DreINT0110769 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000052150 | pbx4
Description
pre-B-cell leukemia transcription factor 4 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-000201-18]
Coordinates
chr3:52756828-52793435:+
Coord C1 exon
chr3:52756828-52756901
Coord A exon
chr3:52756902-52793190
Coord C2 exon
chr3:52793191-52793435
Length
36289 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGT
5' ss Score
10.65
3' ss Seq
GTTGTTTTTGTGTTTTGCAGTGC
3' ss Score
9.35
Exon sequences
Seq C1 exon
AAAACACGCACTGAACTGCCACAGGTTGAAGCCAGCTCTCTTCAGTGTTTTATGCGAGATCAAAGAAAAAACTG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000052150:ENSDART00000104683:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.058 A=NA C2=0.652
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF037928=PBC=FE(12.6=100)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]