RnoINT0109237 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000012513 | Pdk3
Description
pyruvate dehydrogenase kinase 3 [Source:RGD Symbol;Acc:1593276]
Coordinates
chrX:62860047-62870951:-
Coord C1 exon
chrX:62870862-62870951
Coord A exon
chrX:62860125-62870861
Coord C2 exon
chrX:62860047-62860124
Length
10737 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
10.51
3' ss Seq
AAATTTTTCTTTCTTAACAGATG
3' ss Score
10.25
Exon sequences
Seq C1 exon
CCCTTCTGTTTGGTGGTGACACTAACCCCGCTCATCCGAAACATATAGGGAGTATCGATCCCACCTGTAATGTAGCTGATGTGGTGAAAG
Seq A exon
GTAAGGAGCCAGCCCAGTGGCACTGACCATGGCAGAAATACCATTGGGGTTTATTTGAGGCAGCTCAGCTGTGGGGTCATGTTGCTGTGTACTCTATGATTTGTCAGACCATATTAGGCCTAAACCAGTTAATCCAAATATGAAATATTTCTAGATCAGGGAAGAACGAATAATTTCTAATGCTCATTCACCAGTTTTTATTTCATTGGTCAGGGTTGTACTTGTATTTCTTAAATAGTAAGCATTTCAGGAAGTTCTAGATTTGAGTTGCCACCATTTTAATTATTCTCTTGTTCTAAAATGAGTCTGCATTTATATTTGCCACATGTATGTGTCTTTATCTTACATACTTCTGGTCTTATAAGCTGTACAGCAAGTGGGCTGACCTGGATGGACACTATGTCAAGTATCCCCAGGGTACAAGAGGCCAGGTACTCATAAATCCCTGGTACACTGGGGACTTTGAGTTTGAGTGTCTAGTTCCCATCATTCATTTAAAATAAATGCTGAATGCTGTGTCAGGAAAGCTCGGCTACCCGTGACCCAGCAGGTTCCAGCACTTCTTAGTTTAGACTGTGCAGACTCATGTTCCCAACCTGTCTCCTTCCCCAGATTGCATTTCCTCCTCTGCTCTCATCTAGCCTTAAACCCTCAGCTGGCACGTTGGCATGGTCATCCTTCGTCCTGGTTTTCATCAGGGACCGGGGTTGTTCTGTAGCAAGCATTGCTATGATAGCCCGTGCAGTATATTTTCCAGGTGCTGCCTGTGTCTGTGTTCGGCCAGAAGACATTTCCTCACATCATTTCCGTTTTAAGGCAACTAGGTCCAGCTGATACATATGTGCCTTTTCTCTTGAGCTGTAATTGATGCAAGGCCAGGGAATATGTCTTGTTTGATAACTTTTAAGAACCTTGGAGTGTCTGTAGAAATAGAAAATCTGTAAATATTCTGTGGCTTGATAAATTTTAGACATTCAAAGTTGTTAAATAAATTTTATTATTAAAAATTTGGGCACTTGGTTATGGTGGCACACATCTTTAATCCCAGCACTCAGGGAGGCAGAGGCAGATGGATCTCTTTGAGTTTGAGGTCAGCCTGGTCTGCAGAGTTCCAGGACAGACAAAGTTACACAAAGAAACCCTAACTGGAATAACCAACCAACCAACCAACCAACCAACCAACCAACCAACCAACCAACCAAACAAACACTACCATGACCACCACAACAAAAAGCCCAAACAAACCAAAAGTGGGCTGAAGAGACAGCTCAGCTGTTAAGAGTATTTACTGTTCTTGCAGAGGACCTAGATTTTTCTTCCCAGCACCCACATAGTAGCTCACAACTGTCTAGTTTCAGTGCCCTTTTCTGACTTCCTCTTCTGATCATAAGTATGTATGTGCATAGCCATCCATGCAGGCAAAACACTCATACACATGAACTACAGGTAACAAATATTTAAGAATGTGTAGGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTCAGAGCATTCAGTCTTCCAGAGGACCCAGGTTCAATTCCTAGCAACCACATGTCAGCTCACAAACTATAACTCCAGTTCCAGGGATCCAACATCCTTGCACAGACATACGTGCAGACAAAACAGCAATGCACATGAAATAAGAATAAATAAATTTTTAAAAATAAAGATAATTTTAAATAAAAAAATAGTACACACTGGAATTAACTAGCCCCAAAGTCTACTTTCATAGGTGTGATATTGATATGGTGGTGACATTTTAGTCATAGCTTTAGAGCTAGAGCTTCAAGAGATACTTTCAAATGTCTGTACATGGATGTACATGTATGGAATACCATGAGAGAAGATGGGGAATAGAAAAGACTGGGCCTATGTGAAGAATGTGGTGGCTCATTATATATTGTGGTTTGCACTTTGATACGTTTGAAATTCTTCATGATAGAGTTTTGAAAAGCACTCATTTTTATTATCTCATGCTTTTCTTTACAATGTAAAGTCTTTGACTAAGCTTTAGGGAGGATATATGTGAGGACCAGTGGAATTTGATAAGTATTAGGAGTTTTATGAAACTTAACAATTTGTACCGTACAGAAAGATTAAGCATTGTTAAAGTGCTTGTGTCATTCAAGGAGGACTTCTCCTGTGACTTGTCGCTTAAAGTTGAAAGAACTTGTGTTCTATGACTGTTACCATCAACATTTTTCTGTTGTTTAATATGTATTAACTACTGGTATTGTTGTATGATCTCCAATCTATGCCACAAACTGTATTATTCCTAGTGACTTTTATGCCAAAAACTAACTGGAAGAATATTCAGAATAGTGCAACACATGTTTGAAGGGAAGTGAAAGGCCTGAAAGTTTATTCCTGAGTCTCCTAGTCTCGCTCTGCCAGCCAGCTTTCTATTGCTGTGAAAAAAATACTTGAGGAAATCAATCCACTTATAGGAGAAACTATTTGTGTTGGTTCAGTTCCCAAAGTTTCAGTGCACTGTTGCTTGGCCCCATCATTGTGGGCCTGTGACAATGTGTAATATCATGACTGTGAATGTATACCAGAGCAAAGCTTCTTGTTTTACCGTAGCTGGAAAACAAAATGAGAAAGGGGCCAGAGTCCCAATATGACCTAACTTCCTCACTCTCTTTTCCCCAGCCCTCCTAGGTTCTTTCCAATAGCACCACAAGCGAGAGGCCATTTAATGTCCTTCAGGGGACGTTTAGGATTCAACAATGTAAACTATCAGTTTTCTTTGTTTATTTTATTTATAGCTCCCGTCTCTTTTTCCTCATTGTTCCAGTACTCACAGCTTATTTTTGTTATGCTAGGGATAGAACTGTGGGGCCTTAGACATGGAGGGCAAACACTTTACCCTTGAGCATCACTCCCAGCCTTCTTTATACTTTTTATTTCAATACAGGGTTTCACCAAGTCTACCAGGCTGGCCTTGAACTCACTCTACATGGACTACAGAACTTGTTGCATTCCTTCTGCCTTGGCTTTCTTAGTAGCTGAGATTATAGGCCTACAGCACCAGGCACAGCCCACTCAGAACTTTATCTTTGCTCTTTTCAAAAAGAATTCTTTTCTCACATCCCGACCTCAGTTTTCCCTCCTTCCACTCCTCCCAGTGATCCCACACCTTCTCTCTCCCCCAGATCCTGTCCTCCTCCATTGCCCTTTAGAAAAGAGCAGCCCTCCCAGAGATATCAAGGGAACATGGCTATCAGGTTACAATGGGACTAGGCACAAATCCTTATCAAGGCTGGATAAAGCAACCCACAAGGAGTCAGAGACAGCATCTACTCCCACTATAAGGAGCCCCCTAAAACAGCAAGCTGTACAACCATCACATATATGCAGAAGACCTAGGTCAGACCCATGCAGGCTCTGAGCCTCTGTGAGCCCTGCTTAGATTATTCTGTGGGACTTGTTCTCATGGTGTCCCCGACCTCTCTGGCTTTTACAGTTTCTCCCTGCTCTTCCACAGAATCATGCCAGCTCCACCTAGTATTTGGCTGTGGGTCTCTAGGCATTGATCTATGGATACAACAATATCATTAGGAGTAATTTCATTGTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGCCAGTCAGTTTTAGATCTCTAAGCTATCTAACCTTGGGTTCCTGTCCATCCAGGACATCTGCCACTCCCTTTAACTTTCTGCCTAGTATATTGCAAATAAGTTCACTGTATTCAATTGTGTGTTTTGGGAAGAAGCATAACTAAAGCCTCTAAAGCCTAGATCCTTGGTGAAGGTCTATGTTGTGACTGTGACTCCCTATACTCCTTTGTCATTCTACTTTCCCCAGTAAAGCACACATACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATCCTACCACCATACTTATGAGGAGAGGCAGGAAGACTAGCAGTCTCTGTTCTGTGCATCTTTCAGTAGTTTTCCTCTTTTAGTAGTCGCTTAAGTTAAATGGCATTGGAGGGCGGTTTCAGATCCCAGAGGGTACATTGCTGCAAAGCCAAGTCTACACAATGAACTGTATGGCAACCTCCCTTCACATCAAAGTGCTTTATAAGGGTCTACATTTATACAACTTTGTTTTTATAATACTGGAGATTGAACCCAGAGTCTCACATGCAAACGCCCCACAAGTGAACTATCTTCTGATCCTCTTCTCATTTTTTATTTTAGAACAAGGTCTTGTTAGGTTGCTGGACTTGCTCTGCACTCAACTCTGTAGCCCAGGTGGGGCTTGAACTTGCCCTTCTGCCTGTGCCTCCAGAGTAGCCGGTATTGGAAGCCTGCACCACCAAAATACTTTTTTTTTGCTTCCTTAGCTGTGAAGAGTTTGCATGGTTTAAGCATAATGAAATGTCCATCCCAAATGACCCTGTGTACATGTGTATTCATGTCCTCCTGTGTGCACACTTGTATTTTATGGCCTTCACAAGTCTTAACTAAAACCGATTCCATAGTTAAGCCCTTTGAAACAGAGTACAGAAAATTTTTATGTAGAAGGATAGGAACACAATTTTTGTTTTTGACTGGACAGTTGTATAAATATATAAGTAGGGGTTCACCCAGCAAAATAGCAACCGAATATTCAGACCTCTCTGTGTATGCCTCCTCATCACTTAGTCAGCACATTGATTTCTACCTTTAAACATCTGTAAATTACACCGTCAGGAGTGAATGCTAGAGTTAGTATTGTAAGGCAACTCCTGTCATCCTTTGGAGGGGATCTTCTGCGTTGTTCCTTCTTTGTCCTTTTGTTGTAAGAAAGCAGACAATCTAATGGGCAGTCCTATGACGAGAGTATTTTAAAGATGCCAACTTAAAGCTTTGCTTTGGTACAAAAGTTAACTTTTGCAGTCTTGCTAAGTTTTCTGTGTCATTTTATATGTCATCATTGCTTAGCATGATAGCATACAAATGACCTCCTGAGTGCATGCTATTATTATAGATTAGAAATAATATCCTAT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Seq C2 exon
ATGCATATGAAACAGCCAAGATGCTTTGTGAACAGTATTACCTGGTAGCTCCAGAACTGGAAGTTGAAGAATTCAATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000012513:ENSRNOT00000017370:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.032 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF104364=BCDHK_Adom3=PD(12.1=64.5)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]