAGTAATGTTAATGTTTCATTAATACCAAAACAATTCTCAAGCAAATAATTGATGTGAAAGTTGGTATTAATTGTAGTATTATGCATATATTTCATATGACATGTATTTTAAAAGTGATATGCAGTAAACAAGTAGAAGTAGTACTTGAAGACTTCTTGTACCAGTTCTGCCCCTACCTGGAGGTACATGATTTTGGCACATCATTTAGCTTCTCTTCCGTATAGACTTAAGCACTCAAATTTAATCAAATAAAGGAATTGGGCTACATGATACACTGTACCAATCCTGGATCTTGTGTTTATAACTTTCCACTGCAGTAAGCCTGTTTACCAGATGTTTGAGAATGTCTGAGGTGCTTTTACGTACAAATAATTCAGTGTAATCTACAGAAAGATTTTATTTCTGATTTTGAGTTATTGGAAATAACTTGTTTATTTTTTTGGCCTTTTTTATTGAACTATAGATGATTTACAATATCATATAAATTGCAGGTATGTAACTTAGTGATTTACAATTTTTAAAGATTATTCTCGATTTATAGTTATAAAATGTTGGCTATATTCCCTTGCTGTACAATATATCCTTGTAACTTATTTGTTTTATACATAGTAGTTTGTACTTCTTAATCCCCTACCCCTAACTTGTTGCTTTTTAAAAAATCAAAAGTAAAATACTGTGTCTGGGTCTTCTATTAGTACTTACTGTCTTTGGGAACTTAGTAAATTATTTCACTTCTGTAGCCTCAGTTTCCTCATTTGTAAAACAGATTGATAATAGTATCTAAATGACAAAATTTATGAAAAACATTTGTTTTATGGCTTGCTAGAAGATTGAGTACTAAGCGTTTAAATATTATTGTCATTAATTTCAAATGTTAAAATATCTAGTTTATGGTAGCTATAAACTTGGAGGCACGTCACTGTTTCAAACCAGAATGTGTAGGTCAGTTGTATACAAATCACTGTCCTATACACCATGCATACGTGGGATAATGTATACTTTGAAAGTATACAAGTTAAGTGGTTCATCTGAATCTTCCCTCCCCAGTCACGTGTCTTGGTGATTTTTAGCATATATGGTTTTAAGATCTATTTAATGTCTTAGCTTAGAAATTTTTAGTTTTATTCATTAAAGTTCCTGTGTTTCCTACAACCACATTTTAGAAATTTGAATACTGAGTTACTATTGAAAGATTAATAATAATATTTAGATTGCAACTTAAATGTGACTTTATAGCATTGATTACATTTATAAACTGCAGAAATTTTTAGGATAGATGATAGATATTTCTGTCCATAAAAGTCACTTTGTATGTTTTATAATTAGATTTTTTGTTACTTCTGTAACCGAGAAAGTTCAAGGTAGGCAGGCCTTATGCTAATTCCAATCTAAAAATAGTATTTCAGAGTGTATGTACTTACTTGGTACTGGCATTATTTTGTGATTACATTTATTGGTTTAAAAAAATGTAAGAATTATGGCCTAACTTTTTTGCATGGAAATGAAGCAGTTTTATATTGGTAGAATATAACTGTAACCTTGTAAAAATATGTAAGTTTGAAAATATAATTCAACTATTTGAATTTAAAAGAATTAAAAATTATATAATTATTGACTGGTAAATTGATTTAGGTTATAATATTGCTGATACATTTTTTAAATGTATGGTAATATTTAATATAGCTTCCCTTGTGGCTTAGTGATAAAGAATCTACCAGCAATTCAAGAGACTGCCTGCAACACAGGAGATGCCAGTTTGATCCCTGGGTTGGGAAGATCCTCTGGAGAAGGAAATGGCAACCTACTCCAGTATTCTTGCCTGGAGAATTGCATACATTTGAGACTCATAGAAAAACAACCAAAAGATGGGGATAGGAGATACAACTGCCTGACATGACACTTTAACTAACTTGAGGGACTCAGAGTTTCAGAGAGAAATGCTTATTTGGGTGTTGACTGGTTCTAGACAGATCAGAAGTCTGAAGATAGAGTTCCTTTGGGTAATGTTTCTTCTGAGTTATGGACAAATGACTTGATTTCTTTCTACTTAATTTTCTTATCTGTAAAATGGTAGTAATGAAGATTATCCTGTGAAAAGTGATACTACTATTAACTTTAATGTACAGAAAAGAAATTATGGCTCAGAAACATTAAATGATATGCTCATTGTCACAGGTAGCCTTGTAACCCTTATTTTCTTACTCAGAATCCAGTTGACTTTCTATTATTGTAAAGTGATGTTATTTCTGAACATTGTAGAGCACCCCTAACTCCAAATAACTAGTTTAGTTGGGAGACAGCCAAATGATAGATATGGCTGTATTTAAGAATGTAGAATAAAAGTATAGCAGAACTTTTCTTGTAAGAACAACATAGAGGACCTACTTTAAGGAACAGAAAATTGCAAAGTGGTATAAATATACACTTTTAAAATGCCTTGCTACTTAAAAAGTCCTTCCAGCATTATTTTCACTTTTAAATATGTTCTGCCTTGAAAGAAAGATTTTTTAAAAGGTGGACTATCTGCAAGTCTATCTGAATTAAAATCTCACATAAGTGAAATCCAAGGAAATTAATATTTTATAGTATTTTATTTATTTTATAGTATTGCAGCATTTAAATTTTATAGTGAGTATGCTGTGTATTTAACTTAAACTTTAAAAATAATTTCTTTATTTCTAG
Seq C2 exon
CTGTGAATTCCTTTGGACAACTGATGATATTTATTATTGTGCCCAGTTTTTACAAATGAAAAATGGGTGGATTATTTTCTCGATGGAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000018061:ENSBTAT00000024045:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]