RnoINT0115969 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000007673 | Ppig
Description
peptidylprolyl isomerase G [Source:RGD Symbol;Acc:620315]
Coordinates
chr3:55961075-55968743:+
Coord C1 exon
chr3:55961075-55961178
Coord A exon
chr3:55961179-55968675
Coord C2 exon
chr3:55968676-55968743
Length
7497 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACAT
5' ss Score
7.87
3' ss Seq
CTTTCATTTTTCTTTCCTAGGAA
3' ss Score
12.25
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGTACATTCCTTGGGCCATGAGACGCTCTCTTTTTTGTTTGTTTTTGATCACCAGTACATCTAAGAAGTAATAGAGTGTGGAGCTAAATCCAGAAAGAATAAG
Seq A exon
GTACATATTTGTGTTTGTGTCACTCCCATTGTATAACGAATATGATTAGCAATTGCTATTTTGTAGCGGATACTGAGCAGTTTGCACAAATGTTTTTTATAAATTTTAAAAGATTGTCATAAAGTCCACGAATTGCACAGATAATGGCTGCTTCTTTAATTTTTTTTTTAAACATACATAAAAGTGTAACTCCTCATCTGGTGTCACAATGCCTATAACTCCAGGCTGAGGAGAAAGGGTCACCAATCAAGGCCAGCCTGAACAACTTGATGAACAACAAAAACACCTTCTTAGGGACTCTACTCTTTAATTTTAATAATGTGGAGTGTAATTAGTCTTACAAGAGTTTACATTTCTCTGTTTTAAAGAAGCTAATTGCTTAACAGTTTCTTTAAGCGTCATTGAATTGATTGGATGGATTGTCCTGCTTGCTCCCTAAGTAGGTTGGAGTGTGTGTGTGTGTATCTTTCACTAAAATTGTATTTTTATTTCTATAGGCCAAAGTAGGGATCTTGAGATTTGCAGACAGTACTTTAGATGTTCAGAGAAGACTGCTATAATTGGACCTTTGCGTTTTACTGATAGGGAAAATTTTCTGGTTTGTTTTAGATCCTTGGTGTTCGTTGTTAGGGCAAATACTCTAACCACTGAGCATATTTCTAGTCCTTGTTCTCCACTTGTGTTAGTGTGTATGGATTCAAGACCTCCTCACAACTGTGGGGCAAGTGCTAGATCAGGGGACCACAAACCCCTAACTTTTCAGAATACCTGTTAAACGTTGTGTTCCCCCAGCTCAGTCTGTATATCACCAGCAGTTTGTGTATATCAGAAACACTGAAGAAAAAGGTTCTGTTTGGAAGACCATAGGTGTCTTTTCTGACAACTCAAAATGTTGGCTTGTTTTACTTAATTCATCAGCAATGTACACATTTGTAAATGCATGCAAATGTTTTAATTAGTTAATTCCACTTCTTACTTGATCCCTGTGCATACTTTAAGAGTGAGCTGATGATGAAACTAGTTTGAATGTTAAAGTGCCTCCCCAGCAGGTAATTTTTTTTGAAGGAGGGATATATTTTTGCCCAGTTTTGGAGGTCTCAATCTGTGGTTGGCCTGTTCTTTAGGCATTGCATGGTGGGAACACACAATAGAGCAAAATGTTTTCCTTGTGGAGTCCAGGAAGCAGAGGATGGAGGGAGAGGGCTGTCCCAATACTACCTTCAAGAACTCACCTAGTGAATCAGCTTCATTCCATTAGTCCCCATCTCCTAAAAGATTCACCATCTCCTAGGAGTGCCAAAGATTGGCAACCAGGCCTTTTACATACTGCCTTTGGGGGCGGGGGCAATTAATGTCTAAACTTCAAGAGAGTGTCTTCTAGACCAGACAGGGAAGATGAATACAAAGCAAATCTCAAGACTTGCTTAATGACAAACATCAATTGGCATCCCATTATGGATTGGGAAATTTCCCGAAGACCCTAACCTTAGATGAAGAGTTAGTTGATGGCTGCTGAGAATGGGAAGATTTTTAAGTTCTTTTCAGAGATGAAAGCCTGATAGGTTATTCAGTCTCAAATAGTCCTAAAACACATGCACATATAAGCAACATTAAATGGAAACAGTAGGTTGTGTATGTAGGTATAAAACAGAGGTCATCAATTTAAGAAGACTTTTTGGGAGGATGCAGGAGAGGAGGGTTAGAAGCAATTTAAATATAATACTCATGTATGGAATTCTCAAATTTTTAATTAAATTTTTTTTTTAAAAACTCCAAATATAACAAAGGTTCCCTTCTCTTTGTGTAGAAAACTTAGTCTTCCTTGGTAGTAATATTAGAAGTAATATAGAAGGTTGAAAAGTATCTCATTTACCACTAAGTTTGAGGATCTGAATTCTATCCCTGGAAGCCACATAGTAGAAGGAGAAAACTAGTTCCTCTAAGTTGTCCTACACACATGTGCATTATACATGCCTCCCCCTCCTAAGAATAAATGTAAAAAAATTTTTCAAAGGAATGTGGAAAACACACAATGGTGATGCTTGTATTATTAGATGTTAATGCTTTTGAAAACTGCTTACCAGTGTAGCTTTAATCAAGTTAGAATATTGGCTTTATGTTTATATGCACATATTTTCTTGTTTAGATTATATGTGCATTGAATGTTTCACCTACATGTATACATGTGAAGCACATGTGTACCTGATGTTCTCGGAGGTCAGAAGAGTATGTCACATTTCCTGTGATTGGAGTTATAGATGATTGTGAACTACTTTGTGGGTTCTGGGAATTGAACCTGGTCCTCAGCAAGAGGGACAAGTGACCTTAATGGCTAAGTCAACTCACCAGTCCGTGTACATATTTTCAAAAATACCTTTATATATACTCTAAGAATAGGACAGTCTTTTCTAAAGATACTACAGTTTAAAAAATTGTTAAAGTTTTTAGTGAAACACAGTAAACTCATTTTAAATTTGAAAACATAAACCATTTCTAGATAATTATGTTGATGTACAGAATTTTTTCCAGGAATGACATTTTGTTTACATGTATCATATCACATTTAACATTTCTCATTTTAGATTGTCAAAGAATGCTGACAGCAGTTTGAGTATACCAATTTAAATGTAATGTTTTATGCAGTTAGGGCTTGTAGAACATGTTGGAATTCCTTTATTGGTAATAAATAGTTGCAATTCCTCAATTATAGTGTCTTTGAAAGTGAAATAACTGAAAAGAAAAGAGATAGTTGGGGCTAAAGAGGTGACTTGGAGGTTAAGAGCACTGGCTGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAATTCTCAGCAAACACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGATTTGTTGCCCTCTTCTGGCATGTAAATGTATGTGCAGATAGAGCACTTATACATAAATCTTTTGCTGAACTCTCTTTTCTTTTTTTTTTTTTCGGAGCTGGGGACCGAACCCAGGGCCTTGCGTTTTGCTAGGCAAGTGCTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAACCCCCCATAAATCTTTTAAAAAGAAAGAAATTATATAATTTTTATATTTATGAAGTGCCATAATTCAAAAAAGTGAAGTACATATATAAAAAAGGTAATTTAAAGATCCAATATAGCTTTAATTAATTTAACTTACTTAAGTCCTGTACAAAAACTGTTATTACTTATCAACAGACCTATCAGATCAGATGCTGGATGTGCTATTACACTCCTTTAATCGAGTAGAGCCATGTGGATCTCTTCATTCTAGGCCAGACCAATTCCCAGGATCTCCAGGACTACATAAAAAGACCCTGTCTCGAAACAGCAACAACAAATACTAAATTTTTTAAAATAAGCCTATCTGATAAGAACATGTTATCTTTCTTTCAGGAGAGTCAATAATAACAATACCTCATGTGAAAAGCATACATATAGGGGAGAAAACAGCACAGGTTATAATAGGAAATACAAGTTCTATCTGGGTGTTCTGGTATACACTTGTCACACCAGCAGTTAGGATGTGGACGCAAGAGGATCAAGAGTTTAATGTCATTCTCAAGATACATAGTAAGTTAGATGGCAGCCCCGGTTTCATAAAATTATCTTTAAAAAATGAAAACAAAAAAGTAAAATCCAACAACAGAACACTGACTGCTTCAGACATATTGCATTAACAAGCATTCTTTCTATTTGATGAAGAAGTCCCTGGGGGTGTTGGCACTGTGCTTTGTGTAGAAGATAAAGTTTTAGAAGAGACCTATGACACAGGTCTATAATTCCAAATACTTGAAAAACTGAGACAGGAGGATGTTAAGTTCATGGTCCACTTAGAACACAGGGTGTGTTTAGGGCCATCTTTGACAATCATAGAAGACCTTGTTTTTTATTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGTTTTTTAACAAAAAGCTAGAAAGATATTGAGTTGGTGGAATTTATAGATGAGTTTATAATTTTTTTTTTTACCCAGGGAGGATCATTCAGCCTGGAGAGAGAAGTTTCTAGAGTACTATGGCTGAATTGAATCTTAAGGGACACATAGCCAGAGGAATTAGAAGGAGCAAAAAAGGAAAGAGTTGGTTGCCATTCTAATAATTTTAAAGAATCCACTGTCTGTTCCCTTAAGTGTTGAGACACAGTGTATTGCTGACTCTACTCTTTAATGTGATAAAGTCACTACATTACTACCTAATTACAAATACTCCACTTAATAATTAGTTGCTTATATACTTACCCTTTCCCCTTGGCATCTTAGGACCCATTAGGGTGAATATGAAAATCATTTTACGTATGAAACTGCAAAAATGAATTTCTGACCAGTCACTGATGTTCCTGAAACATTTGAAGAAGTTTAGCATTTTATGTTTATAAATATTACTACTTTAGTTGTTAATATGCAAAGTGATAATAAGCATTTAAAACAAGATTCTAATCATTCATAGAGGGTAGAATGAAATACAAATAGTAAAAGTTATAGTTGTTAGGATTTTGCGTGTATTTGTATAACTAGGGTTTTTTTTTATGTGTGAGCTTTTTAGCTTTATTTCTTAATTTAAAAGTATTTTCATGCCAAACATCAGGCGGCAGCAGGAGGATGGAAAGTTCAAATTCAGCCTGAGCTACACTGGGAGCCTTGTCTCAAAAAAAGTAGTTCTATTATTAAAAAAAAAAAAAAATCAGTGTCACTCATTTCTGAGGAAGTCGAATAGGTAAATTGAGTTTATAACATCAAGTAGATGATAATGGTTTCAGTTCATAAGCAGTAATGGAAACAAGGTCAAACTAGAACATGCATTCCATCATTATAATGGGAGCAGCACATGCTGATGACTGTACAAAATGGGGCACTGTGCCAGGTGTAATTATTTCTCAAAAAAATTCAAATCTGGGATTTTATGATAATTATTAGCTATAGCTCATTCAGGCTATAATAAATTTGTGACAATCAAATATTCACAGATAATTAATCCCAAAA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Seq C2 exon
GAACAAAACGATTGACTCAGTTATCCTTGGTGGGTTTTCGTTTTTTATTGTTTCCCCTAAACTGAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000007673:ENSRNOT00000010216:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]