BtaINT0086097 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000012025 | LMX1A
Description
Bos taurus LIM homeobox transcription factor 1, alpha (LMX1A), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001191325]
Coordinates
chr3:3810304-3856252:+
Coord C1 exon
chr3:3810304-3810536
Coord A exon
chr3:3810537-3856079
Coord C2 exon
chr3:3856080-3856252
Length
45543 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
ATTACTTCTGCTTCTTTCAGGGA
3' ss Score
10.09
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTGTTTGCTGTCAAATGCGGGGGCTGCTTTGAGGCCATCGCACCCAACGAGTTTGTTATGCGGGCCCAGAAGAGCGTGTACCACCTGAGCTGCTTCTGCTGCTGTGTCTGCGAGCGGCAGCTCCAGAAGGGTGATGAGTTTGTCCTGAAGGAGGGGCAGCTGCTCTGCAAAGGGGACTATGAGAAGGAGCGGGAGCTGCTCAGCCTGGTGAGCCCAGCAGCGTCAGACTCAG
Seq A exon
GTGAGTGATGTGTGGTGGGCGGGAAGCCAGGGGCTAGGAGAGTGGGTTGTAGTGGCAGTCTAGGTTGCTTTCTCCCTTAGAAGGCCACCACCAAGGCACCCTGGTTCCATGACAGGGCAGTGCTGTGCATTCCAGCAAGTTTCTTTATAAGTTCAGAGTAAGTTCTTATCAGTCAGGTATTGCTGTGGTGGTGCTATGTAACAAATTACCCCCAAATTCCTTGGCATACAGCCAGAAACATTTATTCACACATTTGCAAGTCTCTGGGTAAACAGAAGTGACTCTGCTTCACACTGAAAGTCTTCAAGTCTCCTGGGATCTGTTGATCTCTGCTGACCTTGGCTCTAGGCTATAGATCAGGTTCAAGTCTGCTCTGTGTGACTGGGTTCAGGCTTGAGAAGCAGCAGCCATGAGGCCTGATCTCCTGGCAGTGGTAAAAGTGCAGGAAGGCATGCTTTACCATTCAATCACGTTTAAAGTTTCTACTCATATGACAGGTGCTAGCACTGTGCTGGTCAAATCAAACCAGATGAAACCTAAAGTCTGAGGAGGGGAAATACACTGCATGCACCTCAAGGCCCAGACAGGGAGATGCATAAAACTATTAAGGAGAACGATCAATGGGAACCAGTAATTCCGTCTGCCACAGTCATGCTGAACTGCTTGAGCCTTTGTTTCCTCACCTGTCGGAAAGCTGGATTTTAACTAAGGTTTGGTGGGTGCATTGGAGAGGAAATGGCAACCCACTCCAGTGTTCTTGCCTGGAGAATCCCAGGGACAGGGGAGCCTGGTGGGCTGCCGTCTATGGGGTTGCACAGAGTCAGACACGACTGAAGTGACTTAGCAGCAGCAGCATAAAGAAAGGATTTAGAATATATTTGCTTCACTCACCTAAGACTCATACACCCTCCCTGCAGAGGTTCAGAAACTTTCTGGATTGGGTTTCACAAGGCCAGAGAAATTTCAACTGCCCAAGTGAAGTCAGTCCCACGGGGCAACATTTGTGTTAACCTGGCCTCCCTTTTTGTGGAAGAATCTATATCACATGAGGGCATGTCCCTGTGAACTTAGTAGTTTTTGCCATTGCCGGTTCTAGTCAAGTTCCATACCACTTACCATGGCTTACAGGGCCTCTGGAATCTCACTGTGCTCATCTCCTCAGCCTCAGGGCAGCCTCTGACCCCTCCCTCTACATTCAGCACGTATCTGTGTCTCCCACTGACTTCCACATCTTAAGAGTTTATTCCCTCTCTGCCTCTCTTGCTCACTCTTTAGTCTTGCCAGTGTATCCCTTAAGCTTCTTTCTAAGACTGACTTCACGGAGGAAGACTCTTATTCCCTTGTGCCTGGGGGGTTTACCCCTAACCTCTCCTGCAGTGACATGGATCCCACTTGATTGGGGTCACTTGTTTAATTGTTGTTCTTGCCAGAGAGCTAAACGCCATGAGGGACTGTGTGCATCTTTTTTTCTTTACTACTGTGTCTGCAGGGTTTAGCACAGGCCTGGAATGCTGAGGGTGCTCGATAAAATCTGTTTTAAAGGATAAATAAACACATGGGACAGAAGCCCTGTGGGTGATGCTTGAGTTCAAGAGCTTTAGAGGCAGTCAGCTGGGACCCTCACCTTAGGTACACCATACCACTTAGATCTGTGAGACTTTGGGCAAGTTTTGGAGCCTTTCCAAGCCCTCATCTTTATAGCTGTAGATCATGGTGCTGTGGTGATCACGGTGTTGTGGTGATCATGGTGTCTTACACTGAGGAATAAAGCATAAATGTATGTTAACAGTCTGGTGTTTAGTAAGTGCCAGTGCCTGCTGGTGCTGTCATCGTCATCACAGTTGTTTCGTTTCCTTTCCCTCCTGAGGGTTGGTTCTTCTTGCCTGACTCTGCAGCCTCAGGTAAGCTGATACCAGGACAATCCCAGCTTCTGTTGGGTTCATTGGACTTCAGTTTTCCTGTATGTTTTAATTTGGGGGAAGTTTCTCCCTATTGAACATCTCACTCTGGGGTAGCCGGGCCCATGCTAAACAGCTGCTTAGTAGATCAGCTCATCCTGTCTTTTCCTCAGGTGCCATGCTGTACCCAACCACTGGGCCTCCTCTGCACCATATTGCAAAATCTTCAAATTCACAAGGGGTTAAGTGCTATGGGGATCAGAATACCAGCATGACCTTGGGAAGACATGCAGACCCAGAAGGACATACCATTCTTTCTGACACGGAAATAAATGCTGTGGTCTAGCCTTTCTTGGTACACAGTTGTGTGACTCTTGGTGACTGTTTTCCAATTACAGATTTTAACTGGGGACAAACAGTGTGTCTTTAGTGTACTGCCTCCTCCCCACACACAAAGACAAAAAGAAGCTGGATCTAAGCACCATCAAAAGTGCAGTGTTCAAGACTTGTGGTTGCCCAGGGGAAGGTTGGAAGGAGGAGGGATGGACTGGAAGTTTGGGGTTAACAAATGATGCTATTATATATAGAATGGATAAATAACAAGATCCTACTGTATAGCACGGGGAACTGTATTCAACATCCTGTGATAAGTCATAATGAAAAAGAATTTTTAAAAGAATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGGAGAAGGGATAGGCTATCCATTCCAGTATTCTTGGCTTCCCTTGTGGCTCAGCTGGTAAAGAATCTGCCTGCAATGCCGGAGACCTGGGTTCAGTCCCTGGGTTGGGAAGATCCCCTAAAAAAGGGAAAAGTTACCCACTCTAGTATTCTGGCTGGGAGAATTCCTTAGAATGTATAGTCCAGGGGGTTGCAAAGAGTCAGACACGACTGAGCAACTTTCACTACACACACACACACACACACACACACGTATATATAGGGCTTCCCTAGTGGCTCAGTCAGTAAAGAATCTGCCTGTAGTGCAGGAGACCCTGGTTCAATTCCTGGGTCAGGAAGATCCCCTGGAGAAGGAAATGGCAACCCATTCCAGCATTCTTGCCTAGAAAATCCTATGGACAGAGAAGTCTGGTGGGCTACAGTCCGTGGGGTCACAAGAGTTGGACATGACTTAGCAACTAAATCACCACATATGTATGCATAATTGAATTATTTTGCTGTGCAGCATAAATTGACACAACATTGTAAGTCGATTATACGTCAATTAAAAAAATAGTATAATGTTCAGAGCAGACAAACTGCAATAGATCAACAAGTCCACTTCTCTGGCCACATTTTTAGCAATGTTTCCTAGTTCCAGGCATTTGTTTTTGAGGCTGATATTGACAAACTAGAGCTTTCCAGTTCACTTATTCATGTACTTGCTCAGTAGGTATATCTTAGGTACTTGCTTTATGCCAGGCATGGCGTTAGGCTGTAAATGACAAAAATAGTCCTCAACCCATGTCAAATTAAGGAATAGTAGATACTTAGGCTAGAGAAGTAGAGACTAAATGGAGATATAATTATTGACTTCAAGTGGTTGGACTAAACCTGTTCTTTTTTTACCTAGCTTCAGAGAGAATTAGAATTCATTCAATTCTTTAACAAAAACCATAGAGTATTTATACTATAGATGAAGAGACAAAGGGAAGCAATTTTGACTTGACATAGGGAATGTTATGATGTCATTCCAATTATTAGGTCTAACACAGTATAGATGGTTGGATGGCATCACCAACTCAATCAATGGACATGGGTTTGGGTAGACTCCGACAGTTGGTGATGGATAGGGAGGCCTGGCGTGCTGTGGTTCATGGGGTTGCAAAGAGTTGGACACGACTGAGCGACTGAACTGAACTGAACTGAACACAGTATAACTGCTTCCCCGGTGGCTCAGCGATAAAGAATCGCCTGCAAAGCAGGGGACATGGGTTCAGTCCCTGCTCAGGAAGATCCTCTGGAGAGGGAAATGGCAACGTACTCCAGTATTCTTGCCTGCCACGGGGTGGCAAAAGAGTTGGGTAGGACTTAGCAACTGGTCAACAGCAACAGTGGAACTGCTCAAGAATCAGACTGTAGTTGTTGAAAGTGATATCGACTAGGTGGGTGGGGAAGATGATGCCCTGTTGCCCGCTTCAGCTCTAATAATCTATCATTGTTTTTTGCAGCTTTAAATAAAATGACATTAAGGTTTTAATCAGAATCAAATATCTTGTCTACCACTCACTTTGTCAATTACATAAATGTTGCCTGTCTTCCGGCATAAAAGCCGCAAAGCCAGAATTACTAATGAGAGGACCAACTTCTTGAGAATAGGGTTGCAAACTTTAATTCTTTTGTTCCTTTAAGAAGGCTTAGCTGATGCCAAGGAAAAAAGTGATCAATAAATACCTAATGAGTTAAATTAAATCTTCAAGGAAAGAAGTCCACCTCATCTTAGCGCTTTAGAGAAAGCAAACTGTTTTAGGATCTGTCCCCATACAAATACGGTTTCTCCTCTCATTTCTGTCCTGAACACTTTACACACTGTAGGTGCTTGATAAATATTTATTGAGTGAACGACTGGATGACTGTCCTCTTTAACATTTATATCAATAACTCGAAGACACTGAAGGCAGGTTTATTCAATTAGCAGATGACACAAACCTGACAGGGAACACCGTCAGGTGACAGGTTTGTCAGCTGATATTTGCCATGTTCAAAAGGATTTTGACAAGCTACCAGAACAGTACAGAGTCAGCAAAATGAGATCTAACCACTGCATTCCAAACTTTAACAGTATTTATATGCTACAGGGCCTCTTTCCATGGAATTTCACGTGGGGTTTTAGTTGATCATAAAGTCAATAGGCACCAAAAAGACTATAAGCTG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Seq C2 exon
GGAAAAGTGATGATGAGGAAAGTCTTTGCAAGTCAGCCCACGGGGCAGGGAAAGGAGCCTCTGAGGACAGCAAGGACCATAAGCGCCCCAAACGTCCCAGAACCATCTTGACAACCCAGCAGAGGAGAGCATTCAAGGCCTCGTTTGAAGTATCCTCCAAGCCGTGCAGGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000012025:ENSBTAT00000015947:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.552
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0041217=LIM=PD(3.6=2.5),PF0041217=LIM=WD(100=74.7)
A:
NA
C2:
PF0004624=Homeobox=PU(47.4=46.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]