BtaINT0102025 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000002795 | NKTR
Description
natural killer cell triggering receptor [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:7833]
Coordinates
chr22:15368280-15380065:+
Coord C1 exon
chr22:15368280-15368392
Coord A exon
chr22:15368393-15379990
Coord C2 exon
chr22:15379991-15380065
Length
11598 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTGAGC
5' ss Score
8.19
3' ss Seq
TTTCATGTGTTTTATTTCAGTTG
3' ss Score
9.41
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCCTGACCGCTTTCCTCTCCATCTCTCCCAGCTTTTGCTGCCGCCTCGGTCGCTATGGGGGCGCAGGACCGGCCGCAATGCCACTTCGACATCGAAATCAACCGGGAGCCGG
Seq A exon
GTGAGCCGGGCCACTGGGGAGCCCTGCGGGGCCTTGGCTTGCCTTGGGGAAGGGGAGGGGTCTACCTTCATCAACCCTCCCCCAAGCCTTTTTGGGAACTGGTAGGCGCAGTCCGTACTCCCTTTTCTCCTGAGGGAAAATCTGTGGAGAGGAGGGTGGTCCGGATACAAACTAATCGGAGTCCAGGCCTCGTCCTCCCAAACTCCTTGCCCCTGCACCCCTCCTGAGTGTTCCTGCCCTGCCTTAGCGCCAGGAAAAGGGGTGCGATCCTTCTGGACTTTGTCTCTCACAATATCTCTAAGGAGCAAACACTCCCAATTTCGATTTCTGGTATCTTGCTCTGTACTATGAGCTTTGGACTCCTACGTTGTATATTTTCTAATTCTTGTGCATCATTAATAGGTTAACTTTGCTTTTATTTTTCCTTAAGTGTCTTTAGCCATAATTCCTTGGTTCATGGGGTAATGACTTAGCACAAGTCTTGGGCTTTAAACCAAAGCATTTAGTATCAACGGACTTGCAATGTGTGTTCTCTTCCATTACTGTTTTCTTTAGGGAATCCAGCCATTCCTTGGTATATTTTTTTGAAAATGAGATATTTTCTTCTCAAGGATAGTTAACTTCATTCTACGTAGCAGAGCGTGCGAGATTTCAAACAGTTTTCTTAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACTGTGACAGAAGTTTTAATTGGAAGCATGTATACAGTCTTTCTGCAGATCTTGTTCAGCAGATTGTCTACTGTTCTAGACTGAGAATATAGCAATGCATAAAACAAAGGCCTCTCTTCCTTGTAGTTTATATTCTGTTGGAGGAAGACAGACAATAAACCAGAAAAAAAAAAAGTGTCTTGTAATAGGGGTACTGTTTTAATAGATTGGTCAGAAAAGGACATTTTAAGAGGATGACATTTAAGTAGACCTGAAAGAGAAGGTGAGGGTGTGGATATCTCAGAGAAGAACCTTCCTGATAGAGGAACAGATAATATGAAGGCCTTGACGAAAAAGTGTACCTTCTTGTTTGAGGAACAGAAAGTGTAGTAGCCTCCTTGACTTGATGAGAAAGCGTACCTTCTTGTTTGAGGAGTAAAGGAGGCAACTGAGTAGCACAAAATGAGTAAAGGCCAGAGTAAGAACTTTGACTCCGTGAGATAAAATGTTGAAAGGTTTTGAGCAAAGGAATGATGTGATCTTAGAAATTTTTGTTGCATTCTCTCTTCATCTTTTGAACCTTGAGGCTCTTAATCATTATTCTATAGTGAATTTTCGTTTTGAATAAGAAGGCTTATTTTTTTAAGAGTTAAAAATAGCATAGTCCTGGAAAGTAGAGGTCAAACAAAGGTTCTGTAGCCCTGGAAAGTACTCCTTATCTTGTACACATTCATATCCTAGTTTCGCAAATAACTTTTGTCATGAAACATGTCCAGAATGTGTTTGGCAAATGTAAAATGAACTTTGATCACCAATATTATAATACCGTTCCGGTAGAAGTGACTAGAACTCTAGAGAACACTGAACCGTATATAAAACAAGGAATGCTTGCATTGTTCTAGGTTGAACCAGTTGATAACTGGCAATTTCATATGGTTCAGTTTCATATATAATATTGATATTTCTCTAGCACTTTTCAGTATATTATCTAAGTAGTAGGTACTTGTGGAGAAGGCAATGGCACCCCACTCCAGTACTCTTGCCTGGAGTATCCCATGGACGGAGGAGCCTGGAAGGCTGCAGTCCATGGGGTCGCTGAGGGTCGGACACGACTGAGCGACTTCACTTTCACTTTTCACTTTCACGCATTGGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCCAGTGTTCTTGCCTGGAGAATCCCAGGGATGGGGGAGCCTGGTAGGCTGCCGTCTATGGGGTCTCACAGGGTCGGACACGACTGAAGCGACTTAGCAGCAGCAGCAGTAGGTACTTGATTTTTACACAGCTTGTAAGAATCTCTTCAGTTGTTTGAAATGAGGTGTCTTGCTTTGTATTATTTAACCTTTAGTATGTATGTCATTGAGTATTTATTCAAGTAATAACTCTTGTCTTCTCGTATAGTTAATAATTCACTTGATACAAAGTAATATCTTTTATTTACTTTGATAAGTAAAGATCCTTTAATGAGTAGCTATGTTGTCCATATTAATGAGAGATCAATAAGTACTGATAAAAATTGAACAGCACAGTGTGTATTTTCCATTACTATCAATGGAAATTTGTATATTTTATAGCAAACGAGGCTTTTGAATTGTAAAGCCACCAAATGAATGCAAGTATATATTAAAAGAGGAATGTCTTTAAATTACATGAGTATAGTTACAGAACTATTCATGTTGTTACTTCTCTTTGAGTTTTGGTGGTTTGTGGCTTTTAAGCAACTAGCTCATTTAATCTTAAGTTGTCAAACAACATCGTCCTTTAATTTAGTATCGGTGGGATCTATAGTAATATCACTTTTATTCCTCATGCTGATAATTTGTGCCTGTTGTCTTTCTTTCTGTGGCCAGTTTGGCTAGGAGTTTTACCAATTTTACTGTTATTTCAAAGAACCAGATTTTCATTTCATTGGTGTTTTGTTCTGTTTTCTTTTTTCAGAGGTTCTGTTTATTTTTTCTGACAGGCAGGTCCACCCTTCTTTGATTAAATATTAGTTCTCTCTATGGTTGTTACTGGTTGGTTAAACTGAGTACCTTTCAGGGCAGACATGAAATAGGAATCTACCTTTTCCTTCTTTGGTGCTTCAGAAACTTATTTTGCCCTTTTCAGATGTTGTATCAAGAAGTGGAATATTGGAGCCCAGGGAAACAGGTTTTAGATATCTGGTGCAAACTGATTTAAGCCAGTTTAGTCAAAAATGGCTATTAAGTTTTTAGAGCATATCAAGGAGTCACCAATAAGTTAATGGCTGTAGACTGCTTTTGTCACAACCTTGCTACCAGGACACAGTGAAAGCAAGTCACATTTGCCATATGTAGATGTTGACAAGCAAGTATACATACACATAAGTCATAAAACCAGTTCTGTAAGTCTGATGAAGTCATTTTCAGTGCTCCAAGTACTCTTTATGTGGAAGATTTCTGGTCTTGAAAATTGCCATGCGAATCTTTTAGTTTTGTGTACCAGAATCCTCTTAAATCTTGACTAGACCCAGGACCTTTTTGATGAACCCAGCCTGAGGTTCTACTCCAAAGGGTGACTCCAGATTTATGTCCTATTAATGGAAGGGTATGGATTATCTCCAAATGTTTTTATTCAGTCTGTATGTTCCAGACATTACCAGTTTGCCAATAAAAACAGATTTTAAGCATTCATTTTACTAATTACTATTTGATTAGAGATAAAGATAGCAAAAGCAGTATTAGAAGTCACCTCTGGAGTACGGCCTTTGATTTATCACTCCCCTGGAGGCTGTGTGTTTCTTAGAGGCCTGAGGTGTAGTTTTAAAATGAGAATGTCTATGTAAGGTATTTTTGAAAAGTTATAGTTGTAATATATTACATTATAATAGTATAATGGTGTAGACCTTTTTTTGTTTTCAAACTGGGAAATGCTATCATGAGACCAGAAGTCAAACTCCCAATTTTTTCACTCCCATTTCTGTTAGTATTCAATAGTTTTTCAAAGGCAGCAATGACACAACAGATTGAATGCAGAAGCAGATAGGAAAATCTATCTTTTATTACATTAGACATGAAATAGGAAATCTCATGAAATGAGATTTGCAAAAATGTAAAAGATGACACTCATTAAGTTTTTTGTTCATATTTCAAAATGTAAAGTATTAAGAAAGAACCCATATTGGGCTTCCCTGGCAGCTCAGTAGTAAAGAGACTGCCTGCTAGTGCAGGAGTCATGGGTTCAACCCCTGGTCTGAGAAGATCCCACCTGCTACAGAACAACTAAGCCAGTGGGCCCAGCTACTGAGCCTGTGCTCTAAGGCCTAGAAACTGTAGCTGCTGAACCCCGTGTGCCCTAGAGCCTGTGCTCCTTGACGAGAGAAGCCGCTGCAGTGAGAAACCTGTACACTGCAACTGGAGGCTCGTCCCCTCTTGCTGCAACTAGAGAAAAACCTGTGTAGCAACAAAGACCCAGCACAGCCAAAATTAAATGCATAAAATTATTTTTTTAAAAACCATATTCAAATGTCTTTATAAAGTCTTCAGTAATTGTTTAGCATATAGAGGGATTCTGAGACCAAAGAGTTTGAGAACTGCTGATAAAGACACATGCTTTCATAGAACTCAAGCATTGGGTTTTATCTGCAATCGTTTTAAACTTTTTGTTTGAATATAATTTCATGTTTATAGGAAGTTGAAAAGTAAAAGCAGTAAAAAGAATGCCAATCTATTCTTTACCTGCTGCTGCTGCTGCTAAGTCGCTTCAGTCGTGTCCGACTCTGTGCGACCCCATAGATGGCAGCCCACCAGGCTCCCCCGTCCCTGGGATTCTCCAGGCAAGAACACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAATGCGTGAAAGTGAAAAGTGAAAGTGAAGTCACTCAGTCGTGTCCAACTCTTCACGACCCCATGGACTGCAGCCCACCAGGCTCCTCCGTCCATGGGATTTTGCAGGCAAGAGTACTGGAGTGGGGTGCCATTACCTTCTCCGATTCTTTACCTAGATTCTTTACCTAGATTCACCTATTTACATTTTATACCATTTGCTTTATTAATCTCTCTCTTTCTCTCTAAACGCACAATTTTTTTCTGAATCATTTGAAGATATGTTACCCACATCATGGCTCTTTACCCCTAAGTACGTGCATGTATTTATTAAGAATAGAAATATTCATTAAAAGAGTCTTAAACATTTTAAAATTTTTTTCAAAGAAAAGAAAGGGGTATTCTCCAACATAACCACAATGCGGTTGTCAACTTCATAAATTTACATGGATACAATACTTTAGTCTACTATCTCTGTATTCTGTTTTTGTTCGTTGGCCTAAA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Seq C2 exon
TTGGTCGAATTATGTTTCAGCTCTTTTCAGATATATGTCCAAAAACATGCAAAAACTTCCTTTGCCTATGCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000002795:ENSBTAT00000030863:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0016016=Pro_isomerase=PU(10.6=50.0)
A:
NA
C2:
PF0016016=Pro_isomerase=FE(26.6=100),PF132061=VSG_B=PU(19.7=46.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]