HsaINT1021933 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000162761 | LMX1A
Description
LIM homeobox transcription factor 1 alpha [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6653]
Coordinates
chr1:165213641-165249640:-
Coord C1 exon
chr1:165249408-165249640
Coord A exon
chr1:165213814-165249407
Coord C2 exon
chr1:165213641-165213813
Length
35594 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
TTGTCTTTTGCTTCTTTCAGGTA
3' ss Score
12.04
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTAAAAGTGATGATGAAGAAAGTCTCTGCAAGTCAGCCCATGGGGCAGGGAAAGGAACTGCTGAGGAAGGCAAGGACCATAAGCGCCCCAAACGTCCGAGAACCATCTTGACAACTCAACAGAGGCGAGCATTCAAGGCCTCATTTGAAGTATCCTCCAAGCCCTGCAGGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000162761:ENST00000342310:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.483
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0041217=LIM=PD(3.6=2.5),PF0041217=LIM=WD(100=74.7)
A:
NA
C2:
PF0004624=Homeobox=PU(47.4=46.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains