HsaINT0137049 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000116191 | RALGPS2
Description
Ral GEF with PH domain and SH3 binding motif 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:30279]
Coordinates
chr1:178785557-178808128:+
Coord C1 exon
chr1:178785557-178785607
Coord A exon
chr1:178785608-178808044
Coord C2 exon
chr1:178808045-178808128
Length
22437 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GATGTAAGT
5' ss Score
9.11
3' ss Seq
TTTTCACCTTAATTTTCCAGGAG
3' ss Score
9.36
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAGCTTTCAAGTTGTGGATGGAATAAAAAAGAAAAATATAGTTCTGCACCAAATGCAGTTGCCTTCACAAGAAGATTCAATCAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000116191:ENST00000495034:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0061714=RasGEF=FE(6.9=100)
A:
NA
C2:
PF0061714=RasGEF=FE(11.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development