RnoINT0085896 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000001593 | Lnpk
Description
lunapark, ER junction formation factor [Source:RGD Symbol;Acc:1312042]
Coordinates
chr3:61488670-61494778:-
Coord C1 exon
chr3:61494653-61494778
Coord A exon
chr3:61488759-61494652
Coord C2 exon
chr3:61488670-61488758
Length
5894 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACCT
5' ss Score
8.16
3' ss Seq
AATATTTTACTTTGTTTTAGCTG
3' ss Score
8.29
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCATGGGGTATGGCCAGGTGATGTATGTATGTTTTCACTGGCTTGGCTGGGATTGGACTCTTCTGAGCTATGCAATGTAAACCTTTTTTGCTGCCTTCTGCATGACAGCTGTTCTGGGATCTCAG
Seq A exon
GTACCTGCTCTTTTCCAGACACACCGGTCTCCTCCTTCAACGCCCCTCCCCTTTGTCCTCCCCACTCTTCTCTCGCTCAGAAGCTCTGGGACAATCAAGATCAATTTCTTTTCACGGCGAGACGGGGGCGTGGGAGATGTTCAGGAGAAAAGAAGGCAGAGGAAGAATAACAACTACTAGTAAGGGTCAGTCCGAACGGCCCTACCCTGTGGTGCCCCGAGGACGGACAGCCTATACTAGCCGCAGAGGATTCACAGCCTAAATCCTCGGGCCACACCCTCCGCTCTGAGGCACCAACGGCTGGGCCGGCCGGATCACGTGATGGGGGAGCGGCGCGCGCCGGCTGCAGCGCCCATTGGCTGGCGGCGGGAGCGCGGGGTTTGATGGGAAGGCATTGGCCGGGCCCAGTGCTGTATCAGTGGGTGCTGCTGCCTGCTGCATAAGCTCTACGCGGTGGCGACTCAGGCTTCCCCGAGTGGACGCCGGGGCCAAGCGGCGCCCGCTTTCCTCAGGTAGGACGGTGAAGGGAGGGCCGCGTAGACAGAGGCGCTCGGAACTGCGGGAACCAGTCGCCGGGTTCCTCCGCGCGCCGGCCCCGGTGCCTCCGCCCATGCCTAGTGGCCTAGAGCTTGGCGGCGGCTGGGGACGTGCCGCGGGGCTGCCCTCTGTACGCTGTTGCCGCCTTCTCTCGTGGATCGCCCTGCACAGTGGCCCGAGCTGCTCCGGAGTGCACGAGACTCGGCTCTGTCTCCCCCAAGGCCGGTGTTCTCCCCGGGTATGTTCTCAGGGATTCCGCGCAGTGGCTGTTTAGAGCTCGAGCCCTTGGGCCCACTTGTGTTGAGAAGTGTCAGAAGGTCCCAGAAAGCACACCCCTAGCTGAATTATCCACCCGGAGTGGTCCGATCACCTCCGCGTCCACCTGAGCTGGCAGGACCAGCAGGTCTGAAAACTGTCAGTGTCATGCAGCTCCGTCCGCGTGTGGGCGTGGATTGTGAGCGACTTATAGGAGCAGCTCCACAACCATTGTCCCTCCAATAGCAGGGACAGCGGCCGGTCTGAGGGGTGGAGTGGGTAGGACGAAGATACGAGGTGTCAGGAGCAACCCGGGAAAAACAACTTCAAGGGACATCAGTAGGTTTAATTCTTTGATGATGTGTTTGCGGACGTAGAGTTCGGATTGGTCAATTTATTTTTTGCGTGCAGTTTTAAGCAACACCTGTGACTCACTGAGTTTTCCGTGTTGTGTTCTTCAGCCCTTTGGCTTCTGGTTTTGTGGTGCCTAGAGCCTATTGTTTTCTGTCTCCGTGGCCTCGGTCTTAGCTTAGACAACATTGTCTAAAGGTGTGATGGATGTGAGTAAATTTAGTTTCAAGCATATGTTCAAGCTGGAAGGCAGGACTAATACCAAGTCCCCAAAGGTCATCATAGTGCCTTCTTTGGGGAACAGAGTTGATTTTGATTACATTTTCTTAAGCCAGAGTGGTTCATTTAAAAGTAGAGTTTTAAAAAGTTCCTTGACATCTATTGGGGTCACCATAGTAATAATGTTAATAAATGTTTATGGTGTTTATATATTGGAAGAATGCAAGGACAGGTGACTCACAGAGGTATGATTTCATATAGCAATCTGTCAGGTTTTTTTTTTTTTTAGTTTTTTATATTTTGTGGTGGTCTTCTCATATTAAAAGTGCTTTTTGAGGTGTGCTAATCATTTATTATTTTGGTAATAGACCTGGTGTAAGATATTCCAGAGTTGTCTATTTGGACATTTGGAAGCGATTTCGAACAAATCACATTTAAATCCAAATTGTGTAGTATAATGTGGAAGTGCTGGTAAAGGTGACTAGTTTATATTTTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTCCGGAGCTGGGGACTGAACCCAGGGCCTTGCGCTTGCTAGGCAAGTGCTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAGCCCCTATATTTAAGTTTGGAATCTAAGGTAAAAACACAAAACTCCATTTCTTTTGTTGTTTTCTATGAAGGCTTACAAGCTTTTTATTATGGGATGTGCTTGAAGAGTATTCTGCTTTATTTCCATGCTAGGGTAAATGAGAAAAATACTTTGAGTAAAAACACAAGTTTATTTTATTTTCAAACATTTAAATTATGAAATGATTAAAATATGTCCTAATTTAATGAAAAGTTAGGCACATGTTTTATTTAGATATTACACATTTTCTTGGTAATAGCAATAGTAATGGCTAAAATTAACTAAATACTATGTGCTAAACACCGTGCCAAGTGGTAATTTCCCTTAATTTATACAATTCCAAGGAATGTAACTATTTTAACTGCTTTGTTAGCCAAGGCTTAGAGAATCTAAGAACTCTCTAAGTTTAGTATCATATAGCTAGTAAATGGCTGAACCATATTTTCAATCCTTATCCCATTGTTTTAAAATGAGTTGAGAATTCAAGAAAGACACTTAAATCTGAGTGTGAATAACAGTAGAAAATACCATATAGTATGGTAGAGGGCTGGAGAGGTTAGGAGCACTCAGATGATCCATATGGTGGGTCACAACCATCTGTAACTCTAGTTTTCTGGTATCTAACATCCACTTCTGACTTCTCTGGGCACAAGGCACACATGGTGCACATATACACACAAGCAGAATACTCATACACAAAAAAATAAATAAAACTTAAAAAAAAACACATTTAGGTGCACTCAGCCCTTAAGGTCACACATGCTAAGTCCCATTGTGATATCAGAGTTGGAAAGAGACAGCACCTGTTGGGGACAAGCTGCTTGAGGTCCACTTAAAGGGAAGTGAGTGATTTATGCTCCAGAAAGAAATGCTAGAGTTACTGGGCCAGAGAGTTGAGATGGATTAGAAAGTGGCAGTAACTACAGCAAGAGGAACAACTTATTACGGGTAATAATGTCTCATGTCTATAACTAGGGTAAATTAGGACACAGGCAAGCCTTTCAACATCTGAGAATTCTAACTATCTGTCTTTTGCAAATGAGGAAATTGAGAAATAAGAGTGTTTAATTTTTTTTGCTCATTGTTTTACAGTAAGTGATGGTCAGTCAGAATTGGAGTTAAGGTGGAATGGACAGAAGCAGTGGGTGTGGTAGAGAAATGAACTTAATGCTGGACAATAAATATCTAATCTTACTGTGATTCATGTCTGTTAAAAATACTGCCATATGTGCATTGAAGAAATCAGCTTTAATAATACTAGAATATGATAGAAACATTTCTGGAACAACAAGAATTGATTGTTGCTTATGAATGTGAAAGCATGGATTTAATGACTATTACTAATATCTCAGAGGGTAAATTTAAAAGCACAACTTCTCGTTTCAGGGAGCCTGGAGGCTAAATCAGGTGGGTTTTTTTGTTTGTTTGTTTTTGTTTTTTTAAACAGCAAAACATTCTCTAAACAAATAACTGACATAAAATAGGTATTTGTTATTAATTATGAGTATATTTCATATACTCATTTAAAAATATTAGGCTAGTTGATGTAAAGTTCTAACTGGAACCCTAAAAATTTAGCAAGCCATTTAGTTTCTCTCTAATGCAAATTTAAGCACTCAGATTTAATCAGATAAAAGATTGGGCTACCTGACACATTGCCATAAACACTATTGTTATCACTCACTTTCCAGCTTAGTAGCTTTGCTTACCAACTGTTTGAGGAAGTTCAAGGTGCTTTCTTATATTTTATTGAACTTTGTATTTATTTTTCTGTTTTATGGTGCTGAGGAAGGGGCTCAGGGATCCTCAGTACTAGGCAAGCGTTCTATTTCTGACCAGTATCCCCAGCTATCTAGATCTTGTACATAGACATTCTAGCCTATATAGATAGATTCCTGCCTACGTTTCTATATAAATATCTTCCACTTCAGATTTTATCATTTTGGGAATGATTGGTTGCATTAGAAAAAAAAGCAAAACTAAATAATGTGTTTGGCTTTACTACTTAGTACTTTGGGACTTAGCATATTACTTCTCTGGCCTCAGGGTCTTAATTTGTGAAGTGGAAGGGGATAGAATATAAATGATAATATTCTTGGGAATCATTTGTTTTAGGGCCTCTTAGAGATCTTGTGCCAAGTGTGTAACTGATGTTGTTATTAATTTCAAACAGTAAAAGGTCAGTCTAAGCCAGGTGGGGCATGATGGTACAAGTTTATAATGCTAGTCAGTACTCAAGAGGCTGAAGCAGAAAAGTAGTTGAGGGTAGGTTAGACTATATAGGAAAATCTTGGCTCAAAAAAAAAAAAAAAATCCAACCAAAACAGAGAATTTGGTCTCAAGGTGTGGTGGCTACAAGCTTGGAAGGATACATTTATTTCTTTTAGAAATAGAAATATGTAATCTAATTGTGCAGGAAACATTGTCAGTTATCACAAGCCATTTCTAAAATAGGGGGATGACAGACAAGTAAAAATTAAGTGATCATCTGAATTTCTTTACTTCTATCATTCTTTGTGATTATTTTTAGAAACTTTAGATTTTTTTGTTTAATCTTGACTCAGAATTTATACTTTTGCTCATTAGAGTTCCAGAATATCTCATAATTACATTTTAGAGTTTAAAATACTGAGCAGGAGTATATATAACCACCAGATTAATATTTAGTTTGCAACTTAATTGCAGCGTATAAAATTAAGTTAGTATGCTTCAGAGTGTTTTAGAACAGATAATATTTTGCCCATAAGAATCTCTCTGTAAATGAAAGTACTTTATAATTAGTCATTCATTACTTTTCTAAAAAAAGAAACTCTTAAAATAGTATGCCTTGAGTTAATTTGGACATATAAATAGTATTGCAGTTCTTACTGGGTGCTGGTAATTATCCTGTGATTATATTTATGTTAAGACATGGGAGATATACCTATGAAAATAAATGTATGTGTGTATTAAGTGTAGTTTCACACACTGATAATCATATACTTGTAGCCTGATAACATATCAATTGGAGGGTATAATTTTACCATTTCAACTTAAAAGAATAAGAAATTATAAAATGATTATCTGTTAAATTGATTTGATATACTATTTCTGAGTCTGTATATAACATTCACGAATCATAGATAAACAAAGAGTACACAGCTAGCTGAACTAAACTCACTACTTGAGGGTCATAAGTTTAGTAGCACATGCTTAACTGGGTGTTGAGCAGCAGTCGTCTGAAGATAGAGAGACTTTAGGACTTATTTCTTATGTGCTGTGGGGCAAATCACTAACTTTCTTGTTCTTTAATTTTTTTTTCTATTTCCTTTCTTTTTTTTTCTGGAGCTGGGGACCGAACCCAGGGCCTTGCGCTTGCTAGGCAAGCGCTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAACCCCTTTTTTTTCTATTTCCAAGGTGTTTACACTAAAAGGTTGTTCTGTGACAAACTGTTGACCTTATTCACTTTAATTTACAAAACAGTTAAGGCTCACCTTATTTATTTTTTTTTTTTTTTTGGTTCTTTTTTTCGGAGCTGGGGATCGAACCCAGGGCCTTGCGCTTCCTAGGCAAGCGCTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAACCCCAAGGCTCACCTTATTGAAGGATTTATTTATTTTTTTTTATAACAAGAACAACATAGAGGAACTATTTTTAAAAAAACAGGAAATTTGTAAGTATGTGTATACTTTTAAAAATGATTTATCATTAAAAACATTTCCAACTCTGTTTTTACTTTTAAGTATGTCCTCACTTTGAATATTCTAATGGCTATCTGGATTCAAGTTTTATGTAATTGAAGGCCAACAAATAATTTACAGTATTTTAATGTAATATTGCAACATTAAAAATTTAGAGAGAATGTGCTGTGTATTTAACTTAAAATTTTTAAATATTTTACTTTGTTTTAG
Seq C2 exon
CTGTGACTTCTTTTGGACAACTCATGATATTTATTATTGTGCCAAGTTTCTACAGATAAAAGATGGGTGGATTATTTTCTCGATGGAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000001593:ENSRNOT00000068018:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]