BtaINT0111660 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000004901 | PIK3C2A
Description
phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase, catalytic subunit type 2 alpha [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:8971]
Coordinates
chr15:35904185-35912334:+
Coord C1 exon
chr15:35904185-35904352
Coord A exon
chr15:35904353-35912258
Coord C2 exon
chr15:35912259-35912334
Length
7906 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAAGT
5' ss Score
11.81
3' ss Seq
TTCTGTTTACATTCATGAAGGTT
3' ss Score
5.04
Exon sequences
Seq C1 exon
AATCATTTTTCCCATCCAGATATCACAATTGCCGTTAGAATCACTTCTTCACCTTACTCTTTTTGGAATTTTAAATCAGAGCAGTGGAAGTTCCCCTGATTCTAATAAGCAGAGAAAAGGGCCAGAAGCTTTGGGCAAAGTTTCTTTACCTCTTTTTGACTTTAAACG
Seq A exon
GTAAGTGTTGCTGAGTTGTAATGGTGAGTTACTGTGAACACCCCTGCAGTATCAGTATTGGCCAGAGAATGGAATGAAGAAAACACATTCATGATGAGATAATGAGTTGTCACCGTTTCCCGGTGTGATTAAAAGAGGTCATTTCAGAGATACAGAGAAAACCAAAGTTGTTCTGGTGTCATTTGAACATATCTATATGGGTTTTCAAAGGATTCTTCGCTGGTCACTGTTCCAGAAGAAAAGCAGCAGCCAATTCATTCTTTTTTTTAAATTCATTCTTTAATTGTCATTTATGAAAAGCATTATATTATTGACATAATATTCATGGTCTTAGACGTTCCTTTGATTAAAACAACAAAACTCCATTTTCCATCTTCTCATCCTTTCCCCATCCTCCTGTTTGAGTGTACAGCTGCATATTATTCCCTTCTCTTTACCTGACTGATCTCCCCTTACTGTTATGGGCCCCTGGCCTTTAATCTTCAAAAGTCCCACATGTATGCAAAACTTGCTGATCCTTAAGGTAAAAGACATTCCTTTTGAGCTTTGTGTCTACTAATAACCTTTGGGATAGTATAATCTACCTGGCTTTTCAGCTGACTGTTTTGATTATGTTTTAAGTAATAATATGTTCCTTGAGACCATGAAGTGTCTTCTTAAATGAAAAGAAAAATCATTGACTAAGTTTGGGATGCTTGATATAGAACATGATAACATTTTGGAGAGTGATAATGGACATTATCATATTGGAGTGTCTTAAGTTCTGCAATCAAGCTGCTGTGTTTAATAATAATATTACTGTAATAACAAACACATAGCATGTACTCTATGCAAGCTATTAGTTTGAATGCTGTATACATAGCCTTATATACCTCAGAACAACCTTATGAAGGTAGGTATTATTATCCCTTTTTACAGAGGGGGAAATCAAAGTGGTTTGCCCTTGGGCACTTAGTTAATAAATGGTAGAACTGAGTTTGAATCTAGGGAATGTGGCCTCAGGGTCTGTATTCTCAACATTAACCTATATTGCCATTCTCAGATTTATTTGATACCATGATACTTGTTTTGATTTAAAATCCATCTTTGAAACCATTTTGGGAAATGATTTAATAATTGATCTATTTAACTTACAAGAACTGCTGGAAGATCCACTGGAGAAGGGATAGACTACCCACTCCAGTTTTCTTGGGCTTCCCTTGTGGCTCAGTTGGTAAAGAATCTGCCTGTAGTGCAGGAGGGAGACCTGGGTTCGATCCCTGGGTTGGGAAGATACTCTGGAAAAAGGAAAGGCTACCCACTCCAGTATTCTGGCCTGGAGAGTTCCATGGACTCTATAGTTCATGCGGTCACAAAGAGTCGGACACAACTGAGTGACTTTCACTTTAACCTACAATAAAATGATTAAAAAATATTATTTTCCCATGTACTTAAATATAGCATTTTTCATATATTTTTTTCTTTTGTCTCTCCCCCTATATGTGAGAAGGCCATGTAAGATTTTTAAATTATATACCTTTCATTGGGCTCCAATTTTATTTGACACCTGACATAATTCTGAACTGACAAACACTAGAGAAGAGCAGTTAAGAGATTGCTATTAATGATACATATTTAGAACTCCTTTAGAGTCCATAACTACTCTAAAACAGAATATTGGCCACATAAAGGAGGGGGATTGTGTTCTCAGTCGTCTTTGATACATAAGTGTCAGGTATAGTTAATGTGAGAAAATCAAATGTAATTGTGTCTAAATGAGTCAGTTTTGAAAACCTTCGTGCACTTGAAAGCAACAAGAGTCTGCTTCATTCAAGGAGTATTATCACTTTTTGCCATTTTATTTGCTTATTAATATGTGTTTTTATTGAATTAATGACCTTCTTTCAAGATTCAAAAGAGTAAAGGGAAGGGCAGTTGACTTTTGTTAGACAATTAAATAGTTTGCATGCGTCCAGTGCTCAACGGTTTAAAAGAATGAACTGATGTCATTAAGCTTGAGAGTTTGCCAAGCTGTGTAGTCAGTCTAGATAATGTTAGGATTTAACATTCAAAAAATGCTCAGAAATTAAGAAGGGAGATGACTTTATATATAAATACATAGAGAGAATCTGTGTTAATGATTTAGTTGTGCTCATGTGCTATAATATAATGATCAGAAATCCTGGTCTTGAAATTCTTTTAAAATTAATTATGTTTAAGCTACAACCTGCATACAGCCTGATAAAGTTATTATAAGAGCCAAATGATTTACAGGCATTTCAGTCAACCTCAGCAACAAATGAGTTCTTAACTCATTTTTAAATAAATGGAATCAAGCGTTTAACCTGCTGTTCCTTTATAGTTGAATCTCAGGATTACCAAATAATTGATGTGAGAAGGTTCTTTGTAGAAAAATTTCAGCTAATAGATGCAGAAAGAATGACAGAATATCAGAATTTTGCAATTTCTGTTGTTATTCAGTCGCTCAGTTATGTTCGACTCTCTGCGACCCTATGGACTGTAGCATGCCAGGCTTCCCTGTCCTTCATCTCCTGGAGCTTGTTCAAACTCATGTCCATTGAATCAGAGATGCCATCTAAGCATCTCATACTCTGTCGTCTCCTTCTCCTCCTGCCTTCAATCTTTGCCAGCATCAGGGTCTTTTCTAATTGAATTGGCTCTTCGCATCTGGTGGTCCAGAAGTATTGGAGCTTCACCTTCAGAATTGGTCCTTCCAGTGAATATTCAGGGTTGATTTCCTTGCAGTCCAAGGGACTATCAAGAGTCTTTTCCAACACTACAGTTCAAAGGCATCAATTCTTTGGAGCTCAGCCTTAATGGTCCAATTCTCACATCCATACATGACTACTGGAAAAACCGTAGCTTTGACTAGATGGACTTTTGCCGGCAAAGTAATATTTCTGCTTTTTAGTACGCTGTTTAGGTTTGTTTTAGGTTTTCTTCCAAGGAGCAAGTGTCTTTTAATTTCATGGCTGCAGTCACCATCTGCAGTGATTCTGGAGCCCCAGAAAATAAATTGTGTCACTGTTTGCATTGTTGGCCCATCTTTTTGCCATAAAATGATGGGAGTGGATGCCATGATCTTAGTTTTTGAACGTTGAGTTTTAAGCCAGCTTTTTCACTCTCCTCTTTCACTTTCATCAAGAGGCACTTCAGTTCCTCTTCACTTTCTGCCATAAGGGTGGTGGTGTCTACATATCTGAGGTTGCAATCCGTACTGAAATAATAGATTTAGGCCAGGAAATCTCAGTCTTGGCACTGTTGACATTTTGAGCCAAATGATTCTTTGCTGTGGGAGATTGTCCTGTGCATCGTAGGATGTTTGGCAGTACCTTTGACTTCTGCCCTCTAAATGTCAGTGGTACACCCTAGTTGCCAACCAAAAAGTCTTGAGACATTGCCAAATATCTAGTGGAGTCAAAAGCATTCTTGGTTGACACTGATTTAAGTCACTTCAATTCAGTCGCTTAGTCGTGTCCAACTCTCCGCAACCTCATTAACCGCGGCACGCCAGGCCTCCCTGTCCATAACTAACTCCTGGAGTTCACCCAAACTCATGTCCATCGAGTTGGTGATGCCATCCAGCCATCTCATCCTCTGTCTTCCCCTTCTGCTCCTACCCCCAATCCTTCCCAGCATCAGGGTCTTTTCCAGTGAGTCAACTCTTTGCATGATGTGGCCAAAATATTGGAGTTTCAGCTTCAGCATCAGTCCTTCCAATGAACACCCAGGACTGATCTCCTTTAGTATGGACTGGTTGGATCTCCTTGCAGTCCAAGGGACTCACAAGAGTCTTCTCCAACACCACAGTTCAAAAGCATCAATTCTTTGGTGCTCAGCTTTCTTCACAGTCCAACTGTCACATCCATAAAACCATAGCCTTGACTAGACGGATCTTTGTTGGCAAAGTAATGTCTCTGCTTTTGAATATGCTATCTAGGTTGGTCATAACTTTCCTTCCAAGGAGTAAGCGTCTTTTAATTTCATGGCTGCAGTCATTATCTGCAGTGATTTTGGAGCCAAAAAAAAATAGTCTGACACTGTTTCCACTGTTTCCCCATCTATTTGCCATGAAGTGATGGGACTGGATGCCATGATCTTAGTTTTCTGAATGTTGAGCTTTAAGCCAACTTTTTCACTCTCCTCTTTCACTTTCATCAAGAGGCTTTTTAGTTCCTCTTCATTTTCTGCCATAAGGGTGCTGTCATCTGCATCTCTGAGATTATTGATATTTCTCCTGGCAATCTTGATTCCAGCTTGTGCTTCCTCCAGCCCAGTGTTTCTCATGATGTACTCTGCATAGAAGTTAAATAAGCAGGGTGACAATATACAGCCTTGATGTACTCCTTTTCCTATTTGAAACCAGTCTGTTGTTCCATGTCCAGTTCTAACTGTTGCTTCCTGACCTGCATACAGGTTTCTCAAGAGGCAGGTCAGGTGGTCTGGTATTCCCATCTCTTTCAGAATTTTCCACAGTTTATTGTGATCCACACAGTCAAAGGCTTTGGCATAGTCAATAAAGCAGAAATAGATGTTTCTCTGGAACTCTCTTGGTTTTTCCATGATCCAGCGGATGTTGGCAATTTGATCTCTGGTTCCTCTGCCTTTTCTAAAACCAGCTTGAACATCTGGAAGTTTACGGTTCACGCACATAATGCTGAAGCCTGGCTTGGAAAATTTTGAGCATTACTTTACTAGAGTATGAGATGAGTGCAATTGTGCAGTAGTTTGAGTATTCTTTGGTGTTGCTTTTCTTTGGGATTGGAATGAAAACTGACATTTTCCAGTCCTGTGGCCACTGCTGGGTTTTCCAAATTTGCTGGCATTTTGAGTGCAGCACTTTCACAGCATCATCTTTCAGGATTTGAAACAGCTCAACTGGAATTCCATCACCTCTACTAGCTGGGTATGGTTTTTGCTTTGGCTCCATCCCTTCATTCTTTCTGAAGTTATTTCTCCACTGATTTCCAGTAGCATAATGGGCACCTACTGACCTGGGG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Seq C2 exon
GTTTTTAACATGTGGAACTAAGCTTCTGTATCTTTGGACTTCATCACATACAAATCTTATTCCTGGAACAGTCCCC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000004901:ENSBTAT00000046627:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.140 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0079219=PI3K_C2=FE(46.3=100)
A:
NA
C2:
PF0079219=PI3K_C2=PD(19.0=88.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development