BtaINT0116212 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000027789 | PPIG
Description
Bos taurus peptidylprolyl isomerase G (cyclophilin G) (PPIG), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001109807]
Coordinates
chr2:26717759-26736067:-
Coord C1 exon
chr2:26735937-26736067
Coord A exon
chr2:26717797-26735936
Coord C2 exon
chr2:26717759-26717796
Length
18140 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTAGGT
5' ss Score
7.33
3' ss Seq
AATTTATTTTTGTTTTCTAGGAG
3' ss Score
10.07
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
GAGCAAAAAGATTGTCCTTGATTTTTCCCTATTTAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000027789:ENSBTAT00000040072:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]