HsaINT0076954 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000273784 | RP11-78J21.7
Description
NA
Coordinates
chr13:52637305-52642515:+
Coord C1 exon
chr13:52637305-52637446
Coord A exon
chr13:52637447-52642405
Coord C2 exon
chr13:52642406-52642515
Length
4959 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
CATCCAAATACTCTATCCAGCTT
3' ss Score
3.52
Exon sequences
Seq C1 exon
ACACATCACCTTCACTTTGGGATATGGAATTTGATAAGCAGTTAGCCACAGAATATGAACAACCCCTTGAGAATGAGATTGAAGAACTGATCCAGGGGACAAAAGAGGGGAAACTGAGAGTTCCCAATTAATAATGAAGCAG
Seq A exon
GTAAGTGTTAATTCCAGGGGTTATAAAATTCATTGATTGAGATTATTTCTGCCAGATATTCACTTTTAGAGTGTAGATACTTACATGAATTTCAAAACACTGTGTAGATATCTTCGCGGTGTCCTAAAGACAGTTAGTTGCAGCAGAGTCCATGCAATATAATAGAATTTTATGAAATTCAAAAACCAAATTTTGAATATACTTTCTTAGCTCTAACGGCGATAAAACTATAAAGAAAATGATCAACATAACGCGGTATTTCAGGAAGTCAGGGTAATTGAGTAGGGACACTCAGGGGCTTCGACAGTACTATCATTCTGTTCCTCAAGTTGGACGGCAGGTTCACAGGTGGTCATTTCATCATGCCTTTATGTTGTTTTATGTTGTATATATTATACTATATGTTATCCATATTATAATTACACATATTCTTTTGTTTGTAACAATGTTTCATAATATTTCAAGGAATGAATGGAAATGGGCACATAATGAAGATATGCAGTGCCTAGCCATCAGTAGAGTCCCAGCATTATCAGATTCTAAGATAATTCTTATACAAAAACAAGCAAACAAAGGGCATGTTATCTAGAATGAAAAGACCATCCATATTCTAATAAACTGAGACAATCAAATAGGGAATCCCTCTTTTAAGGATGGTATTTGTTATATGCTTGGAAGTGTTTTGAAGTAGAAATTGGTTGTAAATAAATCTACTCCTTGTTAATAGGAAAGTATAAGCTTGCTTTTAATGTCCCTGTTATCCCTACCAAGAAATTAAAAATCCTGGAGGTTAGTATTGCTTATGAACTCACTTACTTGCTTATTAATGACAGGTGCATTTGCCCTCTTAGGGGATGACCATGGGTATTTTAAAAGATAAGAAATTTGCTGAGAATTCCTTAAATTTTTCTAATTTTTACTAGCCAGTGAGGACATTGTCCCTTTTTTGCAGGTAGCTTTGAAAGATGATACCTCCACAGTTGAGACCATGTTGTTAAAACATCCTTCATTTAACCATTTACACATTTGGTTCTAAAGAATGTATTATCCTTAGATTCTTGGTTCTAAAGAATGTATTATCTTAAGATTCTTGTCTTACCACTATTCTTAAAATTTCTCTAAAACTTGCTGAGGTAATCAGCTTTAAATTCTATAAATACAGATAACAAAACCCTCTTAATCCTAAAGGTGCTTTTAAAGTTCATGCATTTATACATGTATGCAAATTGCCTATTAAATTGGGAAGATTTCATTCTAAGTAACCAAATCTTAAGGAGCTAAAGCTAACCTGCTTTATAAAATATATTAATTCCAGGACTAAGCAATTTCTGAAAACAGACTTATTTACTGTGCTGCTTAATATTTCCTCAAACTAGAATACAAGTGACGGTGGCAGAGGGAGGAAGTAACTCATACTAGGAAGAACAAATAGCTGCTGGAATATGCTTGTGGTTTAGAGCTTCTTTTAAAAATCCTGTCAGCTGCAAAGGAAAGGAAGGACTAATATTTTCCACGAGATCAGTAACATCTTTATGAAGATGCTCCTTTTGAATGTGGTACAGAAAGTTGGAAAACACTTAGGCATGGTATCTGGCATAGTGCCCCTTAGGGAGCACTTCACATGCAGACGGTCTGGGGCTTAGGATGGTTTGACTTAGAATTTTTTGACTTTATGATAGTTGCAAAGGCGATGCACATTCAGTAGAAAGTGAACTTTGAGTCCCCATAAAGCTATCCTGTTTTTCATGTTTAGGACATTGTTCCCATAAATTCATGAGCTATTCAACCCTTTATAATAAAAAAGAATTTGTGTTAGATGATTTTGCCCAAATGTAGGTTAATGTAAGTGTTCTGAGTACGTTTAAGGTAGGCTAGTCTAAGCTCTGATGCTCAGTAGGTTAGGTGTATTAAAGACGTTTTTACTTACGATATCTTCCCCTCCCAATAAACCCATTGTAAGTCAAGAAGCACCTGTAGAGGTCTGCCTTTACCAATTTCAGCTGCGACAAATTTAATGTTCCTGTATTGCTTTTAAATTGGAGAGCAGAAGCAGGTCTGAAACAAATACTGCAGTTAGCTTTGTGTTCTTCGCTATTTATTGAACAGTTCAGAGGGCAAGGAAGCAAAGAGAAGTGCTCTGAGTGTGTCTTTGCTTGCCAGCTCCTGAATTTTTAACAGTTCTACAGTGGCCTTCCTGTATTTTTCTCTCGTTTTGTGTGTTCTCTTCTGTTTTTGTTGACCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCAAAACTATCCCTTGGGAATACATAATGTTTGTATATGGAAACCCTCATGCCTTTCTTGCTACCTGTAGGATAAAGTCCAAAATCCTTAGCTTAACATTCAAATTTCTCCATCAAACTGGGTTCCTAGGCCAACTATTTCAGAGTTAATGTTGTTCTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTGAGATAGTGTCTCGCTCTGTTACCCAGTCTAGAGTGCAATGGCACAATCTTGGCTCACTGCAACTGTCACCTCCCAGGGTTCAAGCAGTCCTCTCACTTGGCTCACTGCAACTGTCACCTCCCAGGGTTCAAGCAATCCTCTCACTTCAGCCTCCTGAGTTGCTGGGACCACAGGCCTGCACCATGCCTGGCTAATAGATGTGTGTATTTTTGTAGAAAGGGGTTTTCACCATGTTTTCCTGTCTGGTCTCCAACTCCTGGGCTCAAGGGATTCACCCCTCCTTGGCCTCCCAAAGTGGTGGGATTACAGGCGTGAGCCATTGCACCCAGCTGATGTTTTTCTTAAAATGCAAATTCTTTGGTTACACCCCATACCTACTGAATTTGTATCTCATGGGAAAGCTGTACAGTTTGTATTTTTAACTAGTATTGTTTATTTCTTGCTACTCAGAGTGGTCCCAAATTAGCATCTACATCACTGGAAACATTTTAGAAAAATAGAACTCCAGGCCCTGCTCCAGACCTAATGAATCAGAATAATATAGACATTCAAGTTAGAAAAGTACTAGGTAATCTTAATGTACACTTGGAAGTTTAAGAATAACTGATCTGGCCCCAACCTGTCATTTTAAGTTTGTCCCTCAATGTTGCTCTACATTTATTCATTCAACCAACATGTATTGGGTAAGGTATCAAGGATGTCTTCACATAGTCATGGAACTCTTAGTACAAAGTTGACAGAATATAATGTCTGCCCTCCAGAGACACACTGGGGTTAACCAGTGAAGTTGCTTACTGCTGCGGGTGACCAGCCAGTGGCTCTCACCGTCCATTTAGACTAAAGGGATCAGTATTTTGGGCACACCCATAACCATTCATAGTACCTTAGTTGGGGAGCTCTGCCTTATGTCCTGGTATTTCTTAAGATTCCTTTCTTGGCTCTCTTCCCACTGCACATGCTTCTTTGACAATCTCATTTACTTCCATGGCTCAGTCACATCTGATATCCACGTCCAATCAATCATGCAGCCCAGGTAATTTACCTCCTCAAAAGCTTTTAATTTGTCATTTGTCTTCATGTTTCTACCTTAGTTTAAGTTACCATCATTTCTTACAAGGAATATGCAAACTTCTGAACAGGGTTTACAAGGACCAGCATGATCTGTCCCGATATTACATCTTGACTCTCTGTAGCCCTAACATAATCTAGTCATCAACTCCTGAATAAGACATGGCTGTCAGTACTTGGCCTCTCCACACCAAATCATTGACTCAAGATTGTTTATTAAAGAAGGACCTGTGATGCTGTTGTCATTGTCCTTAACCTGTAAACTTGCTGCCTTCCTCACTTTCCATTTATTCTTTAACCCTCTGTAGTATTGCATTTGACTTATTACCCTGAATTTGTTGTTACAAAGGTCACTAAGAGTAACCAATTTCCATATTGCTGAATCCCATCCTTCCTTCTCTTCCTGGACCTCTTGATCAATTGATAACCTTTCATAACTCACTTTTCCTCTAAACTCTCTATTGCCTTCAGTTTTGCCCAATCTGAAGTGCCCAACTGTCCTATCCTGCTTCTGTAATATTTTCCCCCTTTTACCATGTAAAAAATAATTTCCTGATGTTCCCTTTGGGTTGCTCCAGAGACTTTTTCAAAGATTGGAGTTCTCCCAAGTTTTGTCTAAAGGTCACTGTTCTTATTCTCTGTTTTCAACTTGTCCGCTTCCAATCTGTTCTCCCCAGTGCAATAGGAGTGTCAGTCTAATTATGTCAAGCCTTCAGTGGTTTTTTAAATCTTTTCAGATGGAGTTGAGGCCCTATGTGGTCTCACCTCTTCTTTATCTCACCAGCCTTATGATCAAATTCTGCACTCCCAGACATAATAGCAATTAGAATAAGAATGTTTTCAATTGCAAGAAGCAAACAGAAAAACCCAACTCAAAATTATTAAATAATACAAAACAAAAAGTCAGGAGTTTGGAGGCTTCTGGGTTGGTTAACTCAGGAGCTCACTGGTATCACTGATGAACTAGGTTTCTCCATCCTTATGCTTTCACTTTCCTTGGGATATTGGTTTGGTCTTCCAGGATGGCTATTGCTAAAGGTAGCTGCAGTAATTTATTCTGTGTTTCTGTTTATCAATAAGGAGACCTTTCCCAGAATCCCTGAGCAGACACCTCATGCATGGCCCAATTGGCTAGATTAGTTATATACCCCTTCTTAAACCATATTGTTTGCCAATATGGCCAACAATGTGGGGTTGGTGATCCCAACAATGTGGGATGTGGGATTACCACAAATGACTTAGTCATGTGCTGGAGAAACAAAATTAGGGCTTCACAGCAAGGAAGAAGGGAGGAATGAAGTATCCTACTGTTATGTATACTTGTCTTTCTTCCTGTACATACACTAAAAAATGTTCAGGCCCATATGAAAAATGTATTTATTTCCCAAAGAGAATCAGCCAGAATCTCATCCAAATACTCTATCCAG
Seq C2 exon
CTTCATATCTAAGATCTCTGGTGGACTTTTTCTGCCCGTGGACGCCGCTGAAGAAGCATCGTTAAAGTCTCTCTTCACCTTGCCGTCATGTCTAAGTCAGCGTCTCCAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000273784:ENST00000398039:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NonCoding
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development