HsaINT0105326 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000102738 | MRPS31
Description
mitochondrial ribosomal protein S31 [Source:HGNC Symbol;Acc:16632]
Coordinates
chr13:41303432-41323417:-
Coord C1 exon
chr13:41323274-41323417
Coord A exon
chr13:41303738-41323273
Coord C2 exon
chr13:41303432-41303737
Length
19536 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
TATTTGGTCTCATTTCCTAGGTT
3' ss Score
8.83
Exon sequences
Seq C1 exon
ACACATCACCTTCACTTTGGGATGTGGAATTTGCTAAGCAGTTAGCCACAGTAAATGAACAACCCCTTCAGAATGGATTTGAAGAGCTGATCCAGTGGACAAAAGAGGGGAAACTATGGGAGTTCCCAATTAACAATGAAGCAG
Seq A exon
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CCTTTGCTCCATTGTCTTTCTTGCTTTGTCACCCAGGCTGTAGTGCATTGGCATGATCTTAGCTCACTGCAACCTCCACCTCTCAGGTTCAAGCTATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCTAATAGCTGGGATTACAGACATGAGCCGCTGCACCTGGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGTCAGAGTCTCACTCTGATTGTCCAGGCTAGAGTGCAGTGGCACATTCTTGGCTCACTGAAGCCTTGACCTCCCAGGCTCAGGTTATTTCCCACCTCGGCCTCCCATACAGGCGCCCACCACCATGCCTGGCTAATTTTTTATATTTTTATTAGGGACGGGGTTTTACTATGTTACCCAGGCTGGTCGTGAACTCCTGCACTTAATAAGCAATCCACTCGCCTCATCCTCCCAGAGTGCTGGGCTTACAGCCATGATCCACGTGCCCAGCCACTCCACTGTCTTATGTTGTTGAGAATGCTTTTGCCATTTTTTCCATTCTTATCCTAGATTCATTGTATGTGATCTCTTTTATTTATTTTTTGGTAACTTTTAGCATCTTCTCTTCATAATATTCATAAGTTTCAGGAGGGTTATCCTTGGAAAGGGATTTTGTTTACAATCATTGTTCTAGACATTATTAGATAATTTTAATCCAGTAACTTCATTTTTCAATTCTGGGTAAATTTTCTTGTATCATTTGATAATTTCGGCCTCCCAATCTTTTTCTTTTTCTCCTTTTGTTCTATGCTCCGGGGACATTCTTTAACTATTATCTTACAATCTCTCCATTGGATTTTTGTTGCCATATTTTTAACTTCCAAATGCTTCATTGGGCTGGGCGCGGTGGCTCACACCTGTGATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAAGCAGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTGAAAATACAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGTGAGTGCCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAAGAGAATTGCTCGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATTGCACCATTGCACTCCAGCTGGGCAACAAGAGTGAAACTCCCTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCAAATGCATTGTTGCTGTTCTTCTTCTTTTTAGTGTTAGATTTTTTTTCCCCAAAGTGTTGAGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCCAGTTTCATTCTCTTGAAGGCTCTGGGCTGTAAATGTCACACATCACTTCTGTTTAGGTTCTGCTGGTAATAATTTAAACATATGCTCATGCCTAACCCAGAAGGGGCTGGGAAATGTAATGTTGCTCAACAGCCATGTACAGGTTTTTTTTTTCTTCTTTTAAGAGGTGTAGTGTCACTCTGTCACTCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATCACAGCTTACTGCAGCCTCAAACTCCTGGGCTCAAGTGATTGATCCTTCTGCCCCCAGCGTTCCAGGTACTAGGACTACAGGTGCACACCACCACACCTGGCTAATTTTCAAATGTTTTGTAGAGATGGGGTCTCACTTTGTTGCTCAGGCTGGTCTTAAACTCCTGGCTTCAAGCTATCCTCCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGAGATTATAGACATGAGCCACCATCCCCTGCCCATGCACATGTTTAGTTCTTTTACCAAGATAAAAAGCCAGAATGGATTTGAGAGATAGGTATCAGTTCCTGCCAAGGTGTCTGTCACTTACGCTAGACACTTTCTTAAAATGTCTACTGTTCTTTGAATGTTTGTTTATACTTGAGAGGAAGGCCATGAAAAGCTGTTTGTTAAATGCATGTGAATGGATGGGACTAGTTAACTGGTGGCTTCATTTGAGAGGAATTGGGAAGGAACGTCTTCATTTAAGGACCTCTGTAACTCCATATTTATAATTCTTACTGAGTTTCTCCAATGAGAAATCTTCCAACCGCTTGACTTGAGGCTACAGGCCTTGGCTGTAAGATAATTTAGAATGTTTAGAATGTCTTTAGCAAATAGAGGTTTAATTTGTACATAGCTCTGTAGCCTTTTTCTATTTATCTAGAACTTATTTTTGTATATAGTATACCCTCTTTATTGCTCTCTTTTTTTTTCCTTTGCATTATATGTGCCAGTACCACTTGGCTGTCATTCATTCATTGATTCATTCATGAAAGATCTATTCATTCTGCCCTCCTGGAGCATTCTAAGTTAAAAAGACTGTTGATCTACTTTATCTGATATTCATACAGCCAGTTATACTTTGAAAAAAATTAATGTACCAAGATAACATTAACCGTCCTTTTTACTTTCAATCTACCTATGTGGTGTTTAAGGTGAATTTCTTATGAACAGCATATAGTTGGTTTATGTTTTTATATCCACTGTGCCAGTCTCTGTCTTTTAATTTGTATACTTAGATTATTTACATTTAAAGTATTATTTTCTGTTCATTTTCTCTATCTCTCTTTCCTCTGTCTTTTCTTTTTTCTTTTTCTTTTTTTTTTTTGGACAGAGTCTCACTTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGACGCAATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTGCCAGGTTCAAGCAGTTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCACATGCCACCGTGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCACGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTTGTGACCTGCCCCCCTACCTGCCACCCCCAGCCTCCCACAGTGTTGGGATTACAGGCATGAGCCACCACACCCGGCCTCCTCTGTCTTTTCTTGGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTCTCACTCTGTCGCCCAGGCTAGAGTGCATGGTATGATCACAGCTCACTACAGCCTCGACCTCCCAGGCTCAGGTGATCCTCCCACCTCAGCCTTTCAAGTAGCTGGGACTACAGGCATGTGCCACCACACCTGGCTAATTTTTTGTAGAGACAGGGTTTTACCATGTTTCCCAGTCTGGTCTTGAACTCCTGGGCTCAAGCAATCCCCCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGTGTGAGCCACGGCACCTGGCCTCTTAGCTTCTTGTGAGCTGCCTGAACATTTTTCACAATTCCATCTTATTTATGTATTTTAAAATATAATTTTTATAGTGTTCTTGATGGTTGCCGTTATTTATGAAAATATTCCTTAGCGGCCGGACGCAGTAGTTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCAAGCCAGCCTGACCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATCAGCTGGGCGTGGTGGCAGGCGCCTGTAATCACAGCTACTGGGGAGGCCGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTGGGAGGTGGAGGTTGCAGAGAGCCGAGATTGCACCATTGCACTCCAGCCTGGGCGACAAGAGTGAAACTCTATCTCAAAAGAAAAAAATAATCATTGGCAATAATTGCTATCCTATTGATTGATTGATTGATTCAGAGTGTCACTCTGTTGTTCAGGCTGGAGTGTAGTGGCTTGATCTTGGCTCCCTACAACCTTTGCCTCTTGGGTTCAAACAATTCTTATACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCACATGCCATCACGCCTGGCTAATTTTTTTGGTATTTTTAGTGGAGATAGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTTGTCTTGAACTCCTGACCTTGAGTGAGCCGCCTGCCTCGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGCGTGAGCCACCACGCCTGGTCTTGCCACCACATTTTTAACATTTACAGCATGCTAGGCATTGTAAATGAACTTTATATATAGTTTGTGTCTGTTTGATCTTTACAAAAATGCCAGCAAGGTGCTATTTTAGTTCTCATTATTATGCTTGAGGAATCTGCTGCTCAGAGAAGTTAATTAATTAGTCCAAAGTCACTGTTGTTAAATTGGTGGGCAAAGTTAGATCTAACTCCGGGCCAGGCGTGGTGGCTCACTCCTGTAATCCCAACACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCAGATAACTTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGCGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATAAAAAAATTAGCTGGGCGTGGTGGTACATGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCATGAAACCCAGAAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCGTGCCACTCCACTTCAACCTGAGCAACAGAGCAAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAATGCAACCTAGGTCTAACTCCAAAGTTCATGCCTTAAACTGTAATATTATATTACCTCATTAATATTATTTTTATGATGTAGGTTTTGTATTTAAAATTATAATGTAATGTATTTGGTCTCATTTCCTAG
Seq C2 exon
GTTTTGATGATGATGGTTCAGAATTTCATGAACATATATTTCTGGAGAAACACCTGGAGAGCTTTCCAAAACAAGGACCAATTCGCCACTTCATGGAGCTGGTGACTTGTGGCCTTTCCAAAAACCCATATCTTAGTGTTAAACAGAAGGTTGAACACATAGAGTGGTTTAGAAATTATTTTAATGAAAAAAAGGATATTCTAAAAGAAAGTAACATACAGTTCAATTAAGACCATGGAAATTTTTATTTCAAACAATTAGAGATGGATATTACAACTAAATAAAATAATTTTACTAGAGTTTGTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000102738-MRPS31:NM_005830:6
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.010 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF154331=MRP-S31=FE(16.2=100)
A:
NA
C2:
PF154331=MRP-S31=PD(23.6=90.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)