MmuINT0110570 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026398 | Nr5a2
Description
nuclear receptor subfamily 5, group A, member 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1346834]
Coordinates
chr1:136842571-136882411:-
Coord C1 exon
chr1:136882264-136882411
Coord A exon
chr1:136845711-136882263
Coord C2 exon
chr1:136842571-136845710
Length
36553 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGC
5' ss Score
9.88
3' ss Seq
TTTTCCTTTTTTCAATGCAGATG
3' ss Score
11.05
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATGTGAAGAACCTGGAGAACCTGCAGCTGGTGGAAGGTGTCCAAGAGCAGGTGAATGCCGCCCTGCTGGACTACACGGTTTGCAACTACCCACAACAGACTGAGAAATTCGGACAGCTACTTCTTCGGCTACCCGAGATCCGGGCAATCAGCAAGCAGGCAGAAGACTACCTGTACTATAAGCACGTGAACGGGGATGTGCCCTATAATAACCTCCTCATTGAGATGCTGCATGCCAAAAGAGCCTAAGTCCCCACCCCTGGAAGCTTGCTCTAGGAACACAGACTGGAAGGAGAAGAGGAGGACGATGACAGAAACACAATACTCTGAACTGCTCCAAGCAATGCTAATTATAAACTTGGTTTAAAGACACTGAATTTTAAAAGCATAATAATTAAATACCTAATAGCAAATAAATGATATATCAGGGTATTTGTACTGCAAACTGTGAATCAAAGGCTGTATGAATCAAAGGATTCATATGAAAGACATTGTAATGGGGTGGATTGAACTTACAGATGGAGACCAATACCACAGCAGAATAAAAATGGACAGAACAATCCTTGTATATTTAAACTAATCTGCTATTAAGAAATTCAGAAGTTGATCTCTGTTATTAATTGGATTTGTCCTGAATTACTCCGTGGTGACGCTGAACAACTCAAGAATACATGGGCTGTGCCTTGGCAGCCCCTCCCCATCCCTCCCACCACCACCACCCCCACCCCCACAAGGCCCTATACCTTCTGACCTGTGAGCCCTGAAGCTATTTTAAGGACTTCTGTTCAGCCATACCCAGTAGTAGCTCCACTAAACCATGATTTCTGGATGTCTGTGTCTTAGACCTGCCAACAGCTAATAAGAACAATGTATAAATATGTCAGCTTGCATTTTAAATATGTGCTGAAGTTTGTTTTGTCGTGTGTTCGTAATTAAAAAGAAAACGGGCAGTAACCCTCTTCTATATAAGCATTAGTTAATATTAAGGGAAATCAAACAAATCTAAGCCAATACTCCCAACAAGCAAGTTAGATCTTACTTCTGCTGCTGTTGCTGAAATGTGGCTTTGGCATGGTTGGGTTTCATAAAACTTTTTGGCCAAGAGGCTTGTTAGTATACATCCATCTGTTTAGTCATCAAGGTTTGTAGTTCACTTAAAAAAAAATAAACCACTAGACATCTTTTGCTGAATGTCAAATAGTCACAGTCTAAGTAGCCAAAAAGTCAAAGCGTGTTAAACATTGCCAAATGAAGGAAAGGGTGAGCTGCAAAGGGGATGGTTCGAGGTTCATTCCAGTTGTGACCCGAGCGTCCCCAAAACCTGGGATGCAAAGACAGTGATTCTGCATATGGCCTGGAAAGACAGGAAAGCCAGTCTCCTACAAAGGGGAATGGAAGATCCTGGCCTCTAAGTCATAGACCAAAGTCTGCTGTAGAACAAAAAAAAAAATACTGGAGGGCAGAGATAGCAAACCAAGTCTCCAAACAATGCTGTCAGTATTAGCATGCGGTGCCGTGGGCATGGAAACCTTGCCTTACTTCCTGGTCCTAAAAGGGAGCTGTGCAGATGTGGATCAACATTTGTTGAAAATAAAGTATTAATACTTTAAAAGTCAAATAAAATATAGTGTTTACATTCTTTAGGTCCTGGGAGGAGTTGGGGGGGGGGGACTCTGATAATACAGATAGTAAAAGCAGTAATTTCTTTAATGTTATTTTTCTGGTTAGTAATTATTTTTAACAGTACTTAATTACTGTATGTCGTGAGACACTAAAATCAAAAATGGGACTCTCATTTTGTCTTTATTTGTTAAGATTACCAGCAGCACAATCATTTGTAGAAACTGTATAAAAAAAATCTCCTGGTCCCTTAATTTTTTTCCACAAATGTTTCTGGCTTTGGAATAGTTTATTTATATTGTATATCATAGTTTCAACTATAGACAATTACAATGCTAATTTATTGTTCCTTGGGTTCCCCTTTGTATAAAATAGAGCCAAGACTGAAGAAACCAAATATATGTGTTTACTATAGCATGTCTTCAAGTTAGTGAAACATAGTTCAGGGGTATAGAAGGGTCTTAATGATTAAAACCATCCACTTGATTACATGTCTCAAAACTCCCACAATCCATCTGTAGTTTATTTAATATCCATTGTAAATCATGTGACTTACAACTTTTTCTTGGTTTTAACGCATTTTAACATTGAAGAGTCTTACCTGGTTTTCCTTTCCAAACATTGTAAGTTGTATACCAAAGATATTAGTTTATTACTTCAGTGTGTACAAAAAAATTATTTTATTACATTTCTTAATGGCCTCTAATATCCATCCACAGGAAGGACGCACACTAGCTGGGTTGGGATTGACTCTCAGTGTTATCTTCATGGTTCTAGGGAGGAGAAAAAGTCATCAGTCAAAGCTCAGATCCAAAGCCTTAAACCAGACAGAGACAGGGCTGCTCCTCCCGACTAAAAACCAAGTGGTTAAAGGCACATGAGAGAGACTGGAGATGTCAGTGGTTAATGAGAGAGCTCTATCCTGGATGTTAATGTGACTAGAAGGATGGCTATTTTGAGGGTTTTTGACATTGAAAAAAAATCCATGTTTCCTTATTTTAAATATATAGTACTCCCCCACTGACTATTCCACCTAAAAATTGTAGCTTTTACCCTGAGCATGGTTAGAGAAACAGGCGACAGTCACATCCATACCAAGGACAGAAGCAGTTTGAGCAGGTGTCTATATGGTACCCTGCATCCGGGGCCCTTTGGGAACTGGCCGGTTATCTGATGTCAGTAGGTAGCCAGTTTGCAACTTAGCCAGCTGCCTCATTGATTCTGAGATTTCCTAATAAAGGCAGACTAAAGACGAAGGGTCTTCACCTGAGCCGGGTTTCCCGTAGCTGGTCTCTGTAGAGAGACAGTCTGTGACGTCCGAGTCTTTGGACTGTGGCTCCTCTGCATCTCTCTTGGACTTGTATCCATGCGGTGTTCCGAGTGTGAAGTTGGTTACTTGTTGACGTTTTCTTACTGTATCAGTGAAACACACATTGTCATGTCGGTTCTTGCCATGAATTTCTCAATGAAATGGATTTTTTTTCCAGTATTTCAATAAATATTGATATGTCCACCTGGTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026398:ENSMUST00000027649:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0010425=Hormone_recep=FE(23.2=100)
A:
NA
C2:
PF0010425=Hormone_recep=PD(35.1=89.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types