MmuINT0108807 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000032525 | Nktr
Description
natural killer tumor recognition sequence [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:97346]
Coordinates
chr9:121628577-121636508:+
Coord C1 exon
chr9:121628577-121628663
Coord A exon
chr9:121628664-121636433
Coord C2 exon
chr9:121636434-121636508
Length
7770 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTGAGC
5' ss Score
8.19
3' ss Seq
CCCCTCATATTTTGTTTCAGTTG
3' ss Score
9.7
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCGCCGCCGTCCCGCTGCTGCGCTCGCGATGGGCGCCCAGGACCGGCCGCAGTGTCACTTCGACATCGAGATCAACCGGGAACCGG
Seq A exon
GTGAGCGGGGCGGGCCCCTCTGTGGGCCCGGGTCGGGGTGGAAGTGGACGCGGCGGAGCCGGAGCCGGAGCCGGGCGGGGGCGGGGCGGGGCGGGCTCGGCCGGCCAGAGCTGCGGAGCCGCCGCGGTCACGAGCCGGCCAGCTGCCCTCCGCTGTCCCTCGGGAGCCTTCCCGAGAATGTACTGGCTCCGGGAGACGTGGCTGGAGAGGAGAGACTGAAGGGCTTGTGCGGGTTCTGTAGCCCCGGGATTGCTCCTAGGCTGCGGCCGCGATGTTTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGAAGTCCAGTGTGCAGCCATTCATTAATCCCGAGGCGTCGACGTCTCTGTGTGCAGAGAGGTGGCTGCTGCACACATCGGTGCGCACACATGTAAAGGTCGCGTGTGTATCGAGCAGGAACATGTGTACGGATGCGCGGTTCTCAACCGACAGGGATCTTAACTGGAGGTGTGTGGTGTGCGCCACGTCTTAGGTCGCAGTGGACTCGCAGGAGAGCTGCTTGTCCTGGGCTCTGGAAGGGCAGCAGTGACTAAAGCAGGGCTGCTGCTTCTTTTATGTTGACGTCCTGGGGGAAAGAGGCAGGAAGTGAAGGGGTAAAAACCGCATTCCCTCCAGTAGTGCTGTTTTAGTCAGGCGGTGAGCGAGAAAGGCCATCTTGAGAAGATGACATTTGAGTAGGTGCGAAGCCGAACCTGTGGAGGGACGCCTTTGAGAACTGTGCTTGGTAGTGGCAGCCAACGGTTAGCTTGGGTTCTGAGACAGCGCTTGTGTTTCTTGAGGGAAAGCGAAGGTCCCGGTCTGGCTGGAGTAGAGGGAACAGAATAAGGAAAACTCAGGCTCTAGGATAAAAGGAAGACGGTGACGGTTCTGAACAAAGGATTGGAGCGATCTTAAACGTTCTGTTTTTCTCATCTAACATTTCGACCCTGACTGTAGCTGCAGTTTATTTAGCATTTACCAAACTTACTCTGGAGATTTTTCACGGATTTTTTTTTTTTTTTTGCAAAACTAATGTATTAACATACTCAGAAAGTAATAGGAATATAACTGGGAAGTATTTTCCTCGAATAACCAAGGACCTGACTTTGATCCCCAACACCACAGATGGATGTCAGTCTTGAAAAGAATGTACTTAACATGGCTATACATCTTCGTTTAATGTCTTTTTTTTTTCAGGCGTCTTCTATTTTTAACCTTTTAAATTTTGTTTTGTTTTTGTATTTCAAGACAGGGTTTTTCTGTGTAGACCAGGCTGTCGTAGAACTCAAAGAGAACCGAGTGCTGGGATAAAAGGTGTCCACCACTATTGCCCCACTTATTTTTAAGAATCAGCCAGAAGCAGTGGGAGAGTGCTTGTCTGGGAAGAGTGCTTGCCTGTTGTATTGTTGGCTCCAAGTTCAATTTCCAGCGTCACAAATAAAAGTATCTGATTTAGATTTACTTTGATAAGCAGAGGTGATGCAGAAATCAAGATGTACTGTTAAGGATTAAGTATGTACTTTCAGTTACCATGAGTACAAATACAAAACAGATTTTCTTTTGAATTATAAAACTGTTGGATGACTGCAAATGCAGATTTAAAAGGGGGACAACCTTTACATTGTATAACAGGTTTCCTGTATGAATCCAGTAAATTGTTCCTATTGGAAGTCATTCTGTTGTTATCCTGTAATATTTGGTGGTTATTAAGGTTCTTAACATAGGCTCTAATTTCTTTGATTAATACAGGATTATTCATTCACATGTATGTTATTTAATTGATTTATTATTGGTGGTTTGTGGCTTTTAAGAAGCTGATGTATTTATTTATCTAACTTGTCAGGTTTATGTGCTAGGATTGTTTTCCTAGTATGTAGTGATAGCTGATCTTTCACCCCTGATGGAAAATATGTTGTTTATCGCTCTAATGGTAGCATGAACTTGGGAGAGCAGGGCCTAAAAATAGAGTGGGCCAAGACTCCTGCATTTATTTATTTATTTATTTATTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCACTTACCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCACCACCCCCGGCTGTTGACTCCTGATTTATTCAACACATCAGACAATTTAAACTCCCAAGGATTAAGAAGAGTCACCTGCTTAAAGTCACAATGACAAGCAGAACATGGCAAAAACATTTTTTTCAGAGAGGCATATAGACAACAGCCAGTTGTAATGAATGAGCTAAAGTAAACTGTCCGACTGCCACAGCTGGGAGGGCCAGGAAAGCACATTCCAGGAACAAGTCCATGCTTTTGAAGAAACTGAGGTCACAGGACTCTTGTTTTCTTGGATTTTTCTCACAAGCATTCATAATTCCCTCTGTTCTTTCACTATTTGGACAATGTGTGCCTGTTGTCTTTTATTCCTCTTAATCTACCATTAATCTATCATTTTTTTAAGAACCAGATTTTAGTGTCTTAGACTGTTATTGTCCTCTTTTCAGCTTTATCAATTTCAGGGATTTTTGTTTGTTTGTTTGTCTGTTTGTTAGTTTTTATCATTTCCTTCTAATGTTTGATTTGGTTTTATTTTTTTATTATAATTTCTTTTTTAAATGTTATGTGCATTAGTGTTTTGCCTGAATGTATGTGTGAAAGAGTTGAGTCTTCTAGGACTGAAATTAGAGATAGTTGAGAGCCACCATGTTACTGCTGGGAATTGAACTCAGGTCCTCTGGAAGAGCAGCCAGTGTTCTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTAGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCACCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCACCACGCCCAGCACAGCCAGTGTTCTTAACCACTGAGAAATATCTCCAGTTCCATGATTCCTTTTCTAATATAAAGGATTAATTATATGTTTACATGGGAAGTTTAAATGTATCCTATAAATTTTGATACTCATTTTCTTCAAGTTCAAAATATCTAACTTTTCTCAAGATTGTCTTTAACTCATGAATTTACAAATATTTTTATTTCTAAGTACAGATTAAACATTTTTTATCCAGAATGCTCAAAATGAAAAAGAATTCAGAGATCACATTTTATTTTAAATTTTGGAAACCTTTGCATATATTAAATAAAGATGTTTTGGAGAATATGCATATGACATGAGGGTAATTTTTGTATTGGTAACCACCAATGCAAAAATTCTGTGGGAGGGGGTGGTGGTGGGGGGTGTTGTGACTGCTACTGTATCAGGTAGAAATTTTTCACTTGTGGTATCATGTGAAAATGAAAGAACTGGACTCTTTTGAATAGGATACTTAACTTTTTATTCCACTCCTATCCTTTTTTTCTTTTTTGAGATAGGGTCTTTCTATGAAGTTCTGGCTGTCCAGGAACTCAATATGTAGACTAGGCTGGCCTTGAATTCACAGAGATCCTCTGCCTTTTGAGTGCCGAAAGCAAATTTTAAAATAAGGTACTTTAAGATCACAAATGACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGACCACCTCTGTCCTTTAGGTTTAACTACTTTAGACATTATTTCTGTGTTTGGAATTGCCTTTTCATTTTGTTGTGAGATCAGGTCTCGCTGTTTCTCAGGCTAGCCTTAAATTTCTTAAGGCCAATGTGTTGTTCTCTTAATATACATCTTTTTTTTTCCTGATGTATGTCCAAGGGCATTACATCATGACTCTTTACTTTGAAGTACTTTAGTGTGCATGTCTAAGTCTGGGACTATTCTGCCAGGTGTGTGTCCTACAACCCTAATAGCTGAGAGGACGAGGACCAGAGCTCAGAGCAATTGTTCCTACTCTGGCCTTGTGCATACTGGTTTAGCATTCTACCAGCTACAATCCTAGCCCCAAGATGATTTTTTTAACGAGTTTTTTTGCTTTAGGTTTTTTTTTTTTGTTTTTTGTGGACCCAAGAGAAGTATCATAAATCCTTGGCAGTTTATCAGGATGGATAAAAATGGGGATATGATTAAAAGGGATGTTCTACTTTTCTATTTAAGATTCACAAAATACTAATTAAAATCTGTCTGTAGAAAACAGTGGAAGTATTTTAAATTTTTATTAAGAAATTAAGGGGTAATTATGTCAGGCATGTGTGTGTGTTGCTTGTGACCTTCGTCATGACATCGGTCTTTCTGTGGCTCTAGAGACAGTAGTGTGGTAGTTTGTTCACCTTCGTATCTACTCTAAGCGTTAGACTCACTCAGGGTAGATGTGTCGGACCAGATTTGTACTAGGAGAACAGAAATGTCCCTCGCATCTCAGCCTTATTACTAGACATATATGATCTCCACTCTTTAACTGCTCGTGAATTAAATATGAAGTAGAAACTGTGTTGAAGAGAGTTACTAAGTAATATAACTTTGAGAATAGAGTATGGTTTTGTATCATGAATTTAGTGGGATGTATTAATAACAGCACAATTAGGCAGACTTGTTATAACATAGTCAGCCAGGGAAACCAATGGGGGAGTAAACATCCCATGTTTACTGTCCTAGCAGTTATTGAAGAAGGATTTTCTATTACGTTTACTTATTTAATGTGTATGAGTACATGCATGTGGAGATCAGAAGAAAAAATAAGTAGGGGAGTGGGTTCTCCTTTGACAGTGTGGAACCTGGAGATCAAACTCAGACTATCAGGTTTGGCAGCAAGCACTTTGACTTGCTGAGACATCTCAACAGCCCCTCTTTTAGTTTCTTAAGAAGTTAGCCTGGAAGCCGGGCATGGTGGCGCACACCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATA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Seq C2 exon
TTGGTCGAATTATGTTTCAGCTCTTCTCAGACATATGTCCAAAAACATGCAAAAACTTCCTATGCCTGTGCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000032525-Nktr:NM_010918:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.074 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0016016=Pro_isomerase=PU(10.6=50.0)
A:
NA
C2:
PF0016016=Pro_isomerase=FE(26.6=100),PF132061=VSG_B=PU(19.7=46.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: