BtaINT0112677 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000013773 | PKP4
Description
Bos taurus plakophilin 4 (PKP4), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001191491]
Coordinates
chr2:37868556-37877705:-
Coord C1 exon
chr2:37877153-37877705
Coord A exon
chr2:37868745-37877152
Coord C2 exon
chr2:37868556-37868744
Length
8408 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
TGTAATTTTCCTGCCTGTAGGCT
3' ss Score
9.33
Exon sequences
Seq C1 exon
CCATCAGTGGCCAATCGGGCCATGAGAAGAGTTAGTTCAGTTCCATCTAGAGCACAGTCTCCTTCCTATGTTATCAGCACAGGCGTGTCTCCTTCAAGGGGGTCACTGAGAACTTCTCTGGGTAGTGGATTTGGCTCTCCCTCTGTAACCGACTCCCGACCACTGAACCCCAGTGCATACTCCTCCACCACATTACCTGCTCAGCGGGCAGCTTCTCCATACTCTGCACAGAGACCCGCCTCCCCATCAGCTGTACGTCGGATTGGGTCGGTCACCTCCCGGCAGACCTCCAATCCCAACGGACCAACCCCTCAGTACCAGACCACCACCAGAGTGGGGTCCCCACTGACGCTGACGGATGCACAGACTCGAGTAGCTTCCCCATCCCAAGGCCAGGTGGGGTCATCGTCCCCCAAACGCTCAGGGATGACTGCCGTACCACAGCATCTGGGACCTTCACTGCAAAGGACTGTTCACGACATGGAACAATTCGGACAGCAGCAGTATGAAATCTACGAGAGGATGGTTCCACCTCGGCCAGACAGCCTGACAG
Seq A exon
GTGAGTACAAAGTGACACCCCTACACAAGCCCAGTGGGAAAGTGTTCCATGCAACCGTTGCTAAAACAGAGCATATAATGTGGAAAAACATTATATTTTTATCTCAAAATTTGTGCCACAATGTACCGCAGACCTCAGGCTGACTTTTCTTTCAGGCTTTATACTTTTTAATGCATCAAATTATATACATTTATATCACCAGACCTCTTTTGCAATTAAAACATTTCCCCCATCCCTCAGAAAACTAGGATATAAAAGGTAGGTACTTTTTGCATATTAGAAGAATTGGCTAGAATTCTAAACTGTTGGTTGCAGTTTTTCATAGTGAAATATTTTTCACTAGCTAGGCCTACCCATTGGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCCAGTGTTCTTGCCTGGAGAATCCCAGGGACGGGGAAGCCTGGTGGGCTGCCATCCATGGGGTCGCACAGAGTCGCACACGACTGAAGCGACTCAGCAGCAGCAGGCCTACCCATACTCAAAACCCTAAATTATGTTAAAAGGTGGTATCAGAATGTCTATTCAAATATAATTTTTTTAAAGAAATGCCTTACTAGTGTAGACTAGAATGTGGATTTCCTTACCTACTGCCTTGATTTTTAGCACCCCAATGGGAAATGCACAAAGTTCTTATGAATTGCCTTCAAATGCCACTTAGATTAAGTCAGAAAGACACCAACCAGATCACTGATAGTACAGCTGTTTCTTTCGGAGTTTTCTCATCGTGGGTTTTCTATAGGATGTACAGACTTTTGATTAAAATGATATTCATCTTTAGCTAGTAAAAAAAAAGTTAAAACTATGCAGGAAAATAAAAATTGTGAAGTGAAAGTCTCAGCCCCCTCTTACCCTCACCCAATCCCACTCCCCAGTTTATGTGTCTTCCAGACTGTTTGATTATATGTAAGTATATACATTACATATAGATGTGCACACACTGTATTTTTATGCTGTTGGAGCTCTATTATGTATATCTCCTATACCTTCTTTTTTTTTTTTAATGTATCTGAGCGTTCTACCTCATTCTCTCAAGGGATGCCTAGGACCTTATTTTATAGACATAATTTGTTTAATCACTTCTGTATTAACAGACATTTAGATATCCTCATTTTTAGCTGTTAGAGACAATCATACAATATATATTACTCTTCGTGCATATCTGCACATAGCTTACTAAGATAACTGTGAGATCCATTTCTTGAAGTAGGACTGCTGGATCAAAATATGTGTTTGTGTTTTCTTAATGAAATACTGTCAAACTGCCCCCACTAAACTTTTATAGATTTTTCTTTCCACTAGTAGCTTGAGTGCCTGTTCCCTACACCTTCACTAGCACTGCATATTGTCCAGGTGTTTCATCTCTGCCAGTCTGTGCCTCATTGTTTTAAGAGACCTGTGTTGAGTAATGACTGAGGTTGATGATTTGATGTTTATCAGCCATTTTATTGCTTTACTGCAAACTGCAAGTTCAGGTCCTTTGTCTGTTTTTTTAAAATTTGTAAATGCTTTTTATACTTGAAATAAATTGACCCCTTGTAATATGCTTCTCAATTATTTTTCATTTCATAATTTGTCTTTTGACTGTTTTTTTTGTTATTTCTTACACAGAAGTTTTTAATATTTATTTTGTATGATAAAATTAATATCCTTTCCTTATGGCTTCTGGGAAAAATAAAGCCCTTTTGAGATTTTCTAATTGCATGATCTTGCACAAAGAATAAATATTGAACTTGATTTTGAGCTCAAAGAAATTCCTATTGGAGAAACTAGCTCTTTTTCATTCAGCCATCAGAAGGGTACACTGGCTTAGATATTTTCTGGCACGGCTCTGGAAAGCATGCAACAGAGTGAGGTAGGGATCATCGATGACACGCCTCCTCCAAAGGAAGCCTGAAGAGAGAAATAGTTCTGAGGATTCCTGTTCCCCCTACCCACACCCCTCCCTATTTATGAACAGTGGCTGAAATCCATGTTTGCAGGAGAGCACAGAGAAAACCAGGAAAGAAAGTAGGCACAGAAAGGACCGTCTCCATGTTTAACCCTGAGGGCTGGACTTTTGTGGTTTAAGAAACCTGCTTCTCTTCACATTGCAGGTGAAGTTAAACTTTATGTTTCAGGGAAAAAAAATTATAGCCTACTATGGATTTTTTTGTTCCCCTGAATACCACAGTGTTCAAAAGAAGCAAAGCATTTCTTAAAAATGTTGTAAGGAAGCTTTGGTTCCCATCATCTGTCCACCTGCCCAGTTATTCTCAATGTAGATCCTAACTTGTAAATTCCTTTCTTTTTTTAATTTCAGAAAGTGATGGGCTTGTCATATTTACTATGGTTCTTGAGTTCAAAGACTTAACAACCTGCTAATTGAAAAGCCTAAAGCAATATTTTGTAATAGATTCAGACACTTGAATATTTGGTGATCACAATTTAAGTGATGTGTATAAATTATGTCCTACAACAGAAAAATATGTCTGCCCCAACACATTCATTAAAATATAACCATAGCATATTAAGGCAAGTTTTGAGAATAAAAAGAATTCACATTTGAAAGATAAATGTATGTTTGTTTTCACTGACTTAAATATAGAGGTGTTAAATCAGAAGGAATATATCATTGAGGTAGGTAAACTTGATATGTATTTGTGGAATTGCAGCAAATTGTCTTCCACTTCAAAAGATACTAAATTATAGTAGCCTTTCTACAAAATCACCTTACTTAATCTGTTCAGTTCAGTTCAGTTCAGTTCAGTCACTCAGTCATGTCTGACTCTTTGTGAACCCATGGCCTGCAGTACACCAGACTTCCCTGTCCATCACCAACTCCCAGAGTTTGCTCAAACTGATGTCCATTGAACTCGATGATGCCACCCAATCATCTCATCCTCTGTCGTCCCCTTCTTCTCCTGCTTTCAATCTTCCCCAGCATCGGGGTCTTTTCAAATGAATCAACTCTTCACATCAGGTGGCCAAAGTATTGGAGTTTCAGCTTCAGCATTAGTTCTTCCAATGAATATTCAGTACTGATTTCCTTTAGGATGGACTGGTTGGATCTCCTTGCAGTCCAAGGGACTCTCAAGAGAGTCTTCCAAAAGCATCAGTTCTTCAGTGCTCAGCTTTCTTTATGGATCAACTCTCACATCCATACATGAATGACTACTGGAAAAACTATAGCTTTGACTCTGTGGACATTTGGTGGCAAAGTAATGTCTTTGCTTTTTAATATGCTGTCTAGGTTGGTCATAACTTTTCTTCCAAGAAGCTAGCATCTTTTAATTCCATGGCTGCAGTCACCATTTGCAGTGATTTTGGAGTCCAAAAAAATAGTCTCTCACTGTTTGCATTGTTTCCCCATCTATTTGCCATGAAGTAATGGGACCAGATGCCATGATCTTAGTTTGCTGAATGTTGAGTTTTGAGCCAACTTTTTCACTCTCCTCTTTCCCTTTCATCAAGAGGCTCTTTAGTTCTTCTTCACTTTCTGCCATAAGAGCAGTGTCATCTGCATATCTGCTGCTGCTGCTAAGTCACTTTAGTCACGTCCAACTCTGCGACCATACAGACCACAGCCCACCAGGCTCCTCTGTCCCTGGTATTCTCCGGCAAGAACACTGGAGTGCGTTGCCATTTCCTTCTCCAGTACATGAAAGTGAAAAGTGAAAGTGAAGTCACTCAGTCGTGTCCGACTCTTCACGACCCCATGGACTGAAGCCTACCAGGATCCTCCATCCATGGGATTTTCCAGGCAAGAGTACTGGAGTGGGTTGCCATTGCCTTCTCCGTCTGCATATCTGAGGTTATTGATATTTCTCCCAGCAATCTTGATTCCACCTTGTGCTTCATCCCCCCCAGCGTTTCTCATGATGTACTCTGCATAGAAGTTAAATAAGCAGAGTAACAATATACAGCCTTGATGTACTCCTTTCCCCAGTTGGAACCAGTCTGTTTTTCCATGTCTAATACTAACTGTTGCTTCTTGACCTGCATAAGATTTCTCAGGAGTCAGGTAAGGTGGTCTGGTGTTCCCATCTCTTAAAGAATTTTCCACAGTTTATCGTGATCCACATAGTCAAAGGCTTTGGCATAATCAATAAAGCAGAAGTAAATGTTTTTCTGGAACTCTCTTGCTTTTTCAATGATCCAGCAGCTGTTGGCAATTTCATATTTTAAATTTTCATATTTCATCTTCCTTTTTAAATCCAGCTTAAACATCTGGAAGTACACGGTTCATGTACTATTAAAGCCTGGCTTGGAGAATTTTGAGCATTATTTTGCTAGTGTGTGAAATGAGTACAATTGTGCAGTAGTTTGAGCATTCTTTGGTATTGCCTTTCTTTGGGATTGAAATGAAAACTGACCTTTTCCAGTCCTGTGGCCACTGCTGAGTTTTCCAAATTTGCTGGTATATTGAGTGCAGCACTTTCATAGCATCATCTTTTAGGATTTGAAATAGCTCAGCTGGAATTCATCACCTCCACTAACTTTGTTCGTGATGATGCTTCCTAAGGCACAGTTGACTTCTCATTCCAGGATGTCTGGCTCTAAGTGAGTGATCACACCATCATGGGTATCTGGGTCATGAAGATCTTTTTTTTTGTATAGTTCTTCTGTGTATTCTTGCCACCTCTTAATATCTTCTGCTTCTATTAGGTACATACCATTTCTGTCCTTTATTGTGCCCATCTTTGCATGAAATATTCCTGTGGCATCTCTAATTTTCTTGAAGAGATCTCTAGTCTTTCACATTCTATTGTTTTCCTCTATTTCTTTGCATTGGTCACTGAGGAACACTTTCTTATATATCCTTGCTCTTCTTTGGAACTCTGCATTCAAATGGTGTATCTTTTATTTTCTCCTTTGCCTTTAGCTTCTCTTCTTTTCTTAGCTATTTGTAAGGCCTCCTCAGATAACCATTTTGCCTTTTTGCATTTCTTTTTCTCTGGGATGGTCTTGATCACTGCCTCCTGTACAATGCTACGAACCTCC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Seq C2 exon
GCTTACGGAGTTCCTATGCTAGTCAGCACAGCCAACTTGGACAAGACCTTCGTTCAGCTGTGTCTCCCGACTTGCACATCACTCCTATATATGAGGGGAGGACCTATTATAGCCCAGTGTACCGCAGCCCAAACCACGGAACCGTGGAGCTCCAGGGATCACAGACAGCGCTGTACCGCACAGGCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000013773:ENSBTAT00000018330:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.734
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]