DreINT0094977 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000017229 | megf10
Description
multiple EGF-like-domains 10 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-080506-1]
Coordinates
chr10:16171942-16183354:+
Coord C1 exon
chr10:16171942-16172044
Coord A exon
chr10:16172045-16183207
Coord C2 exon
chr10:16183208-16183354
Length
11163 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAC
5' ss Score
7.82
3' ss Seq
TGCATTTTTGTACTTCTCAGGCA
3' ss Score
7.62
Exon sequences
Seq C1 exon
GACGGGACATATGGATTGGATTGCCGTGAGCGTTGTGACTGCAGTCATGCAGATGGGTGTCACCCCTCAACTGGACACTGCCGCTGTCTAGCAGGCTGGACAG
Seq A exon
GTAAACACAAACAAATCTGGATGTGTTTGCTATTTGAGCTGGATTGTTTCATGATAATCAGGGCTTTACATTAACACCCGCCAAATGCGGGTTGATTTCAGCTTTGGCGGGTTAGACAGACGCCTCCACTAGCCACTTTGGCAGATTGGAAATAATTTTTACATTGTAGTTTTCTTAAAGCAGTTCAACAATAAGGATGGCCCAATATGCATGCAAATGTGATCTTAGACTAGAGAAGCAGCACGACTGAAAACAGTAACTGTTCGCGCGATACAAAGCAGGCGAGAGGATGATTACTCGCGCGCACACAGGTGATGTGATGCACGCGACTGTTAAAAAGCGCGCACACTACTGTTTACTTGCGATTTTTTCCGTTCACTTGCGATTGGTTCTCTTTGAAAAAGACTTGATAAAAACGATGCTCGTGTACCCACAGTCCTGCTGCTTTTAAGAGCTCAAGATTGAAAAATATATAAATTTGTAAGCAACAGCAGCAGTCACTGCTTTCATTTTAATTATTCTCAGGCACGTGATCATCCTTTCATTATTACTCGTGATTTGTTTTTACCTGCTTTCTTTTGCTTACAGTTATTTTTGTTAATATAGTTTAATTATCATCCTTTACGATAACATTTCTTTAATATGAGATTAACTCCCCATTTGTGTGTAGTAACTACTGATCTGAGACCTTTAGCCAGGACAGATTACTGTGCATATTTTAGATGCTTGACAATAGATCTTTTTAAATGTTAATTAAAAAAAATAATAAAAAAGTTTTGTTGAATAAAAAGTGCATGTATACAGCTATATATTTGCTTGTTTTGAAAAATTTAAATATGTGGCTAAGAAATAATTATTTCTTTTTAATGTGGATGGAGATGAATTTGGTAAAACCTTTATTCTGAGTCCTAAAAAGTCATGTGAAATAAAAACCAATTGCAATGCGACAACCCATTTGCTCATGCACAGTGAGCAAGCTCATACACAACACACACAAACTGTGAAATAAATGAGGAGGCATGTGGACAACACAACATCTAAATAAAGTCATTTTAGCATGTCAAAGTTACATTTATTTATATAAAATATATTTTCCAAACAACAAAATTGTTGCTAGTGAAAATGGAAAGTGGCTAGTAATGTTGGAAATCTACAAGCCACAGTGGCTGGTGATCAAAAAAGTTAATGAAAGCCCTGATGATAATGTATCTTTTTCTGCTTTATAATGCTTGATTTCTTGAGCTTGATTTTGATGTAGTAGTTTAGACGCCTCTGGACAACTTACTTTTGTTTTCACTTCAGGAAAACGCTGATTTTATTTTGTCTGGAAGGTTACAGACAAAGTTTGAGTTAGCACATGTTTTCGCACAATTTGGCTTATAAATATATGATGCTTAAGTCATTTCATTGCTTGGAAGACATTTCATAACAATGGACGTTTTTGAGCTGTAGTTGCAGCCACTGACATTTTGTAAACAAATCAGCATTTAAGGTTTACAGTTCTGTAAATTAATGAAGGTTTTGTAATCATGGTTAGAACTGATGCTGGTGAAAAAAATGGATGTATAATATTTTTATGACATGGACATTATTTTGTGGTAGTTTAAAAAAAAATAACGCTACATAAAAAATATGAATGGCTAGGAATATATGGTGTTGACATACCTAAAACTAATTAAAAAAGAAAAAAATGTATATGAAAAAAACTTCAATTTTTAATAAAACTCCTGTGGCATTTTGTAAACAAACCAGCATTAAAGCATCTAATATTTTTTATTACAGCAATTTTTAGTCATGGACAAGTTGCAGCATTTTTCACTATCATTGTCACATTCTTACACTGTTTTGGTGTATCAAAAAATTAATTTGTTTTGTCTTCACAGTTAACAACACATCTATTAAGCATTACTTAATCTTTGTTAATGGTAACTACACATACAGTATATTAACGTGTTATGTAATATGTAAGTTAACATGATTTAATGGTGAACAATGACTTTATTAAACACTACATGATCTTTATTAATGTTAACCTACTCATATTTTAATGCACCTTTTACATTAACAGCATTTCAAGAGTTCACACTTAGCTCATGATTTATACATAGCTTGTTTGGCATGCTGTCCCGGGAGAGAGCCCTGAGCTCAAGGGATCCTCGAGCCCAGGGCTCCCCCCCTTTTGCAGGGCGAGTGGAGATTGAGCTCAGGTCTATCTCAAACTCCCCCGCTGCTGAGGCCAAGGCGAACTTCCTGAGAGTAGGACATTATGAAAAAGGTTTAGGCTTGTTTTATCTATAATATAGAGCACATTTGGATGGTGGGAGGAAACCGGGGAACCCGGGGGAAACCCACGCGGACACGGGGAGAACATGCAAACTCCACACAGAAATACCAGATGGCTCAGCGAGGACCCAACACCATTGGTATTCTTGCTGTGAGGCAACAGTGCTAGTCACTGGGCCACCGTGCCGCCCATTCTGGATAAAGGAGGAAGAAGGGGAGGAGGGGGGGGGGGGTTTCTTCCAGACGAAGATAGTTGTAGAAAGGAAATGAGGATATATATAGTGGTTTGGGATCCTTTGATTGGAGGATCATAATTAGTTAATGTGGACCAGCTGGGTAAATCATGAGCACATGCTCCTCTCGAAATTAGTTTAAAACTAAACTTCACTTAAACTAAACATATATTAATGTTAACTTATATTTTATTAGTTAGTGCATTTTTTAACATGAACAAATATTAGTAACACATTAGATAATGTTGCAATACATTGTACACTTCACAAGGTTTCTAATTCCCTTAACTCAGGGTTGTCCAAAGTCGGACCTGGAGGGCCGGTGTCCTGCTGACTTTAGCTCCAACTTGCTTCAACACACCTGCCTGGAGATTTCTAGTATACCTAGTAAGAGCTTGATTAGCTTGTTCAGGTGTGTTTGATTAGGGTTGGAGCTAAACTCTCCAGGACACTGGCCCTCCAGGACACCCCTGCCTTAACTAATGCTTTGGTAATGTTAGTAAAGTGATAACAAAGATAACTAATGCATTAAATAGCACATTAATATATGTTTAGTTTAATTATAGTGTTGCTGAATAAACATGTTGTTCATTTTTAGGTCATGTTATGTAACCCATGAATAAATTAGTGATTGTGTAAGTAAACATGAACTAATTAGGCTTAATTAATGTAGTATATAACACATTGATTTATGATTGACTCATTACAAAAGATTAAGTAATACTTAACCGATGTGTTGTTCACTGTTACCTTATGTTAACTAATGATTAGCTAACATTAAGTATTACACCCTTATTGTAAAGTGTTACTGTAAAAATGATTGGTTTTATTGTGGCAGAAATGTTTTGCAAATTTTTTTTTTAATTCTAGTTACAAACTTCGGTATATGTTCGGTATAACTTTAAGAGATACTTCAAATCATATTTAATATCATCAAATATGTATTCATTTTGAATACAACATGAAAACTGACATAAAACAACCTTTGTTTTTTACCCCTAAGATTATAGAGTGCAGGAACTGTGACAACACTTTGTAGGCTAATCAGCTGCTAGCATAAAATTAGTTCCCTGGATAAAATCCCCATAAGATTTTCCCATAGGCTTTTCAAAGATTGCAAATAATAAGCTCTGTGTTCAAACACTGTTCATTACACTTACACGTTTAGTCCAATCGGATTATCCTCACATGAAAACATAACTTTTAACATTTTTAGATCTTAAATTGCAAGAACTGAAAAGCTAACATTAGGTCAGTGGTTCCCAAAGTGGGGATCGCTAGACATTGACAAGGGGTCCCTTGGTGATTTCCAAAAGTCTAATAAATTTTATTAAACAATAAGAATTACCACATTTTAACCATTTTAACCATTAAAGACAAAAATAGTAGTTAATAGTTTCATGAAAAAAACAACACCATGCAAATGAAAAGCCATCAGTCTTTTAATTATTTTTGGATTAATAACACAGCAATAGCGTTAGCTGCAGCAGATTGATTTTATACCACAAGCTTAAACTTTCTGACATCTTTATGGTAATTAAATCCATAAAAAAAATAAATACAGGTCACAACTGAACATTGAGGATGATCTCCAAAGAAGCGTCAGTCTACAAAATTAAACCAAGAATAGACTTGTGCTGAAAATATTGTGTCAACCAGTCTCATTAGGTGAGGTTAATATTAGACAAATTGATAAATGACTATGAAAATGATATGGTTGTTAGACAGTTGCACTTTTTTGTGTTGTCAATATGCTGGTGTTTATATAGGCCTATGCAAGATTTGCATGATTATAACCACCTCCATGAAACAGGGGGGGTCATGAATCACTGGCATTATTATTTTGGGGGTCGCGGGTTAAAAGTTTGGGAACTCCTCCATATAAACTGTAACTAGTTAATGCTATAAACGGACTACAGTGCCTTCAGGGCGCTCGCCTGTGATGTCAGCACTACCCTGCTACAGACAACTCTTCAAACTTATTTTTAGAAATATGGTCCGTGACAAAGTTTTACTCTCTCGGTTTATTATATTATAATCCACGCTATATATAAACCAATAAATGCGCAAAAACAGATAGACTTACATGCTTTTTATGTGCATGGGAAATACATTTTGTTTTGCTTTACGCTTGTTGTAAAAGTTTAAAACTGTATGTATAAATGTGCCTATTTACTATTATGATAAGACATATTTCAATAAGTGTATCGCTTGCATGCACACAGCCTGCTTACCTTAGTAAGTTAACAAACAACAGAAATGAGTCGTGAAGGGCAGATTTATCAGATGTCTGCAAATCCCATCATAGATAGAGAACAACATTCAATATTATTTTTTTGTCAGCCAAAAGCAGGCCATAGTCACATTTGCTATACATTTTAAGGAGAGTAAATATTGCAGTTATGACAGAGTTAAATGTGAAGAAAAAAATGATGAAAAATCAATTGATGATGTTAAAATGACAGTTAATATGTCTGTATTTTT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Seq C2 exon
GCATTCATTGTGACAGTGTGTGTGCTGAGGGCCGCTGGGGGCCAAACTGCTCTCTGTCCTGTAACTGTAAAAACAGTGCGTCTTGCTCACCTGATGAAGGTGCATGCGAGTGTGCACCTGGATTCAGAGGAACCACCTGCCAACACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000017229:ENSDART00000043936:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF126612=hEGF=PU(69.2=25.7)
A:
NA
C2:
PF126612=hEGF=PD(23.1=6.0),PF0005319=Laminin_EGF=PU(61.7=58.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]