BtaINT0108059 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000009975 | PBX4
Description
pre-B-cell leukemia homeobox 4 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13403]
Coordinates
chr7:3652831-3678403:+
Coord C1 exon
chr7:3652831-3652904
Coord A exon
chr7:3652905-3678158
Coord C2 exon
chr7:3678159-3678403
Length
25254 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGC
5' ss Score
9.88
3' ss Seq
ATCTCCTCTCTCTGATCCAGTGT
3' ss Score
8.51
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TGTCGAGCATCCATGGCATTCAGGAAGTGGGCCCCCCTGATGCTCAGCTCCTGAGGCTGGATAACATGCTGCTGGCCGAGGGCGTGTCCAGGCCTGAGAAGCAAGGGAGGGGAGCATCGGCAGCAGCCAACGCAGCAATGCCAGGTGGCCGTCCAAACGACAGTGGCCTTGAGCACTCTGACTACAGGGCCAAGCTGTCCCAGATCCGACAGATGTACCACTCCGAGCTAGAGAAATATGAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000009975:ENSBTAT00000013152:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.269 A=NA C2=0.707
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF037928=PBC=FE(12.8=100)
A:
NA
C2:
PF037928=PBC=FE(41.5=100),PF070286=DUF1319=PU(34.9=36.6)
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]