MmuINT0108807 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000032525 | Nktr
Description
natural killer tumor recognition sequence [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:97346]
Coordinates
chr9:121719459-121727390:+
Coord C1 exon
chr9:121719459-121719545
Coord A exon
chr9:121719546-121727315
Coord C2 exon
chr9:121727316-121727390
Length
7770 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTGAGC
5' ss Score
8.19
3' ss Seq
CCCCTCATATTTTGTTTCAGTTG
3' ss Score
9.7
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCGCCGCCGTCCCGCTGCTGCGCTCGCGATGGGCGCCCAGGACCGGCCGCAGTGTCACTTCGACATCGAGATCAACCGGGAACCGG
Seq A exon
GTGAGCGGGGCGGGCCCCTCTGTGGGCCCGGGTCGGGGTGGAAGTGGACGCGGCGGAGCCGGAGCCGGAGCCGGGCGGGGGCGGGGCGGGGCGGGCTCGGCCGGCCAGAGCTGCGGAGCCGCCGCGGTCACGAGCCGGCCAGCTGCCCTCCGCTGTCCCTCGGGAGCCTTCCCGAGAATGTACTGGCTCCGGGAGACGTGGCTGGAGAGGAGAGACTGAAGGGCTTGTGCGGGTTCTGTAGCCCCGGGATTGCTCCTAGGCTGCGGCCGCGATGTTTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGAAGTCCAGTGTGCAGCCATTCATTAATCCCGAGGCGTCGACGTCTCTGTGTGCAGAGAGGTGGCTGCTGCACACATCGGTGCGCACACATGTAAAGGTCGCGTGTGTATCGAGCAGGAACATGTGTACGGATGCGCGGTTCTCAACCGACAGGGATCTTAACTGGAGGTGTGTGGTGTGCGCCACGTCTTAGGTCGCAGTGGACTCGCAGGAGAGCTGCTTGTCCTGGGCTCTGGAAGGGCAGCAGTGACTAAAGCAGGGCTGCTGCTTCTTTTATGTTGACGTCCTGGGGGAAAGAGGCAGGAAGTGAAGGGGTAAAAACCGCATTCCCTCCAGTAGTGCTGTTTTAGTCAGGCGGTGAGCGAGAAAGGCCATCTTGAGAAGATGACATTTGAGTAGGTGCGAAGCCGAACCTGTGGAGGGACGCCTTTGAGAACTGTGCTTGGTAGTGGCAGCCAACGGTTAGCTTGGGTTCTGAGACAGCGCTTGTGTTTCTTGAGGGAAAGCGAAGGTCCCGGTCTGGCTGGAGTAGAGGGAACAGAATAAGGAAAACTCAGGCTCTAGGATAAAAGGAAGACGGTGACGGTTCTGAACAAAGGATTGGAGCGATCTTAAACGTTCTGTTTTTCTCATCTAACATTTCGACCCTGACTGTAGCTGCAGTTTATTTAGCATTTACCAAACTTACTCTGGAGATTTTTCACGGATTTTTTTTTTTTTTTTGCAAAACTAATGTATTAACATACTCAGAAAGTAATAGGAATATAACTGGGAAGTATTTTCCTCGAATAACCAAGGACCTGACTTTGATCCCCAACACCACAGATGGATGTCAGTCTTGAAAAGAATGTACTTAACATGGCTATACATCTTCGTTTAATGTCTTTTTTTTTTCAGGCGTCTTCTATTTTTAACCTTTTAAATTTTGTTTTGTTTTTGTATTTCAAGACAGGGTTTTTCTGTGTAGACCAGGCTGTCGTAGAACTCAAAGAGAACCGAGTGCTGGGATAAAAGGTGTCCACCACTATTGCCCCACTTATTTTTAAGAATCAGCCAGAAGCAGTGGGAGAGTGCTTGTCTGGGAAGAGTGCTTGCCTGTTGTATTGTTGGCTCCAAGTTCAATTTCCAGCGTCACAAATAAAAGTATCTGATTTAGATTTACTTTGATAAGCAGAGGTGATGCAGAAATCAAGATGTACTGTTAAGGATTAAGTATGTACTTTCAGTTACCATGAGTACAAATACAAAACAGATTTTCTTTTGAATTATAAAACTGTTGGATGACTGCAAATGCAGATTTAAAAGGGGGACAACCTTTACATTGTATAACAGGTTTCCTGTATGAATCCAGTAAATTGTTCCTATTGGAAGTCATTCTGTTGTTATCCTGTAATATTTGGTGGTTATTAAGGTTCTTAACATAGGCTCTAATTTCTTTGATTAATACAGGATTATTCATTCACATGTATGTTATTTAATTGATTTATTATTGGTGGTTTGTGGCTTTTAAGAAGCTGATGTATTTATTTATCTAACTTGTCAGGTTTATGTGCTAGGATTGTTTTCCTAGTATGTAGTGATAGCTGATCTTTCACCCCTGATGGAAAATATGTTGTTTATCGCTCTAATGGTAGCATGAACTTGGGAGAGCAGGGCCTAAAAATAGAGTGGGCCAAGACTCCTGCATTTATTTATTTATTTATTTATTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCACTTACCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCACCACCCCCGGCTGTTGACTCCTGATTTATTCAACACATCAGACAATTTAAACTCCCAAGGATTAAGAAGAGTCACCTGCTTAAAGTCACAATGACAAGCAGAACATGGCAAAAACATTTTTTTCAGAGAGGCATATAGACAACAGCCAGTTGTAATGAATGAGCTAAAGTAAACTGTCCGACTGCCACAGCTGGGAGGGCCAGGAAAGCACATTCCAGGAACAAGTCCATGCTTTTGAAGAAACTGAGGTCACAGGACTCTTGTTTTCTTGGATTTTTCTCACAAGCATTCATAATTCCCTCTGTTCTTTCACTATTTGGACAATGTGTGCCTGTTGTCTTTTATTCCTCTTAATCTACCATTAATCTATCATTTTTTTAAGAACCAGATTTTAGTGTCTTAGACTGTTATTGTCCTCTTTTCAGCTTTATCAATTTCAGGGATTTTTGTTTGTTTGTTTGTCTGTTTGTTAGTTTTTATCATTTCCTTCTAATGTTTGATTTGGTTTTATTTTTTTATTATAATTTCTTTTTTAAATGTTATGTGCATTAGTGTTTTGCCTGAATGTATGTGTGAAAGAGTTGAGTCTTCTAGGACTGAAATTAGAGATAGTTGAGAGCCACCATGTTACTGCTGGGAATTGAACTCAGGTCCTCTGGAAGAGCAGCCAGTGTTCTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTAGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCACCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCACCACGCCCAGCACAGCCAGTGTTCTTAACCACTGAGAAATATCTCCAGTTCCATGATTCCTTTTCTAATATAAAGGATTAATTATATGTTTACATGGGAAGTTTAAATGTATCCTATAAATTTTGATACTCATTTTCTTCAAGTTCAAAATATCTAACTTTTCTCAAGATTGTCTTTAACTCATGAATTTACAAATATTTTTATTTCTAAGTACAGATTAAACATTTTTTATCCAGAATGCTCAAAATGAAAAAGAATTCAGAGATCACATTTTATTTTAAATTTTGGAAACCTTTGCATATATTAAATAAAGATGTTTTGGAGAATATGCATATGACATGAGGGTAATTTTTGTATTGGTAACCACCAATGCAAAAATTCTGTGGGAGGGGGTGGTGGTGGGGGGTGTTGTGACTGCTACTGTATCAGGTAGAAATTTTTCACTTGTGGTATCATGTGAAAATGAAAGAACTGGACTCTTTTGAATAGGATACTTAACTTTTTATTCCACTCCTATCCTTTTTTTCTTTTTTGAGATAGGGTCTTTCTATGAAGTTCTGGCTGTCCAGGAACTCAATATGTAGACTAGGCTGGCCTTGAATTCACAGAGATCCTCTGCCTTTTGAGTGCCGAAAGCAAATTTTAAAATAAGGTACTTTAAGATCACAAATGACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGACCACCTCTGTCCTTTAGGTTTAACTACTTTAGACATTATTTCTGTGTTTGGAATTGCCTTTTCATTTTGTTGTGAGATCAGGTCTCGCTGTTTCTCAGGCTAGCCTTAAATTTCTTAAGGCCAATGTGTTGTTCTCTTAATATACATCTTTTTTTTTCCTGATGTATGTCCAAGGGCATTACATCATGACTCTTTACTTTGAAGTACTTTAGTGTGCATGTCTAAGTCTGGGACTATTCTGCCAGGTGTGTGTCCTACAACCCTAATAGCTGAGAGGACGAGGACCAGAGCTCAGAGCAATTGTTCCTACTCTGGCCTTGTGCATACTGGTTTAGCATTCTACCAGCTACAATCCTAGCCCCAAGATGATTTTTTTAACGAGTTTTTTTGCTTTAGGTTTTTTTTTTTTGTTTTTTGTGGACCCAAGAGAAGTATCATAAATCCTTGGCAGTTTATCAGGATGGATAAAAATGGGGATATGATTAAAAGGGATGTTCTACTTTTCTATTTAAGATTCACAAAATACTAATTAAAATCTGTCTGTAGAAAACAGTGGAAGTATTTTAAATTTTTATTAAGAAATTAAGGGGTAATTATGTCAGGCATGTGTGTGTGTTGCTTGTGACCTTCGTCATGACATCGGTCTTTCTGTGGCTCTAGAGACAGTAGTGTGGTAGTTTGTTCACCTTCGTATCTACTCTAAGCGTTAGACTCACTCAGGGTAGATGTGTCGGACCAGATTTGTACTAGGAGAACAGAAATGTCCCTCGCATCTCAGCCTTATTACTAGACATATATGATCTCCACTCTTTAACTGCTCGTGAATTAAATATGAAGTAGAAACTGTGTTGAAGAGAGTTACTAAGTAATATAACTTTGAGAATAGAGTATGGTTTTGTATCATGAATTTAGTGGGATGTATTAATAACAGCACAATTAGGCAGACTTGTTATAACATAGTCAGCCAGGGAAACCAATGGGGGAGTAAACATCCCATGTTTACTGTCCTAGCAGTTATTGAAGAAGGATTTTCTATTACGTTTACTTATTTAATGTGTATGAGTACATGCATGTGGAGATCAGAAGAAAAAATAAGTAGGGGAGTGGGTTCTCCTTTGACAGTGTGGAACCTGGAGATCAAACTCAGACTATCAGGTTTGGCAGCAAGCACTTTGACTTGCTGAGACATCTCAACAGCCCCTCTTTTAGTTTCTTAAGAAGTTAGCCTGGAAGCCGGGCATGGTGGCGCACACCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATA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Seq C2 exon
TTGGTCGAATTATGTTTCAGCTCTTCTCAGACATATGTCCAAAAACATGCAAAAACTTCCTATGCCTGTGCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000032525:ENSMUST00000035112:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.081 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0016016=Pro_isomerase=PU(22.2=50.0)
A:
NA
C2:
PF0016016=Pro_isomerase=FE(55.6=100),PF0016016=Pro_isomerase=PU(1.8=3.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types