MmuINT0117388 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000035232 | Pdk3
Description
pyruvate dehydrogenase kinase, isoenzyme 3 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2384308]
Coordinates
chrX:91034233-91045542:-
Coord C1 exon
chrX:91045453-91045542
Coord A exon
chrX:91034311-91045452
Coord C2 exon
chrX:91034233-91034310
Length
11142 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
10.51
3' ss Seq
AAATTTTTCTTTCTTAACAGATG
3' ss Score
10.25
Exon sequences
Seq C1 exon
CACTTCTGTTTGGTGGTGACACTAACCCTGCACATCCGAAACATATAGGGAGTATCGACCCCACCTGTAATGTAGCTGATGTGGTTAAAG
Seq A exon
GTAAGGATGCCAGGCCAGCGGCACTGACCGTGGCAGAAATAGCATTGGGGTTTATTTGAGGCAGCTCAGCTGTGGGGTCATGTTGCTGTGTAGTCTGTGGTTCATCACAGACCATGTTAGGCCTAAACCAATTAATCCAAATATGAAATCTTTCTAGTTCAGGGAAAAACGAATAATTTCTAATGCTCAAACACCAGTTTCTACTTTGTTGGTTAGGGTTGTACTTGTATTGCTTTCTTAAAGAGTAAACATTTCAGGAACGTCTAGATTTGACTTGCCATCATTTTTAATAAGAATTATACGTTATTAAATGAGTCTGCATTTACAGTTGCCAAAGCTACATTTCTTTCTCTTACATAGCCCTAGTGTTAGAAGCTATCCAGCCAGTGGGCTTAGCTGCGTGGATACTAGTCAGTATTCCCAGAGTAGAGGAGGTCAGGTACTCATAGATAGATCCCTGGTCCACGGGGGACTTGGCGTTTGAATAGGTGGATCTCATTATCTGATTAAAATAAATGCTGAATGCTATGTCAAGAAAGCTTGACTGCCTGTGACCCACCAGGTTCCAGCACTTCTCAGTTTTGACTTTGTGCAGATTCATGTTCCGAACCTGTCTCCTTCCCCAGATGGCATTTCCGGCTCTGCTTCTCATCTAGCTTTAAACACTTAGCTGGCAAGCTTTGCGTGATCATACTTTGTCCCTGGTTTTCATCAGGGACCTTGGTTGTTCTTAAGCGACCACGGCTAAGGACAGCCTGTGCAGTATATTTTCCAGGTCTGCACGTGACTCTCTTTGGCGAGAAGACATTTCCTCACATCATTTCACTTTTAAGGCAACTGGGTCTAGCTGATATGTATGTGCCTTTTCTGTTGAGCTATACTTGGTGTAAGGCCAGGGAATATGTCTTTTCTTGCTTGATAACTTTTATAGAACCCTGAGTGTCTGTAGAAATAGAAGATCTGTAAATAATCTGTGGCTTGATAAATTTTAGACATTTAAAGTTGTTAAATTTTATTATTAAAAAATGTGGATGTCTGGTCATGGCAGCACACACCTTCAATCCCATCACTCAAGGAGGCAGAGGCAAATGGATCTCTGTGAATTTGAGGCCAACCTGTTCTACAGAGCAAGTTCCAGGACAGCCAAGGTTACACAAAGAAACGCTGTCTGGAATAACCAAACCAAACCACACTAATAAACAAAAACAGCACCACAACAAAAGAAGCCAAACAAACCAAAAATGGGCTGGAGAGACAGCTCAGCTGTTAAGAGTATTCACTGTTCTTGCAGAGGACCCACATTCTCTTCCTGGCTCCCACATAGCAGTTCATAACTGTCCAGTTTCAGTGCCCTTTTCTGACCACCTCTTCTGACCACATGTGTTGTATGTGCATAAACATCCATGCAGGCAAAACACTCATATACATGAAGTAAAGTTTAAAAGGTATTTAAGAAGTTGTAGGGGGCTGGAGAGATGGCACAGTGGTTAGGAGCATTCTATCTTCCAAAGGACCCAGGTTCAATTCCCAGTGCCCACATGGCAGCTCACAACCTGTAACTCCAGTTCCAGGGGATCCAACATCCGTGCATACATGCAGACAAACCAGCAATGCACATGGGATAAGAATAGTTACATTTTTAAAAATAAAAATAATTTCAAATAAAAAATACCACACACTGGAATGAATTAGTCCCAAAGTCTAGTTTCTTAGGTGTGATATTGATGTGGTGGCTACTTTTTACTCATAGCTTTAGAGATAGAGCTTCAAGGGATATTTTTAAATGTCTGTACATGGTATGAAATAAGGGTCTGCTTCAAAATCAGAAGTTGGGGAATAGCAAAAGACACGGCCTGTGTAAAGAATCGTTGAGGCTTTGGTGAGTATGTGCGGTTCGTTATACTGTGCTTGACACTGGTACGTGCTTGAAATTCTCGTGATAAAGTTTTGAAAATTACTTTGTTCTGTTATCTCATTATTTCTTTACAATATAAAGTCTTTGGCTAATTTTTAGGGAGGATATATCGGAGGACCAGTGGAATTTGATAAGTATTAGGAGTTTTATGAAACTTAACAATTTATACCGTACAGAGAGATTAAACATTGCTACAATGCATCAAAGATCTGTGTCATTCAAGGCGAACTTCTCCTGTGGCTCGACTCTTAAAGCTGAAAGAACTTAGTTTATGACCGTTACTGTCAACATTATTCTGTTATTTAGTGTGTATTAACTACTGATATTGTTAGGTGATCTCTAACCTATGCTGTAAACGTCTGCATCATTCTTAGTGACAACTTTTATACCAAAAACTTACTGGAAGATTATTCAGGATAGTGTAACACGTGTGTGAAAGGAAATGAAAAGCCCGAAAATTTATGCCTGAGTCTCCTCATCTTGCTCTGTCAGCCATCTTTCTATTGCTGGGAAGCAAAGCCTGAGGAAATCAATCTACTTATGGGAGAAACGATTTATGTGGATTCAGTTTCAAAAGTTTCAGTATACTGTTGCTTGGCCCCATCCCTGTGGGCCTGTGACAGTGTGTAATATCATGGCAGTGAGTGTGTATGCCAGAGCAAAGCTACTTGTTTCATGGAAGCTGGGAAACAAAAGAGAAAGGGGCCAGAGCCCCAATATCTCCTTCAAGATCAGTGACCTAACCTCCTCCCTCTTGTCCCCGGCCCTCCTAGGTTCTGTCCAACAGTACCACAAGTGAGAGGCCATTTAATGTCCTTTAGGGGACGTTTAGGATTCAAAAATGTAAAATATCAGTTTTCTTTGTTTATTTTATTTACAGTTCCCGTCTCTCCTTTTTCTTCATCCTTCCAATACTCACAGCTTATTTTTGCTGTGCTGGGGATTGACCCGTGGCCCTTCAACATGGTGGGCAAGCACTTTACCATTGACCATTATTCCCAGCCTTCTGTTTACTTTTTATTTCAGAATAGGGTTTAACCATGTCTACCAGACTGGCCTTGAACTCACTCTACATGGACTACAGAACTTGTTGTGATCCTTCTGCCTTGACTTTCTTAGTGGCTGAGATTATAGATCTACCTACACCACCAGGCACAGCCCACTCAGCTTCATCTTTGGTCTTTTCAAATAGAATTCTTTTCTTACATCCTGACCTCGGTTTTCTCCCCGCCCACTCCTCCCAGTGATCCCCACACCTCCCCTCTCCCCCGGACCCTGTCCTCCTCCATTTCCCTTTAGAAAAGAGCAGGCCTCCCAGAGATATCAACGGAACATGGCGTATCAAGGTACAGGAAGACCAGGCACAAACCCTCATTAAAGCTGGATAAAGCAACCCACAAGGAGTCAGAGACAGCATCGACTCCCACTGTTAGGAGTCCCATAAAATGCCAAGCTGCACAGCCATAACATATAGGCAGAGGACTTAAGTCAGACCCATGCAGGCTCTGAGCCTCTATGAGCCCAGCTTAGGTGATTCGGTGGGACTCGTTCTCATGGTGTCCTTGACTTCTCTGGCCTTTACAGTTTGTTCTCACCACTCTGCCACAGGATCCTCCGAGCTCCACCTAGTGTTTGGCTGTGGGTGTCTGCATCTGCTCCCATCAGTTGCTTGATGAAGCCTTTCTAGGCATCGGTCTATGAGTATAGTGGAATACCATTAGGAATAACTTCATTGATTGTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTACCAATCAGTTTTGGGTCTCTGAGCTATCTAGCCTTGGGTTCCTGCCCATTGAGGCCGTCTACCCCTCCCTTTAACTTTCTGCCTAGTATGTTGCCAATAAGTTTACTATATTCACTTGTGTGATTTGGGAAGAGGCATAACTAACTAAAGCCCAGATTCTTGGGGAAAGTCTATGTTGTGACTGGGACTCCCCATGTTCCTCTCTCATTCCACTTCCCCCAGCACACACACACATATGCACACAGACATGCACACATACACACATACACTCACACACACATGCACACAGACATACACACATACACACATACATACACAGACATGCACACATACACACATACATACACACACACACATATGCACACAGACATGCACACATACACACATACATACACACACACATGCACACAGACATGCACACATACATACACAGACATGCACACATACACACATACATACACACACACATACATACACACACTCTACCACCATACTTATGAGGTGAGGCCGGAAGACTAACACAGTCTCTGCTCCTCTGTAAATCTTTCAACAGTTTTCATCTTTCAATAGTCTCTTTCCTAAAGTTAAATGGCATTGGAGGGTGGTTTCAGATCCTAAAGGGTACACTGCTGCAAAGTCACATCCACAGAAACCTTTATAGCAACCTCCCTTCACATCAAGTGCTTTCCAAGTATCTACATCTAGAGAACTTTGTTTTATAATACTAGAGACTGAACCCAGGTCCTCACATGAAAACACTCCACAAGTGAACTATATTCCAACCCTCTTCTTGTTTTTGATTTTGGAACAGACCTTGTTAAGTTGCCAGACTTGCTCTGCCCTCAGCTCTATAGCCCAAGCAGGCCTCAAGCTTGTCCTTGTGTAGGAGCCTCCAGAGTAGCTGCTGTTAGAGGCCTGTGCCACCAAAATGCTTTTTTTTTTTTTTTTGCTTCCTTAGCTGTGAAGAGCTTGCATGGTTTAAGTGTACTTATATGTCCATCCCAAATGACCCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCCTGTGCATTCAAGTCCTTGTGTGTGTACACGTGTGTTTTACAGCCTTCACAAGTCTTAACTAAAACTGATCTCATATTTAGGCCCTTTGAGACAGACTACAGACAATTTTTATGTAGAAGGGTAGGAACACTATTTTTTTTTTACTAGAAAGTTGTATAAATGTGTAGAACTAGGGTTCACCCAGCATAATAGTAACTGAATACATAGACCTCTCTGAATGCATGCCTCCTCAAGGCAGGCATAGTCAGAACATTGATTTCTACC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Seq C2 exon
ATGCATATGAAACAGCCAAGATGCTTTGTGAACAGTATTACCTGGTAGCTCCAGAGCTAGAAGTTGAAGAATTCAATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000035232-Pdk3:NM_145630:5
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.065 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF104364=BCDHK_Adom3=PD(12.1=64.5)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: