HsaINT0130252 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000138398 | PPIG
Description
peptidylprolyl isomerase G [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:14650]
Coordinates
chr2:169584340-169603694:+
Coord C1 exon
chr2:169584340-169584490
Coord A exon
chr2:169584491-169603641
Coord C2 exon
chr2:169603642-169603694
Length
19151 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
CTCTCATTTTTGTTTTCTAGGAG
3' ss Score
11.64
Exon sequences
Seq C1 exon
GCGCTTCCGGTGCGACGCTGTCTCTCCATGCCAGGACTGAGTTGTGGGGGAGGGAGGCGGTTAGCGGGCTTTAGCGCCTTTTCTGGCGGCGGTAGATTTGAAGCGCTTCAAAGGACCGGACCCAGAGAAGAGGAAAACTCTACCGGTGCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAGCACAGGGATCAGTTGTCCTTGTTTTTTTTTGGTCTTTTCTTCATTTGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000138398:ENST00000260970:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.381 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0016016=Pro_isomerase=PU(12.7=45.2)
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development