BtaINT0103950 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000008442 | NSF
Description
N-ethylmaleimide-sensitive factor [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:8016]
Coordinates
chr19:46197528-46205300:-
Coord C1 exon
chr19:46205261-46205300
Coord A exon
chr19:46197695-46205260
Coord C2 exon
chr19:46197528-46197694
Length
7566 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGGT
5' ss Score
10.29
3' ss Seq
CTCCTTTGTTTCCTCCCCAGTGT
3' ss Score
9.79
Exon sequences
Seq C1 exon
CGAAAATGGGCTGGACTTTCTATTGGACAAGAAATAGAAG
Seq A exon
GTAGGTATATTTTTTAGCTATCTGAGGTAGATTCTCTTTACAATTTTCTCGTAGAGATCTGTGCAGCTTTCTTTTCATCCATGTTACAGTTAGGTGTATGAGAATGGAAAGTAAGTAGTTAGTTACTCTGTCTACTTGTTATATGTCTGGGTATTCCTGGGAAAGGAACAGCCACATATTCATAGCTCACAGAAAAGGTACAAGGTAAATTTTTGCACAGATTACCTTTAAGAGCACTGTGTAAAAGTGCTGAGACAGAACAGGAGTGGAGGAATTGATTGGAGACTGGATAATTAGCCAGAGAAATCTTTCCAGCACTGGAGTTTTGAGCATGATTATGAAGTAGGAGAAAAGCATGACATGATAGTGACAAGGAACAAAGGCTCTTCAGATGAGAAATAAAAGGCACTGGGATGGGAGCAAGCAAATTATAGGCATCGCTCATAAGTGTGTTTGGTTGAAAGGTTTTGCCTGAATGGGTTGTATTAAGTGATGAGAGGTGGAGTACGCAGTTAGTGGGCGGCCTGGAAATACATACTGAAATTTTTGGATTTTACACAAACACACTTAAAAGTCTTGAATAAGCCCATCAAAATCCTACCTTTAGAAAAGAGTTCTAATGTCATTGTGGAGTATATAGCAAGGAGTGGGAAGAATACAGGAGTGAAGGACAATTGCTGGGAGGTTATTTGACTTGCCTGGAATTAAGCTGAATAGGACTTTGTGAAATTATGGCTATGGAAAAAATTTTTAAAAGTTGAAATTATGTTAAAGAGGAATAATTGGTATTACATGGTGATTCCATTTTACTGTATACTGAGATGTATTTTCTAATGTCTTTGTTTAAAAAGATAAATCAGGTTTAGGGTAAGGAGAAGAAAGGGTAGCAGTACTTAAGAAAACTGTGGACTTTTAAAATGTGTTATAAAGTCATCATAGTTCATTAGGGAAGGATATGGAAAGCAATTTATGACTTAAGGGAAAAAAAAAGACTAAGCCACTTGTGGTTTATAAACCAAAGAGCTAAGTGAAAACTGGCATTGTTTCTTAGTCATTGTGGCAAAGTTGGGGAAATGAAGTGTGAAGTGTTTTTTAAGACCTAAAAAAATTCATATTATGGAAAGGTTACAAAAACAATACAGAGATATCTTCTAAAAGATACCATTTGACTCTAATCTATACAATAGTTAATCTTTATATTCTGCCTTCCTCTTTCTCCTCTCATTTTGTAATTAATTGCTTCCTTTTTTTTTCAAGTTTTAAGTCTTTTTTTTTTTTAGTGGAAGAAGCAACTTTTTAAAAGTTGAGATATAATTGACATATTACATTGTATTAGTTTCAAGTATGCATGACTGCTAAGTCACTTCAGTCCTGTCCGACTCCGTGCAACCCTATGGACTGTAGCCTGCCAGGCTCCTCTGTCCATGGGGATTCTCCAGGCAAGAATACTGGAGTGGGTTGCCCTGCCCCCCCTCTAGGGGATCTTCCAGATCCAGGGATCAAACCCTCGTCTCTTGTGTCTCCTGCACTGGCAGTCAGGTTCTTTACCACTAGCACCACCCTGATGCTGGGAAAGATTGAAGGCAGGAGGAGAAGGGGACAACAGAGGATGAGATGGTTGGATGGCATCACCGACTCGATGGACATGAGTTTGAGCAAGCTCTAGGAGTTGGTGAAGGACAGGGAAGCCTGGCGTGCTGCAGTCCATGGGGTTACAAAGAGTCGGACACAACTGAGCGACTGAACTGAACCACCTGACATAATGATTTGATATTTATATACATTGTGAAATGCTTACCACAATAAATCTAGTTAACATCTGTCACAAGATTTTTTTTCTTGTGATAACAACTCGTAAGGTCTACTCTATTAGCAACATTCAAGTGTGCAATACAGTATTACTAACTATAGTCACCATGATGTACATGTTGGTTCATTTCTTTCTCTGGTATTTATACACTGTGCTGTGCTATGCTCAGTTGCTTCAGTCGTGTTCAACTCTTTGCGACCTCATGGACTGTAGCCCACCAGGCTCCTCTGCCCATGGGGATTCACTAGGCAAGAATACTGGAGTGGGTTGCCATGCCCTCCTCCAGGATTTACATGCTATTCTTCCACAAATGACCCCATATTTGTTTTAGTCTCAGTTCTACAATAAATCTCTTAAATGATCATGATCAGTCCTTTTGCCAGTTTCTACTTGGTTGGATAAAACCTATCCTCTAGTAGATTCTTCCAGGAAGTATATATGTGTATAGCGTTTCCTAAGTTCTTGGATATTCAAACTTTTTTCTTTTATATCTTTGATGCCTTTAAGGGAAACTTAGTTGGATATAAAATTTTTGGCTTTTCTTTCCTTGAATTTCTTGAAAATACTGTATCACATTGCCTTATTTTGTATCAAACTGTTGAGAAATCTGATGCCAGTCTTATTTTCTTACCTTTATAAATAATTTGATTTTTTTGCCTGGGAGCCCTGAGGGGTTTTCTGTCTTTAAATTCAAATATCCTTATTAGAATATTGCTTGGAATTGGCCATTCTGGGTCAACAACTCAGCTATACATTAATGTGTAGATTTTAATTTTGTCTGTTTCCAAAAGATTTTCTTAGGTTTTGGTTTAAAATATTAGTTCTGACTGAATTGTTTTGATTTTCTTCTCCAGGGCTCTAATTATATATGTATTTTAGGCCTTATCTCTCTTACATCTCAGCTGCTTTCTCTCTATTCTTTGTAAATGCTTTATTTTTATTGTCTTAGTTGTTTTCTTGTCTTCATTCACTGCCTCTTATTAAATATTAACTTGAATCTATTCTTCCATGGACACTTTGTAATATATTATTCACTTCTGAGTAATTTTGTTTTTCCTCGATTTCTTTCCTGTGTTTGATAAATTCATTGCATTTCTTTTATTAATATTTGTCTGTTTCTGTTCTTAGTTTTTAATCTTCTGACTTTAGGTGTTTTGTTATATGTCTAAGTACTTGTTTGAGGATACTTAATTTAGTTTAAAATGTTATGTATATTTTCTATTTCATAATTGATCTTTTTAGAGAAGACAGCTGAAATGCTGCAATACTTTGTTATTTGTTATGTTTTCTTTACAGAAACTTTGTGGAATTATTATTTTTTTTTGTTTCATATGATTTTGTAGGCAAAATTATTAGTGCAAGAGCATTCTTTCCTGTTAGTGTAGAGAAGGGCAGTTTCTTTAATAATGGTGAGGTGGGGTAGGTAGAAAGGTTGGTTGGTATAGCTTATTTCTGTTTGGTTTCTGTGTGATCCCTAATTTTCCTCTCTTCCTGTCTTCTTTCCTTTATTGCCATGTCTTGAAGGGCACCACCCTTTCTATTTCTGTCTGATTCTTCCCAGTGATTCTTTGATGTTACTACTTCCAGTTCTACTTACTTTCAGGTCCCTTCTGGGTACCTAGCATCTTAGATTACCAAGTCCCAAACCTGTGTATAGTGTTTTGGCTTTTGCTATTACACTTTCTCTTTTGAGGGTGATTTTTGTTTGTATTTTCCCTATGTACTGCTTTCCCTTCTATTTTTCCACAGTGGGAGCTCTGTCTGATCTTGTTACATATTTCTCTATTTTCAAGTAATTTGAGTTTTGTGATATTCTGTGTCTCTTAGTAATGCTGACGGTGTGGACTGTGCGTAGCATTATTTGTTCTCCTTGCGGTTCCCACAGAGTTTTAGGAGGATGTGTGGGAATGTTCAGATTCACATTCAGATCCTCTGGATCCAAGCTTTTGGAGATATTCAAAGATACATTTACTTTAAACTGGTTGAAAGAAAGCAATTACTTAAAGCAGTTGCCTGGAACACATTATGAGCCTAGTCTGTAGTCAAGATGCCTGAGAAGAGAAGTTGGTAAAGTGGAAGGAGAGAGTATCCTCTTTCTCATTTAGGAACTTGGCAACTTACTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTCTGAATCAGAAGGAACTTAAATATTGGGATTATCTTTATTTGGTCTTTTCTTTGTAGAAGTAGGATTAAAGATAAAATTTTTCGCCTAAGGGTGAAAATAAAGGAAATTAGATAAGATAACTGGTAGTGAATGTTGGAGAATTAGTGCTTTCTAAACTTGCCTCACAGAAACACCTGGGGAGTTCTGTTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTTTAAAGATTCTCAGGCCCCTCCCTTGGGGAGTCTAATTCATGAATCTGTGTTTTTAACAATCACCCTTAAGTAGTTGTTATCAGTCACATTTTTGGGAACATTGACATAAGTGATTCCCTTAACTGTCACCTCCTCACTTGAAAGCATAGCGTGAATTTCAGCTGAGACAGTGCAGGAGTTCGGCACCAAAGGGAAGTAGGTCAGTGCCTGAAGCCAGGGTTCCCTGTTTGTGGACACTGTCAGAGATAAAAATGAACACTTGTTAAATCTAATGAGAAGACCAATGTGTATGAGGCTTAGGTTTCTAATTTTCTTAAACTTACTTTTCTAAATATGAATGTTCTTAAGTTTTAATGCAGATAAATTCTGTTGTGAAAAAGAAAATTCAAGATGAAATGAAAAAATGTGTTTTGTGGCCTTAAATTGTGTTTAAAGCATTCTCCTGCTACCAGAAATGCTTACCTTGAATGTAAAATCAGTTCTTTAAAAAGGCAAATCAAACAGACCTAATTGGCAGAATTATAAAACTTAAGTGTTCAGATGGGACTAAGGTGGAGTAAGCTTGAGGTAAGGAAGGGTTTGGGGGCCTGATTGTTGTCATGATGTAGCATAAAGGTACAAAGCTTTTTCAGTGTAAGTAGCTGCTGCTGCTGCTAAGTCGCTTCAGTCATGTCAAACTCTGTGCAACCCCATAGACAGCAGTCCACCAGGCTCCTCCATCCTTGGGATTCTCCAGGCAAGAACACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAATGCATGAAAATGGAAAGTGAAAGTGAAGTCGCTCAGTTGTGTCCGACTCTTAGCGACCCCA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Seq C2 exon
TGTCCTTATATACCTTTGACAAAGCCAAGCAGTGTATTGGCACGATGACCATCGAGATTGATTTCCTGCAGAAAAAAAGTATCGACTCCAACCCGTATGATACTGACAAGATGGCCGCAGAATTTATTCAGCAGTTCAACAACCAGGCATTCTCAGTGGGTCAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000008442:ENSBTAT00000011107:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.043 A=NA C2=0.019
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0235913=CDC48_N=FE(15.9=100)
A:
NA
C2:
PF0235913=CDC48_N=PD(7.3=10.7),PF0293312=CDC48_2=PU(30.4=42.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]