HsaINT0126259 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000144283 | PKP4
Description
plakophilin 4 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:9026]
Coordinates
chr2:158624878-158631941:+
Coord C1 exon
chr2:158624878-158625427
Coord A exon
chr2:158625428-158631752
Coord C2 exon
chr2:158631753-158631941
Length
6325 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGCGT
5' ss Score
9.73
3' ss Seq
TGTAATTTTTGTGCCTCTAGGCT
3' ss Score
9.13
Exon sequences
Seq C1 exon
CCATCAGTAGCCAATCGGGCCATGAGAAGAGTTAGTTCAGTTCCATCTAGAGCACAGTCTCCTTCTTATGTTATCAGCACAGGCGTGTCTCCTTCAAGGGGGTCTCTGAGAACTTCTCTGGGTAGTGGATTTGGCTCTCCGTCAGTGACCGACCCCCGACCTCTGAACCCCAGTGCATATTCCTCCACCACATTACCTGCTGCACGGGCAGCCTCTCCGTACTCACAGAGACCCGCCTCCCCAACAGCTATACGGCGGATTGGGTCAGTCACCTCCCGGCAGACCTCCAATCCCAACGGACCAACCCCTCAATACCAAACCACCGCCAGAGTGGGGTCCCCACTGACCCTGACGGATGCACAGACTCGAGTAGCTTCCCCATCCCAAGGCCAGGTGGGGTCGTCGTCCCCCAAACGCTCAGGGATGACCGCCGTACCACAGCATCTGGGACCTTCACTGCAAAGGACTGTTCATGACATGGAGCAATTCGGACAGCAGCAGTATGACATTTATGAGAGGATGGTTCCACCCAGGCCAGACAGCCTGACAG
Seq A exon
GTGCGTACAAGGTGACAGTGCTACATAAAACCCAGTGAGGAAATCTTCTGTGTAACTTAAGTTGAAACAAAGAATGAAAAGGTGGAAAAGGCTCATTCGTGTTTTTAATCTCAGATTTTAAACTATAAACTTAAGGTTAACTTGTCTTTCAGGTTCTGTAATTCTTAATACATGAAATTATATACATTTATATCAATAGAATCCTTTTGCAATGGATATAACTCTTTTGTAATATTTTCCCACTAAATATTAGGGTTTAAAATGTGCTTTTTTTGCATTTCATAAGTATTAGTTGCAATTCTAAGCAGTTGACTAATTTTTTTTAATGAAATATTTTTTACCAGCCAGGCCTACCCCTAAACATACCCTAAAGTTATGTTAAAAGGTGGTATCAGAATATCTGTTTAAATGTTTAAATTTTTTCTTTAGAAATGCTTTGGTAATATAGACTAGACTATGAATTTTATCCCCTACTTGATTTTGGCATTTTAACGGTAAATGCACAAAGCGCTTATGAATCACTTTTACATGCCACTCCTATTAAAGCAGAAAGACACCGGGTCCCTAATACAGCTGTTCCAACTTCAGGGTTTTTCGTGGAGGGTTTCCTACATGGTGTAAAGATTTGGTTATTTTAAATAAAATGCAATTTAACTTTAGTGTTTTAAATTATATTTTAAAAGTAACATATACAGAATGGTAAAAATTAAAACTATATGGGAAAATATTGAAATAAGTGAAAGCCTTTTACCCTCACCCAGTCCCATCACAGTTGATGTGGCTTTCAGAATGTTTCTTTGCATTTACAAATATATGCAATCCATGCAAATCTGCACACACATTGTGTTTTCTATTGATGGAATTCTATCATATAGATCTTCTATACTTTGTTCTTTTCACTAACTATGTCTTAAGAGCTCTACCTCATTCTTAATAGATGCATGGGACCCATTTTTTATAGATATATCATAATTTATTTGCATTTTCCTCCTAATGGACAGTTAGGTTGTTTGTTATGTTTAGCTGTTAGAGATGATGTAGTACATACATTGTTCTCCCTGCATATTTCACATAAGTACTAGGGTAACTGGGATCCAGTAGAATTGCTGCATCAAAATATATGTGTATTTTTACTTTGAGAGATATTACGTAGAATTGCCTTCTAAGAAGGTTACACACGGATTTATATTTCTGCCAGTAGTTTGAGTGCCTGTTTGTCTATACCTTGTCTACACTGCACTAGTGCTGCATATTCCAAGTTTTTCATCTTTGCCAATCTGATAGGTAAAAAGCTGTACCTCATTGTTTTTAAGGGCTTTTATTGAGTTATGACTGAGGTTGAAGATTTAATCTGTTCATCAACGACTTTATTTCATTTTGTGAAACTACAAGTTCTTTTGTCTATTTTTATAATTCGTGAAAGCTTTTTTTTACTAGAGATAAGCTAGCACCTCGTAATATGCTTCTCAAGTATTTTTTCCATTTTGTCACTTCTTTTTATTTCATTTTGGTTTTAATTTACAAAACTGTTTAACATTCTTACATAGTAAAATTAGTATCTTTTTTATGTCTTCTAAGAAAATTTAAGCCTTTTTGAGATTTTTGTGATTGAATAATTTTGCCTGGAGAATTTATATTGAACTTGATTTTTGAGCTCAAAGAAATTCTTAGTGGAGAAACCACCTCTTTTTCATTCATCTATCCAAGAAGTGTGCTTGACTTAGATATTTTCTGAAATGCCTCTGAAAAGTATGCAGCAAAATGATGTAGGAATCATTTATGAAATTCTACCTCCCAAGGAAATCTTAGAAAATAAATAGTTCTGAGGACTTCCATATTCCCCCGTGTGTATAGAACAGCTATGTAGAAATCTCTGCTTGTAAGAGAGTAGAGAGGAGACTGGAGGAAGGAAGCCAGCATATAAATTATTGTCTCCATATTTAACCCTAAGAGGACTCATTTCCTCTGGTTTAAACAGTCTGTTTCTCTGACAATGCAGGTAAAATTAGACTTTATGTCTTGGGGGGAAAATATATATAATGTCTATTTTTTAGGCCCAGCCTCTCAGTGATTTTTTTCTAGAAATACTGCAGTGTTCTCAAGAAGCAAAGTGTTCTTGATTTCAAAGGACTAATAGCCTGCTAATTGATAAGCAATGTTTTGTACTACATTCAGGGACTTGGGTATTTGATGATCATAATTTAAATGATACAAACTACAGAAATATATATATATATACTCTAAAATGTTCATTTCAGAATAATCATGGCATGTAAAGAAAACTTTTGAGGAGATAAAGAATTGATCTTTGAAAGATAAATTTATGTTTATTTCTAATGCCATAAATATAAATATTTTTAATCACATGGAATCACCGTAATAATAGCTAAACTAATATGTTTGTGGAATTGCAAATAGAAAGTATTGGTTGGATAAATAATGCAGTGGCGTATCAGTGTTTTCCATTATTTGGAAGGGGAAGTAATGTTATTAAAAATTAATCAGTGGAAATGCTTCTGAAAAAATTATTTTTTATTTATTTTTATTTATTTTTATTTTTTTATTTTTTTTTGAGACGGAGTTTCGCTCTGTCACCAGGCTGGAGTACAGTGGCACGCTCTCGGCTCACTGCAACTTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCTGCCACCATGCACGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGTTTTCACCATGTTGGCCAGGATGTTCTCGATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACGGGTGTGAGCCACCACACCCAGCCCTGAAAAAATTATTTCTAATACCAATTATAGAACATAATTATTTGAATTCCAGTTTCAATAATAGTAAATTATAGTGAGCTGTCTACACATATTCATTTTACTTAATCTACAGAGGCTATTTACTGTAATTTTTTAAAATGCTAATCTATAGGACTGTGTACTTGTGTTTTTAAACACACGAGCGGGTAAACAAAAATAGTTTACTACTATTTATTATGTCATTCAGAAGGATTCTTAATATCAAGAAAGTGCTACATCCCACTAAAGTTCTAAGTCTTTTATTTCCCATTATAGCCTATCACATAATAGTAATTCCAATTTACTAATGATCCTATAACGAGTGAACATCTGCTGGTTATTTTTTATATTTCTAAATGCAAAAAGCTCATTTTGTTACCTTTCTCATGAAATCATAGTCTGTGCTTACAAAACCTTTCAGATTGCATGGATTCCAGTGACGAATCCAGCCAGATACTTGTAAAATGAGAATATAACATTGTAATCGTGGTGCAGAATGCTTTGTCTTATTTCACATCCCTGTGCAGTAGTGGGAACATGAGGACTCAACCGATGTCAGAAGCATCCAGTCTTCGGCTTGGCTCTGTCCAAGTGTAAATGATCCTCAGTGTCTTGCACTGAGTCGTGAGTGTCTGTGGCTCTGTTGGGTGTTACAATAGCACCTCATAATGATAAGATTATCGAGGACTAGGTACATTCACCTGTCTGCTTTATGTCACTGTTAACAAAAACTGTGCACTTTTGTCTAAGGTATTCATGGGCTCCATAAAGAAATAGAGCTTAGACTCTGCTAAAAATGATAATAATAATGAGAAATTGGCCAGTGCCTAAAAAGCTGAAATCCTCAAAAGGGAATTTTGCAATAGCAATCACAGTGTCATCTTTAAAGTTGGTTTCCATGGCCCCCTCCTTGGTGTGCTTACCTTCCTCTTTAACCTGGTGTTTGTGGAGGGCTCTGTGGAGTTCAGACTTTTCCTCACCATGTGCCGTTGCTCCATGAGGGATAGCTGTGTCCAGTATTGGGTGTATAATGACAGAACACTGACCTGTGCTTTCCTGTCAGCTCGGCAAGGAAGTAGCTCTCTAATGGGGGCGAATCACATTTCCTTTTGGACTCTGTTTCCTCGGTTTTGAAATGAGGTTTGGCTGGATAATCTCCCAGTTATAAGATTGTATAAACCTGTGGTCTTCGTTATAGCAAGAGGGGAGCCAGTAGCTAAAACCCACATTGATTCGTTTAGTTTCTTTCCATGTCACATTGCTGTCCAGGGTAGGTAATAATCATTCACTTTAGAAGCTTTATGCATGTGTTAACTTTCTTGCCTCTCCTCACTAACCAACATGTAATTAGCACTCTTATTCAGGTCCATTTGCTTTTAGTTGTGATTTGATTAACTGAACTAACAGGATGGGAGCAATCTTTTTTTTTTTGAGACAGACTCTGTCTCTGTTGCCCAGGCTGGCGTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCCGCCCCCAGATTGAAGCAGTTCTGTGCCTCAGCCTCCCAGGTTCAAGCAATTCTCTGCCCAGCCTCAGCTGGGATTACAGGCGCCTGCCACCATGCCCAGCTAATTTTTGGATTTTTAGTAGAGTCGGGGTTTCACCACCTTGGCCAGGCTTGTCTTGAACTCCTGACCTCGTGATCTACGTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTACAGGCATGCGCCACCGTGCCTGGCCAATCTTACCTTTTTATAATTACTTACTTTGTTAATGATTTGCTATTTTTTTAAAAGCAAATATATGCTGACTGGCTTCAGATATGTTTGTCCTTTCTCTTATATTTGGGATATACCCTTAATTGATATTTTTACAAGTGACAGATTTTACTTACCAATAATGGAAGTCACAAACTTCTGAGCATCATAATATAGAAAATATTCAGTCTTTTTAAGAAATTGAAATGTTTGGGTTTGAAGTATACCTTTTTATCATGAGTCCCATGTGTAAACATTAGTTATTAGCAGTTTGAATCAAAATATTTAAAATGATTTAAGGTTCATGTACTACTAACTTTGTACTTTTTCTTTATACTAGAAAGAAGGTAAACAAGAATCTGGTATGTGAGTTCTTATA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Seq C2 exon
GCTTACGGAGTTCCTATGCTAGTCAGCATAGTCAGCTTGGGCAAGACCTTCGTTCTGCCGTGTCTCCCGACTTGCACATTACTCCTATATATGAGGGGAGGACCTATTACAGCCCAGTGTACCGCAGCCCAAACCATGGAACTGTGGAGCTCCAAGGATCGCAGACGGCGTTGTATCGCACAGGTTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000144283:ENST00000389757:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.998 A=NA C2=0.689
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains