BtaINT0122058 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000010718 | RALGPS2
Description
Ral GEF with PH domain and SH3 binding motif 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:30279]
Coordinates
chr16:61608505-61628504:+
Coord C1 exon
chr16:61608505-61608555
Coord A exon
chr16:61608556-61628420
Coord C2 exon
chr16:61628421-61628504
Length
19865 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GATGTGAGT
5' ss Score
7.77
3' ss Seq
ATTTATATTTAATTTTTTAGGAG
3' ss Score
8.79
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAGCTTGCAAGTTGTGGATGGAATAAAAAAGAAAAATACAGTTCTGCACCAAATGCAGTTGCCTTCACAAGAAGATTTAATCAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000010718:ENSBTAT00000034000:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0061714=RasGEF=FE(8.3=100)
A:
NA
C2:
PF0061714=RasGEF=FE(14.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development