MmuINT0091664 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000009207 | Lnp
Description
limb and neural patterns [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1918115]
Coordinates
chr2:74411595-74417005:-
Coord C1 exon
chr2:74416876-74417005
Coord A exon
chr2:74411684-74416875
Coord C2 exon
chr2:74411595-74411683
Length
5192 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGA
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
ATATTTTACTTTGTTTCTAGCTG
3' ss Score
7.93
Exon sequences
Seq C1 exon
GATGGGAAGGCATTGGCCGGGCCCAGCGCTCTATCTGTAGGTGCTGCTGCCTGCTCCAGAGGCTCTACGCGGTGGCGACCCAGGCTTCCCCGAGTGGACGCCCAGGCCGAGCGGCGCCCGCTTTTCTCAG
Seq A exon
GTAGGACTGTGAAGGGAGGGCCGCGTAGACGGAGGCGCTCCGGACAGCGGGAACCAGTCTCCGGGTTCCTCGGCGCGCCGGCCCGGGTGCCTCCGCCCCTGCCAAGTGGCCTAGAGCTTGGTGGCGGCTGGGGAACACGCCGCGGGGCTGCTGCCCTCCGTACACTGTTGCCGCCTTCTCTCGTGGATCGCCCTGAACAGCGGCCCGAGCGGCTCCGGAGCGCACGAGACCCGGCTCTGCCTCCCCTGAGGCCGGTGTTCTTTCCGGGTATGTTCTCAGGGATTCCGCGCAGTGGCTGTTTAGAGCCCGAGCCCTTGGGCCCCCCCTGTGTTAAGAAGTGTCAGAAGGTCCCAGAGAGCACATCCCTAGCTGAAATATCCACCCTGAGAGCCCCGATCACCTCCGCGTCCACCTGAGCTGGCACGACGGGAAGGTCTGAAAACTGTCAGTGTCATGCTGCTCCGTCCGCGTGTGGGCGTGGATTGTGAGCGACTTAGAGGAGCTGCTCCACAACCATTGTCCTTACTTATTGGAGGGACAGCGACCAGTCTGAGGGGTGGGGTAGGACGAAGGTGCGTGGTGACAGGAGCGACCCGGGAAAAGCAACTCCAAGGGGCATCAGTAGGTTTAATTCTTTGATGGTGTGTTTGCGGACGGAGAGTTCGGATTGGTGAATTTATTTCTGCGTGCAGTTTTAAGCAACACCTGCGACTCACTGAGTTTTCAGTGTTCTGTTCTTACTTTTTGGTTTCTGGTTTGTGGTGCTTAGAGCCTATTGTTTTCTGTCTCTGTGGCCTCAGTCTTAGCGTTGACAACATTGTCTAGAGGTGTGATGGATGTGAGTAAATTTAGTTACAGGCATATATATGTTCAAGCTGGCAGGCAGGGCTAATACCTAGTTCCCAAAGGTCTCCATAGTGCCTTCTTAGAAGAACAAAGTTGATTTCGAATACGAACCTTAAGCAAGAGTGGTTCATTTAAAAGTGAAGTTTTAAAAAGTTCCTTGACATCTATTGGGGTCACCATAGTAATGATGTTAATAAATGTTTATGGTGTTTATATGTTGGAAGAATGCTTGGATAGGTGACTCTAATAAAGGTATGAGTTCATATAGAAATCTCCCTGTCAGTCTTTTTTATTTTTAATTTTTATATTTATTTATTTTGTGGTGGTCATCTCATATTAAAAGTGCTTTTAGAAGTGTGCTTACCATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGCAATAAACCTGGTGTAAGATATTTCAGAGTTGCCTATTTGGACATTTGAAAGCGATTTCGAACAAATCACATTTAAACCCAAATTGTGTAGTATAATGTGGAGATGCTGTTAAAGGTGACTAGTTTATATTTAAGTTTGGAATCAAAGGTTAAAAACCACAAAACTCCATTTCTTTTGTTGTTTTCTATGAAGGCTTATACGTTTATTATAATGGGAAGTGCTTGAAAAATACTCCATTTATTTATTTCCATGCTAGGGTAAATGAGAAAAATATTTTTAGTAAAAACACAAACTTATTTTATACTTACAGATTTTAAATTATGAAATAATTAAAATATGCACTCATTTAATGGAATGTTAGGCACATGCTTCATTTAGATATTACATGTGGTTTTGGTAACAGCAATAGTAATGGCTAAAATTACCTAAATACTATGTGCTAAATACTGTGCCAAGTGATAAATAAGTTCACTAAATTTATACAATTCCAAGGAATGTAAATATTCTAACTGCTTTATTAGCCAAAGCTCAGAGTTTAAGAACTCTCTAAGTTTAAGATCATATAGCTGGTAAATGGCTGAGCCATGTTTTGAATCCTTATCCCATTGTTTTAATGTGATTTGAAGTGAGTTGAGAATTCAAGAAAAACACTTAGGTCTGAGTGTGAATAACAGTGGAAAACATCATCAGTATGGTAGAGGGCTGGAGAGCTTGGGGGCACTCAGATGACCCATATGGTGGGTCACAGCCATCTGTAACTCTAACACCCACTTCTGACTTCCCTGGGCACAAGGCACACACATGGTGCACATACATGCAAGCACAATACTCATACACATGAAAATAAATCTTAACCCCCCACATTTAGATGCACTCAGCCCTTAAGGTCATACATGCTAAGTCCCATTGTGATATCAGAGCTGGAAAGAGACTGCACTTGTTTGGGGACAAGCTGCCTGAGGAAGGGAGTGATTTATGCTTCAGAAGGAAATGCTAGAGTCAAGAAAGTGAGATGGATTAGAAAATGGCAATAAGTACATCAAGAAAAACAATTATGGGTAATGACTATGTTATCAGGTACTAGGGTAAGTCAGGACAGAGTTAAGCCTTTCAACACCCTAGAGGATTCTATCTGTCTTTTGCAAATAAGGAAATTGAGAAACAGGGATATTTAATGTTTTGGCTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTACAGTAAGTGATGGTCAGTCAGAATTGGAGTAAAGGAAAGGACAGCAGCAATGGGTGTGATTGAGAAATGAACTCAGTACTATAGAAAATAGCCAATCTTCCTGTGTTTTACATCTGTTAAAAAATACTATCATATGTACATTATAGTAAATCAGCTTTAATACTACTAGAATGTGATAGAAAAATTTCTGAAGCAGTAAGAATCGATTGTTGCTATGCTTATGAGAGCATGGATTTAATGACTATGACTTATATCTCAGAGGGTAAATGTAAAAGCACAACTTCTTGCTTCAGGGAGCCTGGAGGCTAAATCATTGTTTTTTAACAGCAAAACATTTTCCAAATAAATAACTGACATAAAATAGGTATTCATTATGAATTACGAGCATATTTCATATGCTCATTTAAAAAATAATATGCAGTAAAGACTATTTTAGGCTAGTTGATCTAAAAGTTCTAACGGAAACCCTAGGAATTTAGCAAGCCATTTAGCTTTTCTCAAATGCAAATGTAAGCACTCAGATTTAATCTGGTAGGGATTGGGCTACCTGATGCATTCATTGCCATAAACACTGTCTCTTGTTTATAACTCATTTTCTATTTTAGTAGCTTTGCTTACCTACTATTTGAGAAGGTTCAAGGAACTCTCACATATTTTATTTAACTTTGTTTTTATTTTTCTGTTTTATGGTGCTGAGAATTGAGCTCCGGGATCTACATGTACTAGACAAATGCTCTACCTCTGACCAGCATCCCCAGCTGTTTATATTGTATACATAGACATTCTAGCCTATAGAGCTATATTCCAGCCTATGCTATATAAGTACTCTTCATTTCTGACTTCATGCTGTTTGGAATGATTGGCTGCATTAAAAAAAAAAAAAAACTAAAATAATGTGTCTGACTTTGCTGCCTAGTATCTTTGGGGCTTAGCATATTACTTCTGTAGCTTCAGGGTCTTAATTTGTGAAGTGGAGGGGGACAGTATCTAAATGATAAAATTCTTGGGAATCACTTGTTTTAGGGCTTCTTAGAGATCTTGTGCCAAGTGTGTAACTGATGTTGTTATTAATTTCAGACAGTAAAAGGTCAGTCTAAGCCAGGTGGGACATGATGGTACACGTTTGTAATACCAGTCAGTACTCAGAGGCTGAGGCAGAAAAGTAGTTGAGGGTAGGCTAGACTATATAGGAAAACCCTGTCTCAAAAAATCCAGCCCAAACAGAATTTGGTCTCAAGGTATGATTGTTACAAGCTTGGAAGGATACACTTCTTTTAGAGATGGAAATACGCAATCTAGTTGTGCATGAAACACTGTCAGATATCAAAAGCCAGTTTCAAAATAGTGTGGCAATGACAGAGAAATACAAATAAGTAATCATCTAAATTTCTTTACTTCTATCTTTCTTGGTGATTATTTTTAGAATCCTAAGATTTTAAGATTTGTTTAATCTTGACTCAGAGTTTATACTTTTGTTCATTAGATTTCCAGAATACCTCATAATCACATTTTAGAGTTTCAAATACTGAGGAATATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATATATATATGTATATATATCTATATCTATATATCTATATATAGATAGATATACATACACACACAATATATATATGTATATATATATATATTAATTACTGGATTAATATTTAGTTTGCAACTTAATTGTAGTTTGTAAAATTAAGTTAGCATGCTTCAGAGTGTTTTAGAACAGATAATATTTTTGCCCGTAAGAAATTACTTTGTAAATGAAAGTACTTTATAATTAGGCATTCATTACTTTTCTAAAAAAAGAAACTCTTAAAATAGATATGCCTTGAGATAATTCTGACATATAAATAGTATTGCAGTTCTTACTGGGTGCTGATAATTATTTTGTGATTATATTTATGGTTAAGATATGTGAGATACACCTATGAAAATAAGTGTGTGTGCGCATGTGTGTATATGTATGGTTTTACACAGATAATCATATACTTGTAGCCTGATAACTATCAATTTTAGAGTATAATATTACCATTTCAACTTAAAAGAATAAGAAATTATAAAATGATTATCTGTTAAGTTGATTTATGATCTTACTATTTCTGAGTCTTTATATAACATTGGAGAATCATAGATAAACAAAGAGAATACACAGCTAGCTGAACTTAAATTCACCTAACTTGAGAGTCTTAGAAGTTTAGTAACACATGCTTAAATTGGGTGTTGAACAGCAGTATTCAGAAACAGAAGTCTGAAGATAGAAGGACTTTAGGACTTATTTCTTATGTGCTGTGGGGGCAAATCACTAGCTTTCTTGCTCTCTAATTTTTTTTTCTCTAAAGTGTTTATACTAAAAGGCTGCCTTGTGATAAACTATTGACATTACTCACTTTAATTCACAAAAATATTAAGGCTCAGATTATTGAATGATTTATTTTTTTTTATAACAAGAACAACATAGAGAAACTATTAAAAAGACCAGGAAATCTGTAGGTATGTGTATACTTTCTAAAGTGATTTGTCATTAAAATTAATATTTTGAACTCTATTTTTACTTTTAAATATGTCCTTACTTTGAATATACCAATGACTATCTGGATTCAAGTTTTAAGTGGAGGCTAACAAATAATTTACTGTATTTTAATGTAGTATTGCAACATAAACAATTTAGAGAGAATGTGTTCTGTATTTAATTTAAAAATTTAAAATATTTTACTTTGTTTCTAG
Seq C2 exon
CTGTGACTTCTTTTGGACAACTCATGATATTTATTATTGTGCCAAGTTTCTGCAAATAAAAGATGGGTGGATTATTTTCTCGATGGAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000009207-Lnp:NM_027133:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: