BtaINT0109538 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000017832 | PDK3
Description
Bos taurus pyruvate dehydrogenase kinase, isozyme 3 (PDK3), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001101934]
Coordinates
chrX:125878268-125892138:-
Coord C1 exon
chrX:125892049-125892138
Coord A exon
chrX:125878346-125892048
Coord C2 exon
chrX:125878268-125878345
Length
13703 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
10.51
3' ss Seq
TTTTTTTTCTCTCTTTGCAGATG
3' ss Score
14.52
Exon sequences
Seq C1 exon
CACTTCTGTTTGGCGGTGACACCAATCCTGTGCATCCGAAACACATCGGAAGTATTGATCCCACCTGCAACGTTGCTGATGTTGTGAAAG
Seq A exon
GTAAGGAGGCCAGTGTCATGTTAGAGATTTTGTTTCGTTGGGATGCGTTAGGGATGCAGTTTTGTTGAGGCAGCTTGGCTGTAGGGTTATGGCATTGAACTGTTTGCTGGTTCATCAGACCACTGTGGGCCCAAGCCACATGATCCAAATATGATCTGTTCTTTCTTGGCAGCTCAGGCAATGATGCATAGTTTGTGATGCTCAAAATGGGATTTTCTACTTCATGGACCAGGGTTTTTCTTATAGTTCTAGCTAAATAGTAAATATTTATGAGTTTAGGTAAGAGTCTAAGTTTTGATTGCCACCACTGTCTGAAAATTTGAGAATATAAACCCTTGTTGTAAAATTCAGCTGAATTCACACATTGGTTAAAAAGTAGACATCTTGCCGACATGCCCTCCAGGTTGTAGGTTCTATGAGGCATTTGTGCTCACGGGTTCACTGGACATTGAGCTGGGCTCTGTTCCATTAGCCTCAGGGTACAACAGAGTGCATTAGAACAGCATTTTCCTCAATTTTCACTTAAGGTAAATGCTAGCTCCAAAAAGCCTTCCTGGTTGTAAATCATTGAGCGGGTTCCTGGCCCTCTCCAGTTTTTTTTTTTTGGTGTTATGGTTACCCTGCGCAGCCTCACATTCTGAGACTGTCCCCTTTCCTGGATCGTGTCTCCTGCAGCCTTCCTCTAAACCCACATCTTACCCTGTCATGACCATCGCTCTCCCAGATCGTCATCAGGATCTCTCTTGCTGTCCTTTGTCTGGATTGTGTAGCTAGGTGAGAACAGGTAGAGCAGGGCTTGGTCTCTTTGGCAAAGCTCTCAAGCCCGCCTAAAGTGGAGTGACCCTTGCCATCGAAGCTTAGAGGGCCAAGGGAGGGGACCCAGTGTCGGCAGCCTCCCTGGTGGGGGAACAGACCAGATCTTCAGCCGCTGAAGCTAAGGAAAACCTGTGTTACTAATATTTGGTTACCCTGGGTATCCCCCTGGTGGCCTTAGCTCAGCCAAGGCTTGTCAGACTGCCTTGGCTTCTGTTTAGTTAGAAAACATGTACTCACATTACTCCAGTTATAAGTGAATAGGCTCGGCTTCAGCTCCCGAAGATACCTGTAAGTTTCTCTCTCACAAGATAACCCTCTGCAGGCCCCCGGCAGCGGAGGGAAGCAGGATCCATCTGACCAGGGCCTGTATGTTCACTTGGCCCTGGCCCAGTAGCTTTTATGATCTAGAAAACCTGGTTCACATAGTTGACTGCCACATGTGTCTTATGGACAAGACACATATCCATAAAGCAAAAGGGCATTATAATATTGATACATTGCATAGATGCCTTTTCTCTTGAACTGCCAGCAATTTGAAGTCAGGGTTTTTGTCTTATACTTACATTGCACCTCACCTAGAACTTAGTATATGCCTGTGTACATGGTCAATAAATACTCCTTGGCTTCCAACCTCTGGTAATTTACTTTAAAAAAGGAAAGGCTTTATTGCAGTACAATTCACATACCATCCAATTCACTCATTTAAAATGTACAATTCAGGGATTTCTAGTATGTTCACAGAGTTGTGCAGCTGTCACCATAATCCAGTTTTAGAAGTGTTTCATCACCCCACAAAGAAAACCCCATGCTCATTAGCAGTCACTCCCCACTACCCCTCTCCCCAGCCCTAGGCAACCACTAGTTTACTTTCTGTCTCTACAGATATTCCAGTTCTGGACATTTCATGTAAATGAAGTGATACAGTGTGTGGTCTTTTGTGGTTGGTTTCTTTCACTTAGTGTAATGTTTTCAAGTGTCACCCATGTTGTAACATAAATCGGCACTTTATTTCTTTTTATGGTCCAATACTATTCCATTGTGTGAATAGACTGCATTTTGTTTTATCTGTTCATCAGCTGATAGACATTTAGATGAGCTAGGTGACCTTGGACATGTTATATAACATCTTTGGGCCTCCGTTTCTTCATCAATAAAATAGTACTCTTGGCAATTCACCTGTATCCTAGGGTTCAATGAGTTGACATAAGTAGAGCTCCTGAAGCAGGACAAGCACCCAACAAGGGCTGGAGGTAGACAAGTTCATGAGCATCCTGGGGCAATCCCATGAGTCATGTGCCTTCTCACTTATACCATTGATTGTGTAATAAGTTGGTGCCTTTGGTTTGTTTCTGGCATAAATTGTTGTTGTTGAGTCACTAAGTCTTGTCTGATTCTTTGCGACCCCATGGACCGCAGCATGCCAGGCTTCCCTGTCCCACCATCTCTTGGAGTTTGCTCAAACTCATGTCCATTGAGTCAGTGATGGCATCCAACCATCTCATCCTCTGTCATCCCCTTCTCCTGCCTTCAATCTTTCCCAGCAAATCAGCTCTTCACATCAGGTGGCCAAAGTTATTGGAGCTTCAGCTTCAGCTTCAGCATCAGTCCTTCTAATGAATATTCAGGCGTAAATTATAAAATATTTAAAATCATTTAGGACATTGATAAAACAATTGAATATTTGATGATACCCACTGGAGTGGGTAGCAATTCCCTTCTCCAACCCAGTTGGTATCTTCCCAACCCAGGGATCGAACCCAGGTCTCCTGCATTGCAGGCAGATTCTTTACCAGCTGAGCCATTAGGGAAGCCCAGATGTCCAAGAAACATTGTTAATTTTGTAGGTGTGATATTTGCATTGTGGTTATGTTCGTTTTAAAGGCATCCTTAGCTTCAAGAGAGATTCTTTGAGATACCACACTTGATACAAAATGCCATGTGGGATTGACTCCAGAGAGTGGGCAGTGAGAAAGACTGGGCTGTGTTGGGAAGCATTGAGTCTTGTGATGAGCACACAAGGATTCTTGACACTGTGCTCTGTGCTTCTGTCTGTGTTTGCAGTTCTTCATGATAAAGCTGTAAAAATACACTCCTTTTTTATCATCTCAGTGTTTCTCTACAAAAAGCGTCTCGCTCATTTTTAGAGAGGTCGTAGCCATGAGTCAGTGTAAGTAGAGAACTAATGGGCATTCTTGGCAGTCGTTAGTGCTGCTGTCCAGTGAGTCAGAGGAGGCGGCTGCACGCTGGTGGAGAGCAAGGGCCGGTGTTTGCAGCCCTTATTGTCTGTGTGGCTCTTCCTGAATCCTGCCTGGACTTGGCGTCATTTGTAGCGATGCTCCTGTTGGTCTCTCTAAAGTGAAAGTTAAAGTTGCTCAATCGTGTCCGACTATCTGTGACCCCGTGGCCTATACAGTCCATGGAATTCTCCAGGCCAGAACACTGGAGTGGGTAGCCTTTCCCTTCTCCAGATCTTCCCAACCCGGGGATTGAACCTAGGTCTTCTGCATTGCAGGTGGATTCTTTACCAGCTGAGCCACAAGGGAAGCTCTAACGGGGGTGTAAATTCCTAAAAGGCTGGAATTAACTCTCATTCATGCTTGCATCACTTTTCTCGGGGACAGAAGTTTTGTACCAAACACTAGCCGAGGATTATGTGCAAGACAGCTGGATCAGTATTTGAAAGAAAAAACCTAGAAGTTTGTGTCTCCTGCTTTCTTGGGCCTTTTCAGTCAAGGCTTTGACCTGGGCCAGATGGCTCCCTCCCTCATTCTGGGCTCACTCACAGCTTTATCTTCACTCCTTCTCCTGCCCTTTTTGACTTTGTACTCAGCAAACCCACCTGTTAGGGTGAACACAGTTTATTCCATCCATCCTCTCATGGAATCATTCCTACTACTTGTCTGGTACAACTAAAAGGCAAAGCTTAACCCCACGCCCCTCTGCCGCCTCCCCCAACGCACAGCTACACCTCACACTCAGGAAGGGTGGGGCAAGGACTGCCCTGCTTCCCACTCCCCACCACTTCCTTCAAACCTTGTTTTTTATTTCTTAATAACCTCTTTCCTTGAGGAAGACAACAGTGGGGGCTGGTTTTAGATTCTGAAAGTGCACGAACCTTTGAAGCAACTTCCACACCATCAGCTCTTCTTCCACCTTCGTAAATCATAAATTGCACCACAGCACACTGAGGATGCTTGGCTTGGACATACTTTCTAGAATGCAGTGGTGCTTCTTCCGCTTGGGGAGGCCTGTGTTAACTAAGGGTCACTTGTCTTCAAACTGTTGGTGTAAATTATACCACATCAATATGTATAAACATACACAATTTATTTATACGTTATGTAAACTGAAGAAATGTGAGTACAGAAAAGAAACTGATTTCCATAAAAATCAGGTTGAATGCTCTGGAAAGGCTTGATAAAAAAAGTTTCTTAAAAATGTAATGAAGTAACTGGGAACAAGGTAACTATTAGGTGACAGGGCAGCGGTGAGTAAAAATATGAGTAGGAATCTGCACTCAGATTGCTTGACAAGTATCTCTAGTGCACTTTAAAGAAATTGGAATTCATAGCTGTGTGCAGTATTGTTTATCTAAGAAATATGACCTGGAACCCCTATTCAAAGGAGGGGCTTTGGCCTTACATGAGAAGATTGGTAGAGGAATAAACTGTGTATTCATATGTGTGTTTTAGGTTAATATTTACAGTTGTAGTCATATTTTATGGTTTCTTACTATGCAACTTTTTTGTCAGTCATCCAACTCCTGTTCCCAGTTTGGTCAGTTAAGAGGACTAATACCATATTGTTGTTGAGTCACTAAGTCATGTCTGACTCTTTGTGACCCCATGAACTGCAGCACACCAGGCTCCTCTGTCCTTTATTACCTCCTGGAGTTTGCTCAGATTCATGTCTATTAAGTTGGTGATGCTATCTAACCATAAAAAGTGCTCACTGAAGAAAACTGAGAAAATGTGGGAAAAGATGGAAGAGACTAAAAATCACCTGTCTTCATAACCCAGTGAGAACATTGTTTTCTACATTTGAATTCATACCCACTTTACAGATTGGTATATAACTGTGAATAACATGCATCTCTCTATGAAATCCATAGTACGTGTGTATTTCCCCATCTCCAGTGCCCACCACACACCACCTTCCTGGATGAATTCAGTATCTGATCTTCT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Seq C2 exon
ATGCGTATGAAACCGCCAAGATGCTTTGTGAACAGTATTATCTGGTAGCTCCAGAGCTGGAAGTTGAAGAATTCAATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000017832:ENSBTAT00000023706:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF104364=BCDHK_Adom3=PD(12.1=64.5)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]