BtaINT0083810 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000032277 | KYNU
Description
kynureninase [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6469]
Coordinates
chr2:53956566-53964125:-
Coord C1 exon
chr2:53964005-53964125
Coord A exon
chr2:53956748-53964004
Coord C2 exon
chr2:53956566-53956747
Length
7257 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAGT
5' ss Score
9.66
3' ss Seq
TTTTTCAAATGTATTTTTAGAGG
3' ss Score
6.96
Exon sequences
Seq C1 exon
GCAAAAGTGCTTTGACTTTCTCACTCAGAAGTTTAGTCTATATTTGTAAGCTACTTTTGAGAGGTTTCATTTTGCTGAAAAGAGACACTGGGAGCTGTGGACCCCACTGGAATCCTAATAG
Seq A exon
GTAAGTTCTGAGACATTGATATACTGTACACAAATATACATTCAATGAGTTTTCTAAAGGATATTCCTTCTGCTAGAATTTTTGTCATAATGCTTTAGCAGTTTCTTCTGCTAGATTCTTCTCTTTCTTTTTTTTTCCTCCAAATTATTTTCATAAAAATAGTGCAACACACAGGGTCTCTACCACTAAAGACCCTTTAACCCTGTGGGTTAAATGAACAGATTAAAAAATATATATATATATATATAGTATAAAACATCTACTATAAGATAGTTATAGTTGAATAAGTTAATCTTACTGTGGTGTGGATACTCGCTCAGTCGTGTCCAACTTTTTTGCGACTCTATGGACTGTAGCCTGCCAGGCTCTAGGCAAGAATACTGGAGTGGATTGCCATTTCTTGAGTTTAAATGGTAAAATTAGATGAAAATTCATATCCTGAAGTTAGCTTTTTAGATCCTGTGTTTTCTGGGGACTCTATTTGTCTTATGTTGATATTACTTATATTCAATTTTATTTAGAGAAGTGAAAATGTCTATTTCTTGAATAAGGTTTCTTCCGCTTTCACTTTGTGAAATGTTTGCCTAAGAATGGAAAGTTGAAACATTTTTTTCTATATAGTTAAAAGAGTTTACTTATTTCTTTCCTGTTTTTATTTTGAGAAGGGTGAGGTATTTTTTAGATAGTAATATTGGACCAAACACCTTGAATTTATTAATTTGAAACTCAGCATGTAATTCATATAAGCTTAGATATAAAGTGTGCAGCTGTGTCAGTGACGTTTCTTCATTCCTCAAACAGCGATACATTTAAAGAACATTGTTCCGTGCACATGTATTAAATAATACTCTTTCTCAAGCTACACACTTTCTTTATAATATGCTTTGCCAGGTTTTAAACTTTGAACTCATGTGAATAATTTGCTCATTTCAGCCATGAAATCTGAAACTGTGTAAAGATTAACCACTGGTGAGGTGAAAGTCCCTCAGTCATGTCTGACTCTTTGTGACCCCATGGACTATACAGTTCATGGGATTCTCCAAGCCAGTATACTGGAGTGGGTAGCCTTTCCGTCTCCAGGGGAACTTCCCAACCCAGGGATCGACTGTCACTTATTTAAGTATTTAATTTGCTTACTAGTTAATTTATTTAACTATCTAACCTGAGAACCTGTGGGTAACTAGGAGATCTTGAATTCCACGATTCCACAAAAATGTGTTTATAACTATAGAAGTTTCTTCTTTAAAATTTTAGCTGTATAAATAAAATTGGAAACACAATTTACAAAATTTCCACTGAGGGTAAATGGCAATTTCCACCATAAGGTATTAATGTGAAAAAAAAATATTATGAGACTTTTATCCATCTGTGTACATAACCACTTTTTAAATAAAATTACCTCTAAATATATGAAATATAAAATTTAGAAGTTTTAAATTTGGCTTGAATTGCTTTATTTCAATATCAGAGCATGTCAATTTACCTGTAAATGGTAAACTAAACAAGGTATAACATTCTGGTTTGTGAAGTACTAACTGACTTAGTGGCAAGGTGAGTGCAGAATGTAGCAGGAATCATTTATGATGAGTTAATAAATTGCTTTCTTAGAGTGAGGGTACTGTGAGTTTATTTACTCCTGTTGGGGGCTGTTGGCAGGGTGGCATCCTGGGTGCTCTTCTGGAAAGAGTATTTCACCATCAAGTATCTTACTACCCGGGCAGGTGAGGTTTTGATACTCAAGTTGTGACAAGTTCAGAAGAAGGCGTGGACTTCAACCTTGCCCTCACTAGGACTGAAAGGATTGATTAAAAAGAGTAGATGGATTTATAGCCTGTGGGGCTTTGCAGAGTGAATACAGGGGTTTAAAAAAAGAAAGAAAGGGAATGAGCCAAAGAAACACTGCAAAAAGAATTAAAAAATTAGATGGAAGAAATGAAAGGTTCAAGCCTTGTGTCAGGAATTCTTCTCTGCATACTCCACCCACATGCCCTGTCAATGACAAGTTCAGCTTGACTCAGTTCCTCAGGCAAAGTGCAGTCCCAGATTGTGAGCTCTGTTATCTTTCTCCTTCATTTTTGTTTCTACTCTATTGATTCCAGAGTTTGGTCTCAAAATAGAGGAAAAACAACTCTAATCCCTCAAAACTGGTACAGGGATGAAATAAGAAACAAATATAAAAAGGCCCATGAGTTAATATTAATATCTTTTTTGTTAAACAAAGAAAGTTAAATTTTACAGGGGATATCACAAAAGAAAATGAATATATGTTTGTTTCAGTTCAGTTCAGTTCAGTCGCTCAGTTGTGTCCGACTCTTTGCGACCCCATGAACTACAGCACGCCAGGCCTCCCTGTCCATTACCAACTCCCGGAGTTCACCCAAACTCATAACCCATTAGAGTTTAGAGTCAGCCCTGATGAATTCACAAAGTGCTGACTCTCCAAAGGAAATCACGCAGAGTCCCACTGAAAAAATTCTTTTTAAAATCACTTCCCCTGTGGCTGAAATGAGAAGGGTATTCCTAAAGTAACGGTCATTAATCCTGTCAAATAATTCACCTATTTTGTGCATCTTATTCAATTGCCAGTTTAAGGGATTACTCTATTTTAAAGGCACTGATCAGGAATGGGATGGCTGCAAGGATAAATTACATGAGATTCAGTCCCCCGACTAAATATAGTTCAGTACAATAGACCAGCAATTCAATCAAGCTATCGTAAGTAGCAAGCTTATAGTAAAGACACACTCGGTAGACAGAAAAACAGCTCATGGGATTCTTGGAACAGCCAAGAAGGCAACCTCCCAGGCCTTGTAAATAGTATGTTGCACAGAAAGATCAATGACTTCCCAGTTGGTTTGTCTTGTCATCTTTCTAGGAGCCATAGCTATTTTATCTCTTGCCATCCATGTAACTAAGTGATTCTTACTTGCCTTTGAAGTCACTTCATGTTTTAACAATCAGTGGTTCAGTTTGACTCTGAAAAAATGAGTCACTCATGACAATACTCCTTGCAAACCCTACCATTTTATTGCTTCTCTCTCTTAAATTTGTGCTTGTTTCTAACTGAATGAATAGCTATATCTCACAGGTCAGATTCCTGAAAAAATTGGATTATATGCTCAGCTAAACACCATCAGGATTGTTGGGCTAGAGCTTTTATGAGCAAGTCACTCACAGACCATTGATAAAATAGTGCATTGTCTTTAGTGCACCAAGTATCCAGCAAAAGTCTGATCTACTATGACTAGGCAATTGACAATGTCAAGCAGTAGTGCTATTTAATGGGCAGGTTCCTTCATCAGAAAAGTATAGCTAGAAATGCAGATAAAATCAAGTTGTAGGCATGGCATGAATGTTTGTCCCATATATACATATGTATCTAAATAACTACAGGAACTAGCAGAACGTATTATTTATTATAAGAGGTATGCTCACAAGTGTTACAGGTATTCAGAGGGGGAAAAAACTACTTTTAGCTCAGATAACATGATGGAACTCATGAAGAACAATGACATCTGAGCTAGGGCTAGAAGAGTGACCAGGATTTGAATATATAAAAGGAAAAGTAGAATATTTTAGGCAAAAGGAATAAATAAAAATCATAGAGATAGAAAATTTCGTGAAGATGACAACTAATTTAATATGGTGTCCATCTATCCACCCTGCCATCATGTGCTCAGTCATGTCTGACTCTTTGCAATGTTATGGACCGTAACTCTCCAGGCTCCTCTGTCCATGGGACTTTTCCAGGCAAGAATACTGAGTGCATTGGGATCTTCCCAATCCATGGATTGAACCCATAACTTCTGCATCTTCTGCATTGCAGGTGGATTCTTTACACCTTGAACCATCGAGGAAGCCCTAAAGTGTGTGTATGCATGTGCTCAGTTGTGTCCAATTCCTTGAAACCCCATGGACCTTAACCAAGCAGGATCCTCTGTTTTTGGAAGTTTCCAGGCTAGAATACTGGAATGGGTTGCTGTGCGCTCCTGTAGGTGATCTTCCTGACCCAGGGATCAAACCTGTGTCTCTTGCTTGCTTCTCCTGCATTAGCAGGCAGATTTTTTACCACTGTGCCACCTGGGAATCCCCAATTTAGTATGGTCAGGTATTAAAAGAACAAAAAACATTAATAACAAAATCAATTAACATTCTTATAAAAGCATAGATCAGAGCAGTTGAAAACTACTACGAGCACCAAAGCTAAAAAAACATACACATTTAAAGCTCAGTATTCTTACCTTTCGGAGAAGGCAATGGCACCCCACTCCAGTACTCTTGCCTGGAAAATTCCATGGATGGAAGAGCCTGGTGGGCTGCAGTCCATGGGGCTGCTAAGAGTCGGACACGACTGAGCGACTTCATTTTCACACATTGGAGAAGGAAATGGCAAACCACTCCAGTGTTGTTGCCTAGAGAATCCCAGGAACGGGGGAGCCTGGTGGGCTGCCATCTATGGGGTCGCACAGAGCCGGACACAACTGAAGCAACTTAGCAGCAGCTGCAGCATTCTTACCTTTGAATATAAAGGATGGCTCATCAGGGGAGACCACTGGCAACTGAGAAAGGAAGAGTTCAAATAAATAAGGAGGATTTAAGTACAGAGTACAGGAGGTATGTCTACTTAGCTGGCATTATAAAACATTGAGATATGCAACTCTTAATTGCCTAACACTGTGTGTTGGTTGAGGTGGCAGGAGAGTGAGTGAGGAATAGGAGAAAGATGATTGAACTGCAATCTGTTAGTTTCCATTGGTCCATAAGAGTTCTAAACTTTATGTACTGTCTATGAATTGAGAAGTATCAAACTTATATCTCATGATTCAATTTTCTCATGAGCTACAGACTCAAACATCCAGTGCTTGACATTTCTACCTGGGATTCTTAATAATCATCTTAAACTTAACGTGTCCTAAACATAACTCTGATTTTCCTCCTGAATTTGTTTCTTTCCTAGGTATTTCTTACTTCATCACTTTGAATATATTCACTCAGATCCC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Seq C2 exon
AGGAGAACTTGTAATGGAGCCTTCACCTCTTGAGTTACCAACGGATACATTGCGACGCATCGCATCTGAACTTAGATGTCACCCAACAGATGAGAGAGTTGCTCTCCGCCTCGATGAAGAAGACAAGCTGAGGCACTTCAGGGAGTGTTTTTATATTCCCAAAATGCAGGATCTGCCTCCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000032277:ENSBTAT00000045767:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.123
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]