MmuINT0124732 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000042133 | Ppig
Description
peptidyl-prolyl isomerase G (cyclophilin G) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2445173]
Coordinates
chr2:69723093-69731813:+
Coord C1 exon
chr2:69723093-69723363
Coord A exon
chr2:69723364-69731745
Coord C2 exon
chr2:69731746-69731813
Length
8382 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTAGGT
5' ss Score
7.23
3' ss Seq
CTCTCATTTTTCTTTCCTAGGAG
3' ss Score
11.35
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCTGGGCTGCTCGGGCTCGGAGGGGTGGCCCCGGGGACCGCGGCGCGGCCTGGGGCCCCGTGGTGGCCCGGCGGCTTGCAGCCGAGCCCCGGGGCGAAGGAAGCGGCTCTTCCTCTCCAGCCCCCGCCCTCCCGGCTCGGGCGCACACCTCCTCCCTGACGCATTTTGCCGCACAAGCTGTAATATGGCGGCAGCGACGGCAGCCTCGGCTCCCGGGAGCTAGGTTCGTTTTGGAGGCTTCAGAACCGGGAGACGGAGCGCTGCGGCGTG
Seq A exon
GTAGGTGGGACCTCTGGTTAGGGAAGGGGGAGGCGCAGCGCGAGGGCCTGTCAGGTTAGGGTTAGGGAGGGACGGGCGCAGAGCCAGGATCCCCGGGAATAAAATCGACCGCGGGCTCCGGTCCTCCCGACCTTTTCCTCCCGTAGGACAGCGGCTGGCGTGCATGCCTCAGTGACACAGGCCCTTGGTGTTAGGGACACTCCTAAAACTCAAATGCGAGATGTTAACCTCAGGGCCTTAGAAGTTTTCTCATGTTCCTGAGCGACTGGAAGCGGCCGGGCCTTTGGGGGAGGAGGATTCTGTTGAGGAGAAGATGGTTTCTGAACCCCGTTCGCCTTTAGGAGAAACGAACTGATTTTTTCCGTGTTTCCTCTTGATGTCGAACAAAGTCAACCGTAGCGGGCATCCGTTGTCTAATTGTTTTGGAAAACCTTATGGAAGCACCACCCTGTGCACTCAGTTTGATTTCTTAGCACGAATACATTACTTGCGCTAAGTAAAGATTAAGTAAAGACTCTCTTTGTTTGTTTGTTTTTGATCACCAGAACATTTAAGAAATAATACAGTGTTTTGAAAATTTGGAAGGTCCATATTAACTTTCAGAAGCTAAATCCAGAAAGGATAAGATTTGTGTTAGTGTCATTCCCATTGTATAAAGAATATGATGACTAGTAATTGCTATTTTGTAACAGATACTGGACAGTTCGAGGAAACCTTTTTTATAAGTTTTAAAAGATAGCCATAAGAGGAACTGCACAGATACTTAGAAAGGCTGCTTCTAACTTACCTAAAAGTGTAACTCCTGATTTGGTGTCACAATGTCTATAATCCCGGGCTGAAGAGAAAGGGTCACCAATCAAGGCCAGCCTGAACAACTTGATGAGACAAACAAAAACACCTTAGGGACCCCACTCTTTAATTTTAATAATGTGGAGTGTTATTAGTCATGTAATAGTTTACATTTCTCTCTGTTTAAAAGAAGCTAGTTGCTTAACAGTTTCTTTAAGCTTTATTAAATTGATTGGGTTGTTCTGCTCACTCCCTAAGTAGGTTGGTGTGTGTGTATGTATGTGTGTGTGTGTGTGTATATATATATATCAAAAATTGTATTTTTTATTTCTGTAGGCCAAAATTTGGACCTTGAGATGTGCAGGCAGTACTTCAAATATTCAGAGAAGACTGCTATAATTGGACCTTTGACTTTTACTGACAAGGCGCATTTTTTGCTTTGTTTGAGGTCTTTGGCATTTTTAGGGCAAGCACCACTGAGCTGTATTCCTAACCATTGGTCTCCACATTTGTTTGTGTGCATAGATTCAAGACTTCACAACTGAGGGCAAGTGCTAGATCACTGGACCACAAACTAACTCCTAAGTTTTCAGAATACCTGTTAGGTGGTGTTTTTCTACCAGCTCATTTTTTGCATACCAGTAGTTTGTGTATATCAAAAACATTAAAGAAAATGGTTCTATTTGGAAGAGCATAGGTGACTTTTCCTGACAACTCAAAATGTTAGCTTGTTTTACTTAATTCATCAGCAGTGTATACATTTGTAAATGTATGCAAATGTTACTAATTAGTTAATTTTCATTTCTTATTTGATCCATGTGCATACTTTAAGAGTGAGCTGATGAAGCTGGTTTGAATGTTAAAATGCTTCCCAAGCAGGAAATATTTTTAAAAGGTGGGATATATTTTTGCCCAGTTCTGGAGGTCTCAGTCCTGTTGGCCTGTTCCTTTGGATCCTGTGGCAAGGCATTACATGGTGGGGGACACACAGTAGAGCAAAATGCCTTCTTGTGGAGTCCAGGAAACAGAGGATGGAGGGAGGGGGCTGTCCCAATACTGCCTTCAAGGACTCACCTCCAGTGAGTCAACTTCATTCCATTAGTCCCCATCTCCTAAAAGATCCTCCATCTCCTGGTAGTGCCAAAGACTGGCTACCAAACCTTTAACATACTGCCTTTGGGGGACAATTAATGTCTAAACATCAAGAAAGTGTCTTTTAGACCTGACAAGGGAAGATGAATACAAAACAAATCTTCCAAGACTTGCTTAATGACAAACATCAATTGACATGCCAGTATGGATTAAGAAAATTTCAGAAGACCCTACCTCTAGATGAAGAGTTATTGTCAGTTGATGGCTGCTGAAAACGGGAAGATATTTAAGTTCTCTTCAGAGATGAGACCCTGATAGGTTATCCAATCCCAAATAGACCTAAAACACATGCACATGTGACCAACTTTAAAAGGGCCCAGGAGTTTGAATGTGTGTGTGTATAAAACAGAGGTCATGAATTTAAGGGGACTTTTGGGAGGATGTAGGAGAGGGGGTGTTAGAAGCAATTTAAATACAATAATACTCATGTATGGAATTCTCAAAATTTTTTAATTAAGTTTTTAAAAAAATCTAGATGTAACAAAGGTTCCCTTCTCTTTGTATTCAAAACTTAAGTCTTCCCTGGGAATAGTATTAAAAGTAATATAGGAGGCTGAAAAGTGACTCAGCAGGTAAAAGCATTTACTACTAAGTCTGAGGATCTGAATTCTCTCCCTGGAAGCCACATAGTGGAAGAAGAAAATTCCTCTCAGTTGTCCTCTGACCTACACACATGTGCATTACATATGCCTCCCCACTAAAAAAGTGTAGTCCTGTGTAGTCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCCGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGCGAGCGCCACCACGCCCGGCTATATGTCTCTTAAGATTCAGTTCAGTCACAGTACTCTAGAAACTTCTATCTCCAGGCTGAATGAGCCTCCCTGGGTGAAAATTATAAACTCATCTATAAATTCCACCAACCAAAATCTTCCTGGCTTTTTGTTTTGTTTTTAATTAGATATCTTCTTCATTTACATTTCAAATGCTATCCTGAAAGTCCCCAATATCCTCCCCCGGCACTTTTGGGTTGTTTTTAAAAAAACAAAAACACAAACAGCACCCCACACACACAAGATCTTCCATGGTTGTCAAAGATGGCCCTAAACACACCCTGCGTGTCCCAGGCAGGCCATGAACTTATTTAACAGCCTCCTGTCTCAGTTTTTCAAGTATTTGGAATTATACGCCTGTGTCACAAGTCCCTTCTAAAACTTTAAAAATTTTTCCTGGAATGACATTTTGTTTTCATGTATTAATACCATATTTGACATTTTTTTTCTCTTTAGACTGTCAAAGAATGGAGATAGCAGTTTGAATGTACCAGTTTAAATGTAATGTTTTATGCAGTTAAGGGCTTACAGAAATTATATGTTTTTTTGTTTATGAAGTACCATAATTCAAAATAGCAAAGTACATTTATAAAAAAGGTAATTTTAAAAATCCAATATAGCTTTAATTAATCTAACTTACTTGAGTCTGATACAGAACCTGTTATTTGTCAACAAACCTATCCGATCAGATGCTGGGTGTGCTGTTATAATTCTTCAATCCATCGAAGGCATGTGGGTCTCTGTTCTAGGTCAGCCCAAGTTCCAGGATGGCCAGGACTACATAAAAAAACCCTGTCTCAAAACAGCAACAACAAATACTAAATTTTTAAAAATAAGCCTATCTGATAAGAGCATATTACCTTTCTTTCAGGAGAGTCAATAATAACAATACTAACAATAATAACAATGTGAAAAGCATATATATAGGGGAGAAAACAACACCGGTTATAATAGGAAACACAAGATCTGTGTGGGTGTTTTGGTACACACTTGTCACCCCAGCAGTTAGGAGGTGGACACAAAAGAATAAGGAATTTAATGTTATTCTCAAGCTACGTGGCAGGCCAGGTTACTTAAAACTATTTGTAAAAAAATGAAAACAAGCCGGTGTGGTGGTGCATGCCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCAGAGTTCAAGGCCAGCCTGGCCTACAAAGTAAGTTCCAGGACAGCCAGGACTATACAGAGAAACCCGGGAGGGGGGTGTGGGTGGGGGAATGAAAACAAGGGCTGGGGAGATGGCCCAGTGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAAAGCTCCTGTGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACAATCTGTAATGAGATCTGATGCCCTCTTCTGATGTGTCTGAAGACAGCTCCAGTGTAGTGATATAAATAAAACAAATCTTTAAAAAAAGAAAAGACTTATTTATGAAAAAAATGAAAACAAAAAATAAATGCCAACAACAAAATACTGCTTCCAGACATATTTGCATTAATTAGTATTCTTTCTATTTGTTGATGAAGTCTCTGGGGGTGGCACTGTGCTTTGTGTAGAAGACAAAGTTTTAGAAGGGACTTGTGACACAGGCGTATAATTCCAAATACTTGAAAAACTGAGACAGGAGGCTGTTAAATAAGTTCATGGCCTGCCTGGGACACGCAGGGTGTGTTTAGGGCCATCTTTGACAACCATGGAAGATCTTGTGTGTGTGGGGTGCTGTTTGTGTTTTTGTTTTTTTAAAAACAACCCAAAAGTGCCGGGGGAGGATATTGGGGACTTTCAGGATAGCATTTGAAATGTAAATGAAGAAGATATCTAATTAAAAACAAAACAAAAAGCCAGGAAGATTTTGGTTGGTGGAATTTATAGATGAGTTTATAATTTTCACCCAGGGAGGCTCATTCAGCCTGGAGATAGAAGTTTCTAGAGTACTGTGACTGAACTGAATCTTAAGAGACATATAGCCGGGCGTGGTGGCGCTCGCCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCGGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGACTACACAGAGAAACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGACATAGCCAGAGGAATTAGAAGGAACAAAGAAGGAAAGCCTTGGTTGTCATCCT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Seq C2 exon
GAGCAAAACAATTGGCTCAGTCATTCTTGGTGGATTTTTGTTTTTTTATTGTTTCCCCCAACTTAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000042133:ENSMUST00000040915:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types