BtaINT0095284 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000015522 | MRPS31
Description
Bos taurus mitochondrial ribosomal protein S31 (MRPS31), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001076015]
Coordinates
chr12:21870141-21880339:+
Coord C1 exon
chr12:21870141-21870284
Coord A exon
chr12:21870285-21880033
Coord C2 exon
chr12:21880034-21880339
Length
9749 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
TATTTTGTCTCATTTCCTAGGTT
3' ss Score
10.31
Exon sequences
Seq C1 exon
AGGCAGCACCTTCTCTTTGGGATGTAGAATTTGCTAAGCAGTTAGCTGCAGTCACTGAACAGCCCTTTCAGAATGGTTTTGAAGAGATGATCCAGTGGACAAAAGAAGGGAAATTGTGGGAGTTCCCAATTAACAATGAAGCAG
Seq A exon
GTAAGTCTTAACATCAGAGGTTTATAAAACTCTGATTGAGATTAATCTGATAGATGTTCAGTTGTAAGTTCTGGATATTTACCTGAATTTCAAAACTTAGTGTAGACATCTTTGTGATGTCCTAAAAGAAATCTGATGGTGTTTTTAAGAATACTAAGATTTCACTTAATTCTGATTGTTCGATAAGAAGGTAAAGTTATATGGCAGAAATGACATCATTAATTTCTATGACATCCCGGTGTTGAAAACTGCAAATGACAGTTTTGTGCTTGCTAAACAGGAGATAACCTGGTAAATCTTCTAATACATTAAATACTGGGTAAGGTCATCCTTCAGTTTGGGGCAACGTTACAACTCTTTAAGTCATACACTAGTATCTTTTATTTGAAACCGTTGCTTTAACGAGGCACATGTTTCTTGTATTCAAAACCTCTCAAAGCAAGTATGTTTGGAGACTTTGAACTTCCTGGGAACTCTGGCTGCATACCTAGATACTTGGAGCTGGTAATAAACTATTATCTACTTTCCTGGAGATCTCTCTGGAGGTGTTACCTCTTCCTCAGTCAAAAGGAAAACAGTATTAACTATGCTATTTATTTTTTATGGCACCCATGATAATCATCAGCCAAACATGCCATTGAATATTTATAGGTGTATTTTCAGTTAGAAGAGATTCATTTACTTTTATGGTAAGATTAGCTAGAAATTGCAAACACCTCAGGAAGACTTAAGAAAAAGTAGTCCATATTTTAACCTTTGTAATATTCTGCACTGTAATATTTTAATTTTTGATAACCTTTCATTTGTTTGGATAAGTGGAGTGGAGTTTAAATAGTCTTATATTTACATATAGTAGTATTTTATATAGGAAAACTTTAGGAACTTACACATCCTTTAGCAAATTCTTAATATTTTAAATATTTGTATGATATATTCAATAATATAGAAATCTGTGTTTCATCTATTACATAATGTACATTCTGGAAGGTATCAGGGTAAGGTGAAAAAACAAAACCCAAATCCACAGACTTGTTTGTATAAACCTGAATACAGATTCCAACTCTGTCAGTTATTAGCCATTTGCCTCTGAGGTAATAATTTAACCTCCTGAGCTTTAGTTTCCTCATCTGTAAATTAAAGAAACCTCATTGGAAGAATGTATGAATTAAATCAGATAAGTTAGTGAGTTGCTCACTACAGTTCTTGGCATATAATACTTAGAAATAAATGTTAGTTCCTTTCCCCTCTTGTATGTGATCATAGAATTTTAAAGTAGCAAAAAAAAAAAAAACCCCAAAACTAAGAAATACAATCTATGATGTTAAGGGAAGACTTTGTTCCATATTTGTTGAAGCTTGGATGTTCCAGGTCCTCATGGTGACAGACATGTTTTAAAACCCATTATTGAGGTAGAATATGCGACTTGACTTAAGAGAAACAGCGAACCGTGGTGGTTAGAGTTCAAGTGCCTGAGTGAGGCTTAATCTCTCCCAGCCTCAGGTCCTCCATCTTATAAAATGATAGAAATAGTAATAGGACTCATTTTATGGGATTCTTCTGAAAAACAAGTGAGTTTATACAAGTCACCATCATCATCCCTGTTTGTACAACAATGATATTGTGAGGGGATTTGCTATTATAAGTATTTTCTCTTCTATAACATTTTTAAATCTCAAAATATTCACAAGGATATTGTGTATTTTCTAGGTCCCACCAGATAGGATCGTAGGAAAGCATGACTTGGTGGTACATTGTCATCAGCAGTGAAACATTTCAGTTCATCAAAATCTTGTGTGTTCAGATGCTAAAGAATTTATCTTAGATTTGGCCTGGTTTTCAAGAAAGTGTGATTTCTGCAAAAGGGGAAAAAAAACCCAAGCATGTTTTCTGGTCAGGTTGGGGAGATAAATGTGACAAGTGTCCATATACACTGTACACATTATTGATGTTTTGGGGTCAGAAAGGGAGGTATCTCATTTCCAGCTCCTGAAGGCAATTGTTATCTGAGTGAAAAACAGGAAGGGGACCGTGGAAACTTTCTCACTTTGATCACCCGCCTCAGCACATACTTAGGATCTTCTCAGTACGTTAATAAGAGGACTGGCCTTAGAACCTGGAGTCTTAGCCCTTTAGAAACGTTCTTTCATGTTTCTTATACTTCGGATTTAAGAGTAATGAAATATCATGCTCTCTCTCCTAATAATTACTTTCATGAAGATTTACTTCGATACTTTTGGAAAAAGATTCCCTCCGCCCCCAAAGAAAAAACAGGCTTACCATGTCAGGTTGGGAACACAATGCTGAAAGCATCTTAAAGGCACGTCCTGTGTTTACAATTTACTTCCCAGTGTTGTGTCTTTCTGTTACATTAAAAAAAAAAAAAAATTCTGTTGTTTGTTTTGCCACTTAAAATGTAAAAATTGACTTTCCAATTTGATGGGTTTTTTTTTTTTTTTTTGGCCAGTTAAGACCTGGCTTGTCCCTTCTGATGTGCTTTTCCAGTCCAGAGATGTATAAGAACCATTGCTGCTGCTGCCAAGTCGCTTCAGTCGTGTCCGACTCTGTGTGACCCCATAGACGGCAGCCCACCAGGCTCCCCCGTCCCTGGGAGTCTCCAGGCAAGAACACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAGTGCATGAAAGTGAAAGGTGAAAGTGAAGTCGATCAGTCACATCCAACTCTTAGCGACCCCATGGACTGCAGCCTACCAGGCTCCTCTGTCCATGGGATTTAACAGGCAAGAGTACTGGAGTGGGGTGCCATTGCCTTCTCTGTATAAGAACGGTTAGGTGGAATTATTCCCAGTAGATTTTGCAATAAGATCACTTTTATTTTAGCTTTGGCTTTATCTAAATTTAATCCCATTTTTATCATTATCCAGTTAACAAGAGTCGTGCTCTTGAATATTCATCAGCCATGTATATACCACCAAATTACAAGTGTCTTTGAAATGCCCTCCAAGAGTAATTCTCAATTTGGAGGCTTCAGTGGGCAAAAAAGCTCAGTCATGGATGTCAGTCATGCTTTTATTTTTCAGTTGGTTTAAATTTGTTCACTTACAGCATGCCATCCTTTGCCAGGGTATCTGGAATGAATGCTATGACATGAGCTAGCAAGAATAGTTTAAAAAGCTCAGAATTACCATAAAACTCAGTGGTTGTTATGTGGGAGGGTATAGTGTGGAGAAAATTGGGGCAAATATAAAGATGATTAGGTCTGTGTTGTCTGAAACAATCTGCTGGTTGTTTCAGATGGTGGCCAGTGAACAAGAGCTGCAGAGTACTGCCAGGAAAAGAAATAAGTTTTGACAAAATAGAAGTGAAAACAAGTCAAAGTGAAAGTGAATTTGCTTCAGTGCTGTAATATACTCTTTGTCAAATTGGTCGTTGCTATTAGCTGGATTTTACCTTTTATTTGCTGTACTGTATTTTTAGCTGTAGTCAGTAATATTAACACATTATTGACCAGGGGATTTTTGCAGAAACTAACGCCTGTGGCGTTAATACGTCTCCAGTCAATAATGTGTTAAATGGCGTTCACTAATATTTAAAGCAGAATTAGACACAGATTTAACCTATGTTGCTTTAGTTGATTGTACACCACTGGGGTTTCCTTCTTGTCTTTAATTTTCCACTCTTATTTTTTCCTTACTATATTTTGTTTCTTTTGCTTATTAAAAAGTATTTTAAGCTATAGAAATGAATGTATGAAAGTTTACTCACAAAAACGTAATACAGAAGAATAAAGAATAAACTTTACCCCTCAGTTCTCTTCCCTTTTCCTGAAGCAACCATTGCCAGTAGTTTGATGTATGTCCCCACATCCACCTTAAATGATAGTCTCACATTTATCTGTTGTTCTGGTCTAAATGGGGCCGTATGATATATATAGTGTCCTGTAGCTTTTAAATTTTATTTATTTTTATTTAGCAGTCTGTCTTAAGCATTTCCTTGTCAGTACATAGAGATCAACTTTGTTTTAATAGTTCTATAAAATGGGAACTATTTATGTATTTTGTACTATGCCATTGTATGAATGACTGAAATTTATTTTTACCATTTTCCTATTGATGAATAGAGCTTTAGTGAATCCTGTTATACATATCCTTCTGTCCATGTCTGAGTACGTTAATTCAAGGGTCAAACAATAGGCATATTTTAAATTGCAATAAATATGAACACATTCTCTTCTAATAAGATAGCCAATCGATCCTCCAGCTGGTGAGGATGACTCCACCGTTGGTGGGAGTGGGGAGGAATGATTCACTAATCAGCATACAGACTTTCACTTAATTCCCCTGCTTATCAATTAAATGATTCATTCCTCTTTTTGTTTTAGTTTCTCCAAAAAATAAAACTGCCCATCTTCTTTGGGAGATGGATGGTGTAGTTATCTAGAGGTACAGGTAGAAGATGGATCATGGGAGATCTAATTATCCCCTAAACCAGTTTTAATTAGTCTTCTGTTTTTTGTCCCTCATCCCCATTCCTAATTTCAGTGGTATATGATGTCACTAATTTCCAAAGCCTTTGATGTCTGTTTGCTTCTTAATTTGGTTTTAGCTTTTTTCAACTCAGCTGAGTCAGTTACTACTTATCTGTCCACTTTCCTTCTTACATTTTGGTGGTAACTCCTGTTACAGTTTCATTTTCTGTTCTGTTTATCTTTGAACTTTTTAACTTTTTATTCCTTTTACTGCCATTTAGTAGGTGTTAAAAGGGAGCAGAGATTTTAAAAATCATGGTTCAATCTACATTTTAACTAGAAGTCCTTGTTGCTTATCTTTTAACTGTTCAGAGTGCCTTTAACCAACAAAGATTTTAATTTGGATGTAGATCTGTTAGCTTTTTCCCGTTTAATCTATCTGGAACTTAGTTTTGTATATAGTATCCCTTCTTTATCGCTTTCTCTCTTTTTTTTCTTTGTTTTATACTTCCCAGTACTACTTGGCTTTCTTCACTCATTGACTCATTCAG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Seq C2 exon
GTTTTGATGATGATGGTTCAGAATTTCATGAACATATATTTCTGGATAAATATCTGGAGGGTTTTCCAAAACAAGGACCAATTCGCCACTTCATGGAGCTGGTGACCTGTGGCCTTTCCAAAAATCCATATCTGAGTGTTAAACAGAAGGTTGAACATATAGAGTGGTTTAGAAATTATTTTAATGAAAAACAGGACATTCTAAAAGAAAGTGGCATAAACTTTAGTTGAAGACCATGGAAATTTTTCTTTCAAGCTGTTGGAGATTCATATTATAACTAAATAAAATAATTTTACTAGAAGTTTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000015522:ENSBTAT00000048428:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.020 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF154331=MRP-S31=FE(16.2=100)
A:
NA
C2:
PF154331=MRP-S31=PD(23.6=90.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development