MmuINT0091650 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026686 | Lmx1a
Description
LIM homeobox transcription factor 1 alpha [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1888519]
Coordinates
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Coord C1 exon
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Coord A exon
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Length
38976 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
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10.13
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.552
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0041217=LIM=PD(3.6=2.5),PF0041217=LIM=WD(100=74.7)
A:
NA
C2:
PF0004624=Homeobox=PU(47.4=46.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: