DreINT0097910 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000057855 | mrps31
Description
mitochondrial ribosomal protein S31 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-3715]
Coordinates
chr5:23634866-23643793:-
Coord C1 exon
chr5:23643656-23643793
Coord A exon
chr5:23635202-23643655
Coord C2 exon
chr5:23634866-23635201
Length
8454 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGT
5' ss Score
10.1
3' ss Seq
TATCATGCAATTTTCCTCAGGTC
3' ss Score
8.69
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCCGACCCTTTGGGATATTGATTTAGCGAATCAAATTGTTCAGTCGACAAATCAGATGCCTCGTAATGGCTTTGAGGAGATGATGCAGTGGACCAAAGAGGGCAAACTCTGGCAATACCCAATCAACAATGAGGCTG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTCTGGATGAGGAGGCGAGCGTACCCTTCCATGAGCACGTGTTCCTGGAGAAGCACCTGGAATCGTTTCCCCGGCAGGGTCCAGTCAGGCACTTCATGGAGCTTGTAATCACAGGCCTCTCAAAGAATCATCACCTCACAGTTCAACAGAAACAGGAGCATATCGCCTGGTTTAGAGACTACTTCCAGCAGAAAGATGATGTAATGAAAGAGGCTCAAGCGTAACTTTACTGAAGATCAAAACCAGAGAGGAATAAAGTCCGTTAAGATGCTTACTGCAGTAATGACTAATAGAACTAAGCAACAATTGCATCCATAATCTGCTTAAGTCTCCATT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000057855:ENSDART00000147007:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.362 A=NA C2=0.054
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF154331=MRP-S31=FE(15.4=100)
A:
NA
C2:
PF154331=MRP-S31=PD(23.8=94.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]