BtaINT0103623 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000009265 | NR5A2
Description
nuclear receptor subfamily 5, group A, member 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:7984]
Coordinates
chr16:80834823-80877243:+
Coord C1 exon
chr16:80834823-80834970
Coord A exon
chr16:80834971-80876755
Coord C2 exon
chr16:80876756-80877243
Length
41785 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAGG
5' ss Score
9.31
3' ss Seq
GTTTTTTTTTTTTAATCCAGATG
3' ss Score
8.41
Exon sequences
Seq C1 exon
GTAGACTATTCCGTCATAGCCTCACAGGCGGGGGCCACACTCAACAACCTCATGAGCCATGCACAGGAATTGGTGGCAAAGCTTCGTTCTCTGCAGTTTGATCAACGAGAGTTCGTGTGTCTGAAGTTCTTGGTGCTCTTTAGTTTAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000009265:ENSBTAT00000012207:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0010425=Hormone_recep=FE(23.1=100)
A:
NA
C2:
PF0010425=Hormone_recep=PD(35.4=90.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development