RnoINT0103018 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000000653 | Nr5a2
Description
nuclear receptor subfamily 5, group A, member 2 [Source:RGD Symbol;Acc:68353]
Coordinates
chr13:53750473-53792543:-
Coord C1 exon
chr13:53792396-53792543
Coord A exon
chr13:53753543-53792395
Coord C2 exon
chr13:53750473-53753542
Length
38853 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGT
5' ss Score
10.28
3' ss Seq
CTTTGTTTTTTTTAATGCAGATG
3' ss Score
9.31
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGACTACTCCAGCATCATCTCAAACACAGAAGTCGCATTCAACAACCTCCTGAGCCTCGCCCAGGAGCTCGTGGTGAGACTCCGTTCCCTTCAGTTTGATCAGCGGGAGTTTGTGTGTCTGAAGTTCCTGGTGCTGTTCAGCTCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATGTCAAGAATCTTGAGAACTTCCAGCTGGTGGAAGGCGTCCAAGAGCAGGTCAATGCTGCCCTGCTGGACTACACACTTTGCAACTACCCACAACAAACTGAGAAATTTGGACAACTGCTTCTTCGACTACCAGAAATCCGGGCAATCAGCAAACAGGCAGAAGACTACCTGTACTACAAGCACGTGAATGGGGATGTGCCCTACAATAACCTTCTCATTGAAATGCTGCACGCCAAAAGAGCCTAAGTTCCCACCCCTAGACCCTTGCTCTAGGGACAGAGACTGGAGGGAGAAGAAGAGGAGGAGGAGGAAGGAAGACAAACAATGCTCTGAACTGCTCCAAGCAATGCTAATTACAAACTTGGTTTAAAGACACTGAATTTTGAAAGCATAATAATGAATAGCAAATAAATGATATATCAGGGTATTTGTACTGTAAACTGTGAATCAAAGGCTGCATATCCCCAAAGGATTCATAATGGGATGGATTGAACTTACAGGTGGAGACCAATACCACAGCAGAATGAAAATGGACGAAACAATCCTTGTATATTTAAACTAATCTTCTATTAAGAAATTCAGCAATTGATCTGTGTTATTAATTGGACTTGTCCAGAATTACTCCATGGTGAAGCTGAACAACTCAAGAATACATGGGCTGAGCCCCGGCAGCCCCTCCATCCCCCCAGAAGGCCCTATGCCTTCTGACCTGTGAGCCCTGAAGCTATGTTAAGGACTTGTATTCAGCCACACCCAGTAGTAGCTCCACTAAACCATGATTTCTGAATGTCTGTGTCTTAGACCTGCCAACAGCTAATAAGAACAATATATAAATATGTCAGCTTGCCGTTTTAAATATGTTCTGAAGTTTGTTTTGTCGTGTGTTTGTAATTAAAAAAAAAAAAACAGGCAGTATCCCTCTTCTATATAAACATTACTTAATATTAAGGGAAATCAAACAAATCTAAGCCAATACTCCCAACAAGCAAGTTAGATCTTGTTTCTGCTGTTGTTGTTGAAATGTGGCTTTGGCATGGTTTCATAAAAATTTTTGGCCAAGAGGCTTATGTTAGTATACATCCATCTGTTTAGTCATCAAGGTTTGTAGTTCACTCAAAAATAAACCACTAGACATCTTTTGCTGGATGTCAAATAGTCACAGTCTAAGTAGCTGGAAAGTCAAAGCAGTTTGAGCATTGCCAAATGAAAGAATGGTTGGGCTGCAAAGATGATTGACTCAAGCAAGGTTCATCCCAGTTGTAACTTGAGCATCCCCTAAACTGGGGATGCAAAAGCGTATGGCCTGGGAAGACAGGAAAGCCAGTCCTCCTACAAAGGGGAAGTGGAAGATACTGGCCTCTCATAGTCATAGACCAAAGTCTGCTATAGAACAAAATACTGGAGGGCAGAGATAGCAAACAAAGTCTCCAAACAGTGCTGTCAGTATTAGCATGCGATGCCACAGGCATGGAAACCTTGCCTTACTTCCTGGTCCTGAAAGGGAACTGTGCAGATGTGGATCAACGTTTTGTTGAAAATAAAGTATTAATACTTTAAAGTCAAAATATAGTGTTTACATTCTTTAGGTCCTGGGAGGAGCTGGGGGGAGGGACTCTTGATAATACAAGATAGTAGAAGCAGTCGTTTCTTTAATTATTTTTAACAGTTTAATTATTGTATGTCGTGAGACACTAAAATCAAGAATGGGACTCTCATTTCCTCTATAATTTGTTAAGATTACCAGCAGCACAATCACTTGTAGAAACTGTATTAAAAAAAAAAATCTCCCAGTCCCTTTGTTTCTGGCTTTGGAATAGTTTTATTTATATTGTATATCATAATAGTTTCAACTATAGACAATTACAATGTTAATTTATTGTTCCTTGGGTTCCCCTTTGTATAAGATAGAGCCAAGACTAAAGAAACCAAATATATGTGTTTACTATAGCATGTCTTCAAGTTAGTGAAACATAGTTCAGGGGTATAGAAGGGTCTTAATGATTAAAACCATCCATTTGATCACATGTCCTGAAATTCCCATAATCTTTCTGTATCTTATTTAATATCCATTGTAAATCATGTGACTTAATAGCTTTTTCTTGTTTTTAAGACATTTTAACAATAAAAAGAGTCTTGCCTGGTTTTCCTTTCCAAACATTGTAAGTTGTATACCAAAGATATTAGTTTATTACTTCAGTGTGTTTTTTAAAAAAAGATTATTTTATTACATTTATGAATCGCCTGTAATATCCACCCACGGGAGGGACTCACACTAGCTGTGTTGGGATTGACTCTCAGTGTTATCCTCGTTACTCTAAGGAGGAGGAAAGTCATTAATGAAAGCTCAGATCCAAAGCATTAAACCAGACAGAGATATGGCTGTTCCTCCCACTGAAAAACCCAAGTTGGTTAAAGGCACACGGAGAAGGTGCAGATGCCAGTGGCTAATGGGAGAGCTCTATCTTGGGTGTCAATGTGACTAGAAGGATGGCTGTTTGGAGGGTTTTGACATTGAAGACAAAAAATCCATGTTTCCCTATTTTACATATCTAGTGCTCCCCTACCCAACATTAAACCTAAAAGTTGTCAAATACTGGTTTGTCGTTCACCGAGTAGCTTTCACCCTGAGAATGGTTAGAGAAACAGGCAACAGTCACATCCATACCAAGGACAGAAGCAGCTTGAGCAGGAGTGTAGGTGGTGCCCTGCAGTTATCGGATGTCAGTTGGTAGCCCAGTTTGTAACTTAGCCAACTGCTTTATTGATTTCTAGGGTTCCTAATAAAGGCAGACTCAAGAGGGAAAGGTCTTCAACTGAGCTGGGTTTCCCGTAGTTGGTCTCTGTGAAGAGACAGTCTGTGATGTCTTGAGTCTTTGGATGGTGGCTCTTCCGCAGCTGCCTTGGACTTGAATCCATGCAGTCTTCAGAGTGTAGAGTTGGTACCTTGTTGACGTCTTCTTACTGTATCAGTGAAATATACACATTGTCATGTCGGTTCTTGCCATGAATTTCTCAATGAAAGTGGATTTTTTTCCAGTATTTCAATAAATATTGATATGTCCACCTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000000653:ENSRNOT00000000812:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0010425=Hormone_recep=FE(23.2=100)
A:
NA
C2:
PF0010425=Hormone_recep=PD(35.1=89.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]