BtaINT0091648 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000000329 | MEGF10
Description
Bos taurus multiple EGF-like-domains 10 (MEGF10), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001046451]
Coordinates
chr7:27846500-27857183:-
Coord C1 exon
chr7:27857081-27857183
Coord A exon
chr7:27846647-27857080
Coord C2 exon
chr7:27846500-27846646
Length
10434 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGA
5' ss Score
9.22
3' ss Seq
GCCTGTGTGCCTCGTTTCAGGTG
3' ss Score
11.53
Exon sequences
Seq C1 exon
GATGGCACTTATGGGCTGAACTGTGCTGAGCGTTGTGACTGCAGCCATGCGGATGGCTGCCACTCCACCACGGGTCACTGCCGCTGCCTCCCCGGATGGTCAG
Seq A exon
GTGAGAGCCACGGGCCACTACTTGAAGTGAGAAACATGCCAATTTGTGCCTAGTGCTGTTCCTTGCTACCTCAGAGAAACACTCACAGGTCAGTTTTTCAAAAAAAGAAAATATGGTAATATCTCCAGTAAGGTGATAAATGTTTACCCTCACAATATTACTCCTAGGCCTAATTAGTCTGTGGGCTTCCCTGGTAGCTCAGTGGTAAAGAATCTGTCTGTCAATGCAGGAGACATGGGTTCAATCCCTGATCCAGGAAGATGCCCTGGAGGAGGAAATGGCAACCCACTCCAGTATTCTTGCCTGGGAAATCTGATGGACAGAGGAGCCTGGTGGGCTACAGTCCATGGGATCGCTAAGAGTCAGATATGACTTAGTGACTGAACAACAACAACAATTAATCTATAATCCAGGGATGACTTCTTGTTGAATCATGCAATGGCAGTTCTCTTGAGTCTTTAGGTAAGGTCTAACTATCAGTGCAGATAACTAGCAACTTCTTTATAGATAGGTAGATAGGTATATAGACAGGTAAATATAGATAGACTCTCATATCATAGAATTCACCTATTTAAAGTGTAGAATTCAATGTTTTAGTATAGTCAAAGAATTGTACAGTTATCACCACTATCAACTTTAGAAAATTTTCATTGCCCTCTCCCAAAACCCCATTAGTACTTATTAGCAGTCATTCTTCATTTACTCCCAATTCACGGCCCCACCCCCTTTGCCCTACCCTAGGCAACCACTTCTGTTTCTGTAAACTTGCCTATATGTGATGTTTTGTATCTGGATTCCTTCTGTTAGTGTATGTTTTTAAGGTTCTTCCACATTGGAGTGTATATCAGTACTTCATTCCTTTTGACTGCCAAATAATATTCCATTACTTGGATAGACCACATTTTATTTACCCATTCGTCTGTTAATAAATACTGGAATTGTTTCCACCTTATTGAATATTATGAAAAATGCTGTTATTCATGTACAATTTTTGTGTGGATGTATATATTTTTGGTATATACTTAGGCGTGAAATTGCTGGGTTGTATGGTAACTCTAAGCTTAACCTTTTCGAGAACTACTACACTTGTTTTCCAAAGCATCTGCACCATTTTGCATTCCTACCAGCAATGTATGAGATTTCTACTCCCCACCACACTTGTTATTTATCTACCTTTTTTGATTACAGCCATCCTGGTGGGTGTGAAATCTTATCTCATTGTGTTCTTGATTTCCATTCCCTCAATAAGTAATGATGTTGAGCATCTTTTTGTGTGTTTATTGATCATCTGTGTATCTTGTTTGTAGAAATGTCTTCAGATACTTTGCTCATTTTTTAACTTGGCTTATTTGTCTTATTATTACTGAGTTGTAATGTCTCTTTGTCCCCTAGCTCCATGTCCTTTTCATATATGTAAGTTGCAAATATTTTTCCTCTGTGAGTTATTTTTAACTTTCTTAATGATGTCTTTTGCCACCAAAAAGGTTTTATATTTATAAAGTTCAGTTTATCTACTTTTTCTTTTGTTGCTTGTACTTTTGGTGTCTAAGAAATCATTGCCCAGTCCTAGATAATAGATTTATGCCTCTGTATTCTTCTTAGAGTTTTATAATTTTAGCTTTTACATTTAAGTCTTTAACACATTTTGAGTTTGTTTTTGCATATGGTATACATAAGGGTCCAAATTCATCCACTGTTTATGTCAAAATCCTGCTGTCCCAGCACTATCTTATGAGAAGAGCATTCTTTCACCCCCTGTATTTTCTTGATAACCTTGTCAGAAATCAGTTGACCATAAATGTGACTTATTTATTTCTGGGCTCTCAGTTTTATTCCAGTGACAAATGTGTCTATCCTTATGTAAGTAGCATATTGTTTTGATTGCTGTAACTTTGTAGAAAATTTTAAAATTGGGAAGTATGAGTCTTTCAACTTTTGTTTTTTTCAAGATTGTTTGGCTATCCTGGGTTCCTTGAATTTCCCTTTGTGTTTCTGGATCAGCATGTTAATTCCTGCAAAGAAACGGTGGAAATTTAAAGAGGGTTGAGTCTATATATCCATGGCAGGAATAGTGCTAGCTGGGAGGGATTGGGGGCAAGAGGAGAAGGGGACGACAGAGGATGAGATGGCTGGATGGCATCACTGACTCTATGGACGTGAGTCGGTGATGGACAGGGAGGCCTGGCGTGCTGCGATTCATGGGGTCGCAAAGAGTCAGACGTGACAGAGCGACTGATCTGATCTGAACAATATTAAGTCTTCAGATCTTTGAACATAGGACGCCATCAGTAACCTCTGGAGTGGTGTCTCTCAGCTCTTTGCAATTTGCTGAGAGCTTCTTAGGCTTCTGACAAACGGAGACAAACTGTCTTGTGTTTGATTCCTAGTGTCTGAGAGCTACCTTGGGAACAGGTCAAGGCTTGTGTAATAGACTTTATTTTCTGTCACTAGGAGCTACCCACTGAAACACAGACTCCATAGTCCTCCAGTTCCTCCTTGACTTGCAAAGACTGAGATAACTCTGACTCTACAGTATGAAATTCCACTTTTCCGTGTTTCTACTTGGTTCTCAGTTACTACATGTTACAACTATTAATACGTAGGAATTAAACCAGATTTTGTGACTTTGCAAGGGTTCCTGAAGCTTTCAAATGGAGTGACCACTACTAAGTTCTCAATGACCACAGTGAAGCAAATAGTGTTTTAACCCCCCTGGTGTATTCAGGGCTTTTCTAATAGAGAAGTCACATCATTTGTTTTGGGTCATACGCCACCAAGGCTACTTTTGTCTTATGAATGTAGAGGAAATGTGACATGTTCCTGGACCCACCAGTCATTGATCAGGTATCCACCTGCTTGGATGGTTTAGAACCAGCTTGTGAAAAGCATGCTCTTGTATACATGAGAAAAGCAGGAGATATGATTTGGCCTGAAGCCAGCCAGAAAATGTGCTAGTTGCATTCCATAGTCTGGGTCATGGGGTAAGACAAATGATCCCATCTGGCCTTAGACCTGTGGAGCTCCTGCGGGAATGCAGTGGCTTTGTCACACGGCATAATCTTGTAATCCTCTGTCCATCTGTGACTGGTCTGCTTCTCCAAAGGGGAGGAAGTTTTGCTGCCTCATTGTCCTATCACTTGTTGCTCACCGTCTCTTTGCTTCATGGCTCCAGTGTCTTACTTCTCTGGGTCTTCTGTGTGGACTCTTGGTATGTTAAGTATCTAAGGCTGCCGGGACACATTGTTTAGAGAGGTCATCCCCCACACTCACAGAACACACTTGTATAAGCAAATGTGTATACAGGAAAAGAAAATTCCTGAAGTTTTGAAAAACACCCTACAATTGGATCAAGAATTGCCTTGTTTTTCTAAAAGAAAAGTAGACTCTGTATTATTTCATTGTCAACATTGGGTAGACTTATCATTTTTCACCACAAACTTACTTTGAATGGGTACCTCATACGGACATTTTGAAATAAAAAACTTTGCTTTTCATTTAGATATCAGGTTTGGGGCAAAATAAATAACCTTAATTCAGGGAAGCAAGTGATTCTGTCTCCTTTCTCCTTGCTGTGGAGTTTGCTCTCGGTGATATGTAGAGAATTGCCAGAGAGGGTAGCAAATATGTGGCATAAAAGCAAGGCCTTTGCGAAAGAATCAGTGAAATCTAACTTGGGAACCTGGACTCTTCCCTTGAGCAAATTATCGAGATTTGATCTGTAGAGACACCAACAGTGCTCGGCCGCTGAGGACACTGAGGAGAGACGGATCTGGCCTCGGAGTGTGGAGATTAAAGAAAAAGGGTCAGGAGAGCTCTATCCCTCCTTACAAAGAAATGGACATACCTACACTCAGGAAGTCAGGCTCTAACGTGATAGACAGAGGAAGTCAGCTTGCTGTCTCACCAAGGTGCTCATTCACCACCCTTGTAACTTCATTCTCTTTTCTAATGTTTGACGGTCTTTTTTTTTTTCTTAAAGGAAATGAGACTCTTATTTATTTGTACTATAATTGATTGTCCCATTTTACTAGTCATAAAATAAGTCTACAAAATGTACTGCCATAAATACTAACCAAAAATTGCATCTGACATCCCAGATACTATTTCCAAAAGAAATGTACCATTTTTCAAAAGAAGAGACATACACTTTTATTATATACTGTTAATTAAAACTTTAATTTATTGATGTGTTTAGCCAATAGGTTACTTTATCAAACAGAGGCAGATTGCAGTAAGAAAAAAAAAAGAGAGAAAGAGAAGAATGCCTGGGCTTTGTCTCCCACACCTCTGTTACACACACACACACACACACACACATATATAAGTGAGACGACTTTTCAAAATCATTATCCTGAAATTCCAGAAATATAATTAGGTCAATGTGTATGTGTATTTCCAGAGTGGAGTGATATGCTTTGTAAAGTACTTCCCCAAAACACTAGAAACATGCCACTGTTTTTTTCTCCTTCCTTTCCTCTCTGACTTCAGTCAGCCAGATCACCTTTTTGCTGAGTGTTACAGCTAATCAAGATTTCTTTCCAGCTGTCTGGGAGGATAAGTAGCCTCCAGCCTGGTTCCCAACCCTGGCTAAGATCATTGTCACCTGGGAGCTCCTTTAACTTGTATATTCTTGGTCCCACTTCAGACCTACTGAATGACAATCTAGAGGGTGCCTGAGAAGGATGGAGCCATTGCCAGCCCATAACGTATCTTTTGTATAAATTTAGAAAAGGTTTGAAATGCCTCTGAGTATGCTTCTTGGTAGTAGAAAGTAACAAGGTAGATTTATGCTCTGACTTAGCCCTTTAGCCAAAGGCTTTTGTGCAGTGTGCAACCGGCCCAGCCTTACTTGGTGGCTTTGTCTGTTACTTGAAAAGTAACCCCAGTAACTGTAGTGGCGATTACCCATCTGTGGGCTGGCCTCTGCTCTACCTTGCTATTCTAATGATTGAAGAAGTTGAAGTCCAGGGGAGCATTTCTGCTGCAGAAACCCTCATAGC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TCTTTCCATGCTTTGCCTACTTTTCTATAAAAAATAAAGAATGGGGAAGGAAGGAAGGCACTGACGGCTAAATCATATAGTATTTTTGATAAATTTTGCCTTCAATTGACAGAGCCCTTGGGCTTCTTCTCTGCTTTCTCCTTCCAAGGAAGAAAAATCAGTATAACAAAGATGTTGTATTCCTTCTCCTTCATGATGCTATAGAGAATAGTCCTGGGGTTATTTTAATGTTATGATGATATGATATATGATACAATATATGATGATGAACTGCTGTGTATAAGTGGATTTTAAGTTTTAGATCATCCCTGCTCACTGCTACCCATGATAACTCAGGTGTGATATGGTGACCTTGGTCCTGGTCTCTGACTTAGCATCCGAGGCGTCCACCCTCACAGCGTCTCACCCAGCCTTGCCTGTGTGCCTCGTTTCAG
Seq C2 exon
GTGTCCACTGTGACAGCGTGTGTGCTGAGGGGCGCTGGGGCCCCAACTGCTCCCTGCCCTGCTACTGTAAAAATGGGGCTTCCTGCTCCCCCGATGACGGCATCTGTGAGTGTGCACCAGGGTTCCGAGGCACCACTTGTCAGAGAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000000329:ENSBTAT00000000434:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF126612=hEGF=PU(69.2=25.7)
A:
NA
C2:
PF126612=hEGF=PD(23.1=6.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]