HsaINT0115678 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000116833 | NR5A2
Description
nuclear receptor subfamily 5 group A member 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:7984]
Coordinates
chr1:200120808-200177424:+
Coord C1 exon
chr1:200120808-200120955
Coord A exon
chr1:200120956-200173962
Coord C2 exon
chr1:200173963-200177424
Length
53007 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAGA
5' ss Score
9.14
3' ss Seq
TTTTTTTTTTTTTAATGCAGATG
3' ss Score
9.9
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATGTCAAAAACCTTGAAAACTTCCAGCTGGTAGAAGGTGTCCAGGAACAAGTCAATGCCGCCCTGCTGGACTACACAATGTGTAACTACCCGCAGCAGACAGAGAAATTTGGACAGCTACTTCTTCGACTACCCGAAATCCGGGCCATCAGTATGCAGGCTGAAGAATACCTCTACTACAAGCACCTGAACGGGGATGTGCCCTATAATAACCTTCTCATTGAAATGTTGCATGCCAAAAGAGCATAAGTTACAACCCCTAGGAGCTCTGCTTTCAAAACAAAAAGAGATTGGGGGAGTGGGGAGGGGGAAGAAGAACAGGAAGAAAAAAAGTACTCTGAACTGCTCCAAGTAACGCTAATTAAAAACTTGCTTTAAAGATATTGAATTTAAAAAGGCATAATAATCAAATACTTAATAGCAAATAAATGATGTATCAGGGTATTTGTATTGCAAACTGTGAATCAAAGGCTTCACAGCCCCAGAGGATTCCATATAAAAGACATTGTAATGGAGTGGATTGAACTCACAGATGGATACCAACACGGTCAGAAGAAAAACGGACAGAACGGTTCTTGTATATTTAAACTGATCTCCACTATGAAGAAATTTAGGAACTAATCTTATTAATTAGGCTTATACAGCGGGGGATTTGAGCTTACAGGATTCCTCCATGGTAAAGCTGAACTGAAACAATTCTCAAGAATGCATCAGCTGTACCTACAATAGCCCCTCCCTCTTCCTTTGAAGGCCCCAGCACCTCTGCCCTGTGGTCACCGAATCTGTACTAAGGACCTGTGTTCAGCCACACCCAGTGGTAGCTCCACCAAATCATGAACAGCCTAATTTTGAGTGTCTGTGTCTTAGACCTGCAAACAGCTAATAGGAAATTCTATTAATATGTTAGCTTGCCATTTTAAATATGTTCTGAGGGTTGTTTTGTCTCGTGTTCATGATGTTAAGAAAATGCAGGCAGTATCCCTCATCTTATGTAAGTGTTAATTAATATTAAGGGAAATGACTACAAACTTTCAAAGCAAATGCTCCATAGCTAAAGCAACTTAGACCTTATTTCTGCTACTGTTGCTGAAATGTGGCTTTGGCATTGTTGGATTTCATAAAAAATTTCTGGCAGGAAGTCTTGTTAGTATACATCAGTCTTTTTCATCATCCAAGTTTGTAGTTCATTTAAAAATACAACATTAAACACATTTTGCTAGGATGTCAAATAGTCACAGTTCTAAGTAGTTGGAAACAAAATTGACGCATGTTAATCTATGCAAAGAGAAAGGAAAGGATGAGGTGATGTATTGACTCAAGGTTCATTCTTGCTGCAATTGAACATCCTCAAGAGTTGGGATGGAAATGGTGATTTTTACATGTGTCCTGGAAAGATATTAAAGTAATTCAAATCTTCCCCAAAGGGGAAAGGAAGAGAGTGATACTGACCTTTTTAAGTCATAGACCAAAGTCTGCTGTAGAACAAATATGGGAGGACAAAGAATCGCAAATTCTTCAAATGACTATTATCAGTATTATTAACATGCGATGCCACAGGTATGAAAGTCTTGCCTTATTTCACAATTTTAAAAGGTAGCTGTGCAGATGTGGATCAACATTTGTTTAAAATAAAGTATTAATACTTTAAAGTCAAATAAGATATAGTGTTTACATTCTTTAGGTCCTGAGGGGCAGGGGGATCTGTGATATAACAAAATAGCAAAAGCGGTAATTTCCTTAATGTTATTTTTCTGATTGGTAATTATTTTTAACAGTACTTAATTATTCTATGTCGTGAGACACTAAAATCAAAAACGGGAATCTCATTTAGACTTTAATTTTTTTGAGATTATCGGCGGCACAATCACTTTGTAGAAACTGTAAAAAATAAAAGTATCTCCTAGTCCCTTAATTTTTTCATAAATATTTCTGGCTTTTGAGTAGTGTATTTATATTGTATATCATACTTTCAACTGTAGACAATTATGATGCTAATTTATTGTTTCTTGGTTTCACCTTTGTATAAGATATAGCCAAGACTGAAGAAACCAAATATATGTGTTTACTGTAGCATGTCTTCAAATTAGTGGAACTTAGTTCAGGGACATAGAAGAGTCTTAATGAATTAAAATCATTCACTTGATTAAATGTCTGTAAATCTTCATCATTCCTACTGTAGTTTATTTAATATCTATTGTAAATTATGTGACTTGTAGCTTCCTCTGGTTTTCAAGTAAACTCAACAAGGTGGAGTCTTACCTGGTTTTCCTTTCCAAGCATTGTAAATTGTATACCAAAGATATTAGTTATTACTTCTGTGTGTACAAAGAGGATTATTTTATTATGTTTATTAATCACCTCTAATACTCATCCACATGAAGGGTACACATTAGGTAAGCTGGGCGTTGACTCATGCGCAGTCTCAGTCACCCGTGTTATCTTCGTGGCTCAAAGGACAATGCAAAATCGCCGATCAGAGCTCATACCCAAAGCATTACAGAGAACAGCAGCATCATTGCCCTCCCCAGCTGAAAAACAAGTTGGCTAGAAGATACATGGAGAGGAATGGTGTGGTCAACAGTTAATGAAACGGTTCTATCATGCATGTGTAATGTGGATGGAGACAATTATAAGATTTGACTATAACTATTTGGAGGGTCTTTAACATTGCCAAAAAAACAAATATGTTGATTTTTATTTTATTTTATTTTTTATTTTAAGAGGCGGGATCTTGATCTCACATGTTGCCCAGGCTGGCCTTGAACTCCTGGGCTCAAGCATTCCTCCTGCCTCAGCCTCCCCCATAGCTGGGACTAGGGGTGCATGCCAGCATACCTGGCTACGTTGACTCTTAAAATCTATGTTCTCTTATTTTAAAGATACAGTGCTCCCCACTGAAAATTAAACCTAAAAAATGTCACATATTGGTATGTTGTTAACCTGGTAGATTAAATCATGAGAATGATTAGAAAGACGGGCAACACAGCGGGTTACATCCACACTGCTGATCACACCAACGACAGGAGCTGATAAGCAAGAAAGCGTCACAGCCAGCGTCTGTTCACCCAAGGTTGACAAGTGAAGTTTCTCTAATGTTGATTGTTAGCCGATTTGTAACCTGGCATTTACTTAGCAACTGCCTTATCAATTACAGGATTTGCCGGTAAAAGCAGACTCAAATATAAAGGTTTTTGGCTTAACTTGGTTTATTATAGTTGCTCTATGTTTGTAAACAGACAATCTCTAATGTCTGATTATTTGTATCACAGATCTGCAGCTGCCTTGGACTTGAATCCATGCAATGTTTAGAGTGTGAAGTCAGTTACTTGTTGATGTTTTCTTACTGTATCAATGAAATACATATTGTCATGTCAGTTCTTGCCAGGAACTTCTCAACAAAATGGAATTTTTTTTTTCAGTATTTCAATAAATATTGATATGCCCAGCCTGATAATTTTTAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000116833:ENST00000367362:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0010425=Hormone_recep=FE(23.1=100)
A:
NA
C2:
PF0010425=Hormone_recep=PD(35.4=90.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development