HsaINT0101771 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000145794 | MEGF10
Description
multiple EGF-like-domains 10 [Source:HGNC Symbol;Acc:29634]
Coordinates
chr5:126758362-126769201:+
Coord C1 exon
chr5:126758362-126758464
Coord A exon
chr5:126758465-126769054
Coord C2 exon
chr5:126769055-126769201
Length
10590 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGA
5' ss Score
9.22
3' ss Seq
CCCCATGTGCATTATTTCAGGTG
3' ss Score
8.64
Exon sequences
Seq C1 exon
GATGGCACGTACGGGCTGAACTGTGCTGAGCGCTGCGACTGCAGCCACGCAGATGGCTGCCACCCTACCACGGGCCATTGCCGCTGCCTCCCCGGATGGTCAG
Seq A exon
GTGAGAGCCAAGGACCGCTAATTGAAAGGTGAAACCCGCCAATTTAACACCTAGTGCTGTTCCTTATCACTTCACAGAAACACACACCAGTCAACTTTTCAAAAAAAATGAAAATTCGATAAGGTTTCCAGTAAACTGAAACCTTTAATCTATAATCCAGGACTGATTTTTTGTTGATTTGTGTAGGGGCAGTTCTCTTGAGCTACAAGTAAGGTCCAGCTGTCAAAATTCAGGCCAGCAAGATGGGGAAAATGTGAATTGCTTTGAAGAGTTCAGCAAGACCACTGTGGTATATTTTGAGCACTGAAGAAAGAATGATTGAAATAAACCCTAAAAATATGACAAGGGTCACCTTAGTGAGGCAAAAAAATACAGATATTAATATGGTGAATATGCATATGCATATTATTGTATGGTTAATATGCAAATATTAAAATGTTCATTGCTGGAAGTAAAAGTTTTAAAACTTTCTTTTTTTACGATAATGTTCTGGTCATGACAAATTCATAATATGACTGAGTACAAATTCTGTAACCACAGGGTGGGAGTTTCTCCTTATTTATATAGCTTCACCGTTTCAGCCAGGAAGTTTATCAAGCTAAAAGTGATACTGAAAGAAGAAGTTTCTGCTCATGGTATACAGACTTGCTAAGATATTTAGTGCCACCTTCCAAGTATCATGAGCAAAAACATTGTTCTTCTTCTAGGACTACTTTACATTCCTACCAGTAATGTACGAGGGTTCCATTTTTTTCATTTCCTCACCAACACTAGTTATTATCTGACTTTTTGATTCTAGCCATCCTAGTCAGTGTTCAGTGGTATCTCATTGTGGTTTTGCTTTCCATTTCCATGATGGCTGATGATATTGAACATCTTTCTGTGCATTTATTGGTCATCTCTATTATCTTCTTTATATAAATCCCTGCTCAGACTCTTTGTTAATTTTTTAACTGGATTTTCTTTTTACTATGGCGTTATAATCTTTATATTTTTTAGATATATGTCCTTATCAGATATATAATTTACAAATATTTTATTCCATTCTTTGAGTTATTTTTTCCTTTCTTGATGATGACTTTTGCAGCAGAAAAGTTTTTATTTTGATGAAGTCTAGTTTATCTTTTTTATTTCATTGCTTGTGCTTTTGGTGTTAAATGTAAAAAAACATTGCCTGATCCAAGGTCACAAGATTTATGTCCATGTTTCTCCTAAAAATTTTATAGTTTTAGCTTCTGTATTTAGATATTTGATCCATTCTGAGGTAATTTTTACATACAATATGAGGTAGGGGTCCAACTTAATTCTTTTGCGTGTGGCTATCCAGTTGTCCCAGCACTATTTGTGAAAAGGCTATTCTTTCCCCCACTGAATTGTCTTGATACCCTTTTTAAAATTCAGCATTCCATAAATGTGAGAGGATTTATTTCTGGACTCCGTATTTCATTTCATTTGTCTATATATCTCTCCTTATGCCAGCACCATACAGTTTTGATTATTGTAGCTTAGGAGGAAGCATTAAAACTGAGAAATTGAAATCCTTTTAAATTGGTTTTTCTTTTTCAGGATTGTTTTGACTATTCTGGGTCCTTGAATTTCCATGTGAATGGTAACATCAATATGTTAATTTCCACAAAGAAGCAAGGTGGAAATTTAATGGAGATTGAATCTATAGATCAATTTGGGGAATACTGTCCACTTAACAATATGAAGTCTTCAGATTCATAAACATGGGATGTCACCAGCAACCTCTTCAGTAGTGTCTCTCAGCCCCTTGGAAAATGTTGAGAGCTTCTTTGGTTTCTAAAGGAGTAAACTGAGATGAACTGTCATGTGCTTGATTTCTAGTGTCTGAGAGCTACCTTGGGAAACAGGCTAAGGCTGGTGCAATGGACTTTATTTTCTACCAATAGGAGCTACCCACAGACACGAGGCCTCCCCAACCCTGTAGTTCCATCTTGACTTGCAAAACCTGAGATAACTTGACTTCACAATAGGAAATTCTGCCTTCCAATGTTTCAGCTTGGCTCTTCATCCCCAAATGTTAAAACTGCATCAACTAGGGATTGAACCAGATTTTGTGACTTCACTAGGGTTCTTGAAGTTCTCAAATGGAGAGATCGATACTAATTTCTCAATGACCACGGTGAAGCAAAATAACATTTTTAACCTTCTGGCAAATTCAGAATTTTCTAACAGAGAGACCACATCATTTGTTTTATACAACACTCCACCAAATCTACTTCTGTCTTATAAAGATAGAAAGAATGTGAGGTGTTCCTGAACACACCAGTCACTGCTCAAGTGTCCACCTGCTTTGATGATTTAGAACTATCCTGTGAAAGGCACACTCTAGTATACATGAGAAGAGCAAGAGATAGGATTTGGCCTGAAGCCAGCCGGAAAATGTGTTAGTTGCATTCCACAGTCTGGGTCATGGGGTAAGACAAATTATCCCATCTGACCTTAGACCTATCAAGCTCCTACGGGAATGCAGTGGCTTTGTCACACAATGTAATCTTGTAATCCTCTGTCCATCTGTGGCCGGCCTGCTTCTCTAAACGGGAAGACTACTGCTTCATGCTGCTCTATTGCTTGTTGCCTACCATCTCTGCCTCATGGTCTGTCAGTCATTATTGCTCCTAGACCAGCTAAGTTGCCCCAGTGTCTCATTTCTGGGTCTTCTGTGTGGGCTGTTGGTCTGTAAGCATCTGTCAGTATCTAAGCCTGCTGTGAGGTCATCCCTCACAATTACAGAATACACTTGGTATACAAAAACACATGTAGAGGAAAAGAAAATTACTGAAGTTCCAAAAAACACCTACAATTGGACCAAGAATTGGCTTATTTTTTTTTTTAAAGAAAGAGCAGCTTCTGTATATTATTTACAAAGGTCATCATTTCATTGTCTGCACTGGACAGACTAATAATTTTTTACCCATAAAATTGTTTAGGGTTAGTACCCTGTTAGGACCTTTTTGAACGTAAAGAAGGTTTTACTTTCCATTTAAGACACCAGGTTTGAGGTCAAAAGATAAACATAAGCCCAGAGAAGCAAGCAATTCTATTTCTTCTCATCCCTGTTGCTGAGATTGCTGTAGGTGAAATATTAAGTATCCCTGGACAGGGCAGAAGTATGTAGGATAGGAGGCTTGTGTGTAGTGAGGCTTTTATGAATAAATCAGTGAAATCTGACACAGAAGCCAGGGCTCTTCCCCTGATCAAATCAACAAGATGGCCTTAAGTGCTCCGTCAACTGTGGACACTGTGGGGAGAGGCTGATCAGTTGGATTTGGAGCCAGAGATAAGAGTCAGGAGGGCCTTGTTCCTCTTTACAAAGGAATTGACATGACTAAATTGAGGAAGTCTCACCCTAAGGTGAGATGCCAAGGAAGATGGCTTGCTGTCTTACTGTGTACCCACATCCACCATTTCTTATAACTTCAACCCACTATCTAGCATTTGACTGTTCTCTCAAAGGAACTGAGGCTTTTTTATTTCTATTATAATTGATAGTCCTATTTTACCTAGTCATAAAATAAGTCCTCAAAATATACTGTTATGAAAAGTAAACAAAATAAAAGTTGTGTTTGACATTTTAGATCCTATTTCCAAAAAAAGTACCATTTTATTGTAGTATGTGGTTATTTAAAACCTTAATTTATTGTCATTTTTAGCCAATACACTATTTTATCAAAAAGAGGCAGATTGCAGTAGAAGAATGAGGAAAATGAAATACCATTCAGGATTTAGGCTGTGTCCTATGCTGCTTCTCCTACACCTCTGGACCTCTGGTACACACACACACTCTCTCTCTCTCTCTGCTATAAAATGAGGCTCGCTTTTCAAAATGATTATACTGAAATTTCAGATGTCAATGAAATATAATTATGAGTGTTTGTGTATACTTATGTATGTGTGTTTCCAGAGTAGTGGAGTGATATACTTTATAAAAGCATTTTCCCAAAATTACAGAAACAGGCTGAAGTTTATGTCTTCTTTTCTGCTCTGACTTCAGTCAGCCAGAACACCCATTTGCTGAGCATTACAGCTAATCAAGATTTCATTCCAGCTGACTGGGAACATGTGCAGTGTCCGGCCTCATTCCCAGCCCTGGCTAAGATCACTGTCACCTGGGAACTCTTCGAACTTGCATATTCCCAGTCCCCACCTCACACCTACTAAATGAGAATTTGGAAAGTGGCTGAGGAGGAGGAAGATTATGGAGCCTCTGCCCATCCAGAAAGCAACTTTGATACAAATTTGGAAAAGATTTGGAAATCCCTCAGGATGTACTCCTTGGCACATGAAGTGCAAGCCGGATTTCTGCCCCAACTTAGCCCCTTGGGCAGGGGCTCTTGCATAGTGCACAACTTGCAAAACCTTACTTGGTGGCTTTGTCTGCCCTGGTGACCCAGGCAGGCAGTGGCAGTTACGGTCTGCATAGTGGCATCTGCTGTGTCATATTACTCTAGTTATTGAAGAACTTGGGGTCTGGGGTGCATTTCTTTGACAGAAACCACATAATCAATGGCAAATGAGAAGAGGTGGTTCAAGGATGTGTTTATACCAGAATAAAAAAGTTAAACACTAAACAGATAAAAAGGAGAATAGGACACCCAATGAAACTCTAGGGGTCTTGAGAAAGAGAGGAGAGACTATCAAGGCATGGTATAATTGTAAGGGGAGGGGTAGGAGAATAAGAGGAGAGGTTGGGGGCTCATCTGAGCCCAGCCAGGAAGGGTGTAATCGGAAGGAGGATCACCTGTGGGCAAGTTGATGTGAAGAGCCCACTTCTCCGCTCTTCCCAGCAAGCAGAACTAGGCCTAGAGTGGCCGCAGCCTCCCTCCACAAGGAAAGCTCTCCTTTCCATGTTTTACCAAACAGCAAGTTTGACCAGCTGAGTGAGTGAGCTGCTACTTCAGGGACTAATCTGTCGTGAGGTGATGTCTCATGCAGCTAAGGGATGCCTGAACTGTTAAAATAAGGGGAGACCTACC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Seq C2 exon
GTGTCCACTGTGACAGCGTGTGTGCTGAGGGACGCTGGGGCCCCAACTGCTCCCTGCCCTGCTACTGTAAAAATGGGGCTTCATGCTCCCCTGATGATGGCATCTGCGAGTGTGCACCAGGCTTCCGAGGCACCACTTGTCAGAGGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000145794-MEGF10:NM_032446:14
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005319=Laminin_EGF=PD(28.3=37.1),PF126612=hEGF=PU(75.0=25.7)
A:
NA
C2:
PF126612=hEGF=PD(23.1=6.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)