RnoINT0103416 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000003905 | Nsf
Description
N-ethylmaleimide sensitive factor, vesicle fusing ATPase [Source:RGD Symbol;Acc:621594]
Coordinates
chr10:91972839-91981908:-
Coord C1 exon
chr10:91981869-91981908
Coord A exon
chr10:91973006-91981868
Coord C2 exon
chr10:91972839-91973005
Length
8863 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
TCCTCTCTGCTTTCTCCTAGTCG
3' ss Score
8.56
Exon sequences
Seq C1 exon
CGAAAATGGGCTGGACTTTCTATTGGGCAGGACATAGAAG
Seq A exon
GTAAGTTTTGTTTTTTTGGGTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTGAGTTTTTTGGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTAGCTACCTAAAGCTGATTTTCTGGATTATTCTCAGTTACTGAGATGGATTATTGGGCCTTAAACATGTTTCACTTCAGCGCACCGGTGGCAGCTGTGCAAACCGAGGCACCGTGTGCTGTGCAGCCTCTCCCCCTTTCTCACCAAAGCCGGTCCTAAAATCCTTTGCTTCCTCCGATTGCCAGCGCGGCTGCTGGAGCTGGAGTTCCGGTCCTCACACTTAGGCAGCAAGCATTTTACTGCTCAGCTATCTCCACGTCCCCTGATAATTTAACTTTTATCCTTAAAATAATCTTTTCTTCATTCACAGAATCTTAGTTAGTTCATCTGAACACATTCTCTCTTGAGTGGCTTGCTAAGCCCATTGCCTGTCTTGTATTTATTTCTGTTCTTAGTTTTAACATTCTGGTTTAGTCTTGAGGGGGCTGGGAGATAGCTCAGCGAGTGTTGGTTTGCTCTCTCTTTGCCGTGGTAAAGAAGATCATGACCAAAAGCAACTGGGGGAGGACAGAGTTCATTTGGTTGCACATCCTGATGGGAGCCAGGACGGAAGAAAGTCAAGCAGGGCAGGAAGCAGAGCAGAGGCCATGGAGGAAGGCTGCTTATGAGCTTGCTCTCCATGGCTCGCTAAGCTTGTCTTACACAAGGACCAGCCGCAGGGGTGGCACTGCCCAGAGTGGGCTGGGCCCTCGCACACCAATCAATCAAGAAAATGCCCCACCGATTTGCCCACAGACCAATCTAATGGAGGCATTTCCTCAGTTGAGGCTCCCTCTTCCCAGATTACTCTAGCTTATGTCAAGTTGACAAAAAACTAATTGGCACACCTAACATGCATGTGTACGTAACCATAGATTGAATCCCCAGACCATAAAAAACAAACAAGAAAAACCCAAGTCACAGGCTGGAAAGACGGCTTAGTGCTCATGAGTGCAGGTGGACCAGGAGTTCAGATCCCCAGCATCCACATGAGTGTCAGTGGGTGTGGTAGCCTGCTTAGGATCCCAGCCTCTGGGAGGTGGAGATGGTATCCTTAGACCAAGCTGGCTAAGGTATTCTGATCAGCAGAATCAGCAGCTCCTGGTATAGCAAGACTCCGCCTCAATTGTATAAGGTAGAAATCAATGAACAAAGGTCTCTTTACATGTCTGTGCATGCGCATGCACCCCTGCCCCAGATATATACTGTGCCCAGACACATGCATACACAGCACACATGCATATACATGCAAATCAACAGATATACACTGTGCCCTGACACATGCACATACAGCACACATGCATACACAAACAAATTAACAACAAAAGATTTGTCTAAGGATGGATAATTTAAATTGTGATGTGGGTTTGAGATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTTCTATTTCATGGATATTTGGGGAAGACATTTCACAATTGAAATGTTGCAGTATTTTGTTATATTGCTTTCTTTTTATAGTGACTTTGCAAGCAATTATCTTTTTCATGGTTTTGTAGATAAGATTATTGGTCTGGGAGCATCCTTTTCGGTTACTATGGAGAAGTGCAGTCTTTTGTAGATAATTTGAAGCAGAGGAGGAAGTAGAGCAGTTAGTTGGCATGGCCTGTTTCTCTGCTTTTTTGTGATCCTTAATTTTCTTTCCTAACTGCCCTTTTTTCTCCACTGCCACACTTCTAAAAATACCATCCTTTATTTGTCTGATTCTTCAACAATAATTGATCTTGGGCCTGAGAGATGGCTCAGTGGATAAGAGCATTGGCCACTCTTCCAGAGGACCCAGGTTTAGTTCCCAATACCCAGGTAGAGGTTTACAACCATCTGTAATCCCAGTTCCAGGGATCTGATGCCCTTTCTGTCCCCCAAAGGCTGTGCATGCATTGCTGCCTGACCATACATAAAGACAAAACATCCATGTACATAAAATTAAACACTTGGGTTGGAAAAATGTTTCAGCTGTCAAAGGCTCAGCTCACAACCAAACATTTATTAAAAAAAGGAAGAAGATCGATGCTGCCTTACGTATGTTCAAGTACATTCTCTGTACCTGGAGTCGTGCATTGCCACAGCCTATGTTTGTTCCTCTATCTTGAGATAGTCTCACCCCACAGTGCTAGCTGGATGGAACTCACCATGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCACAGAGACTCCCCTGCCTCTCCTTCCTAAGTGCTGGGAGTAAAGTCGTGCACACCACACCTGGCTGAATTGCTTTACCGTTGCGTGATGCTCTGCTTGCCCTGGGGGTGGTTTTGCCCAGGCTTTGTCTGTGATCCCCCCTCCCACCCTCCTTTTCTGAAGTGGGAGCTCCGTATGCTCATCCAACTTCTCAAATGATTCCGTTTTCATGGTGTTCTGGGACCCCTTCCGCCGACTGTGTGTTGTCCTCATTGCTATCACGGGGCCACCGTTATCTCTCAGCCCGGTGAGTTTGAAGCCATTCTCAGATGTAGTAGCTTTAAACTGGATCAAAGACGATAATCTTTGAGAGAAGTTGGTATAAAGTGCCAGCACATTGTTCACCTTTCTCAGAAAAGTGACAGCAAAGAACTAGGAGAGAATCCCAGTGGGAGTGTTTGCCCAGAAACACGCCAATTTACTTTTTTCCCCTGAGTTGGAGGGAAGGCCGGCACTGAGCTTACCTTCAGTGGGCTCTTTGTTCATTGTGGAAGCAAATAAGAGGGCTGAGAAAAGCCGGAGTGAGAACGAAGGCCCTTGGTTTACACAGGGGCACCTGATGGAGAGGGATGCACAGTGAGCTTTCCAGACTAGCCTAAAAGGGTTACCTGGACAGTCTATCTTTAGAAACAGTTTCACAAGCTCTGGGGGAATCTGATTCATGTGACTGTGTTTTTTAACAGCCACCTTTAAACCGTTCTTCTCAGCCACATTTTAGGAAACACTGACAAAAGTGATTCCCTTAACAATCTCACCTGAAGCATAGCATGGCTGGGAAAGTGGACGAGTTAGCGCCAAAGCGAAGTGGGTCAGTGTGAGAGGCCAGGGTTCCCTGTTTGCAGAGACGAAAGCAGCTACCTGGTGAAATATTTAACAAGGCAATGTGCTTGAATGTAGGGCAAGTTTCTAATTTCTTTAAATTTGTGTAAATAGAAGGGCAAGGTATCTTTAATTCTAACCCTTTTTAAAGATTTATTTATTTTTATTTATATAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGAGCATTGGATCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATATGGGTGCTGGGAATTGAACTTGGGACTTCTGGAAGAGCAGTCAGTGTTCTTAACTGCTAAGACATCCCTCCAGCCCTAAATCTAACTTTTAAAATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGCATGATTTTGGGAGTTTGTGTTCATCTACATGCATGCTAGTGTTTCTGGAGGCCAGGGGCATTAGATCTCCTGGAACTGTAGTTCCAAGTAGTTGTAAGTTGCCCTGTGTAGATGCTAGGAACTAAACCCAGGTATATGTTCTTAATTTCTGGGCTGTCTCCAGCCCTTGATTTTAACTTTTTTTTTTGGGGGGGGTTCTTTTTTTTGGAGCTGGGGACCGTACCCAGGGCCTTGTGCTTCCTAGGTAAGCGCTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAGCCCCGATTTTAACTTTTAATATAGTTGTTTTCTGTTTGAAAAGGTACATGTGGTGGTTTGGTTGCCAGTGCCCCAACATAGGCTCATATATTCCAATGCTTGGTCCCCAGTTGGTGGAACTGTTTGGGGAGGATTAAAAGGTGTGGCCTTGTTGAAGAAGGCATGTCACTGGGGCTAGCCTTGAGGTTTCAAAAGTCCATGTGACTCCTAGTTACCTATCTCTCTGCCTCGTGTTTATGGACCAGAACATAAGCCCTGTCCAGTGCCATAACTGCTTTTCTGCTGCTGTGATGGTCATGGACTCTAACTCTCTGGACCTGTGAGCCCCTAAATGAAATGCTTTCTTCTCTAAGTTGTCTCGGCCATGGTGTCTTCTTATAGCAACAAAAAGTAACCAAAACTGTGTACTGCAAACTTTTCTTAGGTTAAAAAGGGTATCTTGTGGCTGACCCTATGTTACAAAATCAGTTTTCTTCTACTAGAAATGGTCTTCTTGTCTAGAGTCAGATCTTTAGAGAGATGAATCAGGGGACTTCATGGCTCAAACTGTAAGTGAAGTGACTGAGCTGGACTAAGGCAGGTGCGGCAGATGTCTGAAGGACACGTTGGGGCCTGGCCGATGTGGACAGTGTAGAAGCTGCTAGTCAGTGTCAGTGTGATGCAGGTGCGCTTTGGAGAAATGGTATTTCAAGGACTGTGGAGTAGAAGTCCTATCTGTACACTTTATAGGTAAAGGGTCCTTTCTGTGTGAGAGTGTTTTCTGGGAGAATCACCTAGTGAGACTTGTTTATGTTTGCCAGTGTTATACTTTATCAGACTTAAGTCCAACTTCTTTGCCGTGTTTTCTGCCTCTTCGATGATTGAAAGGCCTAAGAGATTCCAAAACTGTTGTTTATAACTTAGTTTTGCCTATAAAAGTCACTTAAGATATATGTTATATATCTGAATGTTTCTGTCTGCATGTAAATCTGTGCACACTGTGCATGCCTAGAGAGCTAGGTGAGGCCATTGGAGTCTCTGGTCCTCTGGAAGAGCAGCCAGTGCTCCAGCATTTGTAAAGTTATCTGAATTAGTATAGTACCACTATAAAGCATTATTTTAAAAAGTTAACACTTGCTTTGCTCTTGTGTGGAACCTTCAGCCACTTTGGGACTGACCATGGTCCTGACCTGGTGGGACGCTGTCCATGGTGCTGACCGCAGTCTCGGACATTG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Seq C2 exon
TCGCCTTGTATTCGTTTGACAAAGCCAAGCAGTGCATCGGCACAATGACCATCGAGATCGACTTCCTGCAGAAAAAGAACATCGACTCCAACCCTTACGACACCGACAAGATGGCTGCCGAGTTCATCCAGCAGTTCAACAACCAGGCCTTCTCAGTGGGACAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000003905:ENSRNOT00000006361:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0235913=CDC48_N=FE(15.9=100)
A:
NA
C2:
PF0235913=CDC48_N=PD(7.3=10.7),PF0293312=CDC48_2=PU(30.4=42.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]