GgaINT0036709 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000004273 | RGPS1_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr8:6674291-6679919:-
Coord C1 exon
chr8:6679869-6679919
Coord A exon
chr8:6674375-6679868
Coord C2 exon
chr8:6674291-6674374
Length
5494 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGT
5' ss Score
10.03
3' ss Seq
TCTCATCTTTGTTCTCGCAGGAG
3' ss Score
10.24
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTCAGATAACACTAATGGATGTCCCCGTATTTAAAGCAATTCAGCCAGAG
Seq A exon
GTGAGTTGTTCATTCGTTTGCTTTTCAATTTTAAATGAAAAGGGTTATGTCTGTGCATACATTCTGGAATTGCAAAGCGTAAGTATGTTCAATAAATCACATTTTCTTTTACAGTTTGTATAGATCTGAAGCAGATGTTATTTAACACAGAAATATCTGAAACTAATTGTTTGAGGAATGGAAATTTAAACGTGTTCAACCAGTGCTGGAAGTGAAGCTGGTTTTCAGTGTCTGTTTGGTAAACATCTTACTTTTACTATTCTGATCAGAACGTTCTAGGTTCCAACTGCTAACAGATCCAAATGGAAAGCTAAGTTAATAGGATGGATTGCAGATGGTATGCTCAAAAATGTGGTTTCATAGTCTGAGATGACTTCTTTTGTGTTTTTTTCAAAGAATTTAATAAGTAAGCTACAATGCTTGCCTTGTTGTCTTAAAATTGGTTGTGTATCTCAATATATATTAAAGGTATGATAGGAAGAATCATAGAATCACCCAGGTAGGAAAAGACCTCCAAAATCATCCAGTCCAACCATCTACCTCTCACCAATATTTCCCACTAAACCATGTACCTCAGTACAGGATCTAAACAGTTCTTGAACACCTGTGACAGTGACTTCACCACTCCCCTGGGCAGTCTGTTCCAGTGCCTGACCACTCTCTCGGGGAAGTATTTTCTAACACCCAACCTGGATCTCCTGTGGCACAACTTGAGGCCGTTCCCTCTTGTCCTGTCACTAGTTACATGGGAGCAGAGGCCAAACCCCACCTCACCACAGCCTCACTTTAGGCAGTTGTAGAGAGTGATGAGGTCTCCCCAGAGCTCCTTTTCTCCAGACTGAACAATCGCAGCTCCCTTGGCTAATCCTCATAAGACCTGTGCTCCAGACCCCTCACCAGCTCCGTTGCCCTTCTCTGGACGCGCTCCAGGGCCTCAGTGTCTATTGAATCAAAGCCAAAACCAAAAAGCAACCCCTAAGCTTGAATACCACAATTGGTCCATTATATCATCTTAACAAATACAGCAGCTTTTCTGTGCTTTTGCTCTTTGTGCTACCCAGAGCATACATGGCACACCTATCCCAGTTATACAATAACGAGATTCAGGGATGCTGACTCAACTTTACAGAACAGTGAGTGCATCTGGAATTGATCAGCTTTGTTCAGTGTTTGATGTAACATTTTTGCCATCCTTATATAGCATGTATCAGGGCTAGGGATGCTTTTACGTGTAACATTTACTTTGCTTAATCTTTCAGTCCAAACTGCAGTTTAATTTAGCTGGTAATTAGCCATGTTTCTTGTTTGCATATCTAAAAATTAGGGGGTTGAAATGAAATGTGCCTTTTGTCTCAGGAAAAGGTCAAACATCAGAGTGGCTGCCAGCAGTCCTCTCAGCCCCTCCAAGTGGCCAGCAGTGGAGGCTGAGGGACTATATGAGAAAGTGTATTTAAACATGGATAAGTCCTTCCTGCTTCATAAACTGGAAACTTAGAGCTGCAAGTTGCACCCATGTAATGTGATTAACAGCCCACCATGGGCATTTCTTCCTTGACTTGTGGCTAATCCCCTTTGAACTCAGTTATATGTTAGGTCTTTACGTTTTACTGTTATTTCTGGTATATAATATGAAAATGCTGCCTTTTATTTGTGTTGTTCATGTCACTGTCTATGTAACTTGTGCTCTTGTGTTCAATAGTAAATGTTCTGTTTGCTTTTTCTGTACCTGACACCTTTCCATTGCCTTTCTGTTGTGTCTTTTCTGACCTCATTTGAAAAAGCAGCTCTGTTTAGTTTCTTTCCCATATGGGAGTGGAAATGAACTCAGGCTGTATCCATTGTGCCCTGCGTTTCTCTGACTGATTCACATCTTTTCTGTAAAAATGACGGTAACCACAGCTTGTATTCAAGATGTGAGATCTGTAGATGTATTGGGACAATATATGGATGATTTGTTCTCTAATTTGTTTTTAAATAACTCAGTATTCCTTTCTGATTGTAGCCTGTCTTGATCTGATGTTTTCAGAGTTTTTGTTGCAACTATAATGAATTATAAATTTGTTCATCCTTTTTTTTTTGGTACAATTAGCATTTTCCTACGGGCACTGCTTCACACTTTCCAAGCTTAATTTTTATTTATGATATTATTACCCACTTTGTCAGTAGCATGGACATCTCTTTCAGCTCATCAGTCACCTTTAGAGCACCACAATCTATTTTACTGGTAGCAGGTTTTTGTCATTTTGCTCTGTATGGATCACTGAAGAATGTTTGGCTTCCACTAAATGGGTCTGCTGAAAACATCTTAGCTGTGGTTACTGATTTCATCATTTATCTACTCACGGATTTTTTTCAAAGGCTTCTTTTTGATCTGTACTTGAAAATCTTTTAATGATTTAACTTTCATGATTTCAGCAAGCTGTTTTTTTCTTTTCTCCTAAATCCTTCAAAGAGCCTCCCATTTGATCTCTTTTTGGGACATTCTCAGTCTTTTTGATTGGCAGGATATATTTACCCTGATCCTTCTAGTAGGATATCCTTTTTTTTTTTAGCTCTTTTTGAAATCTTTAAAGTCTATTACCTTTTTATCTGATTATTTGAAATGCTTTCTGTATGTATGTACTTCTAAAGCTAAGCATTACTGCTAAATAGGTCGTATCATGTCATCCTGTCCCCCCCGTTCCCCCCCCCCCCCATCCTCCTGCACATCAGTGTTGCTGTTCTGTATGCTTTTACACAATGCTTCTTCTCTAGTCACTGAGCCTCAAAGGACTGGGTATCAAAAACTCAAACCACCAATGTAAATAGATAGGACTTTTCCTAATGGTCTGCTAATGTAGAAATTCCACTGCTTGAGCTTGATGGTAGTTTGCTTTTCTCAATCTGCTTGCAGCACTGCACAGAATGAGCAGTCAGCTGCATAACGAGTACAAGGAATCAAGTGATTTGGATATAGTGGCATCAAGCCAGTACTCCATACCTTGTAACTTGCTGCTCTTTTAACATTGCCTCTCAGTATCATAGCTTACGTTGTGTGAGCAAACCTACAGAAAATCGCTGGGAGATGAGATGAAATGTCAAGAAAACACATCTAATTTTGTTGGCTGTTCTACCTCATTAATGTATACCACAAAAGGGAGAAGCGTAAGAAAATAAGAAACTGTCTTAAAAGAAAATGGTGTGAAAGTAGATGAATATATCTAGAAATAAATTCATTTTAAGAAATCTGTGCTACATAAGAAAAAGCCACATGATGCCTTCACTGAAAAATATCTGTAGCTAATTTAGTACTTCTCACATGTGCACAAAAGAAGCTGAAGGCACTGACAGCATGTGAATAATATCTGTCCATCAGTGTTCCTTCACAGGTAGACGGAGGCTGGTTGCCTTCTATCTCACATGCTCCTAAGTAGTGTTAGTTCTCAATGGAAAAGGAAGGGGCATATAGGTTAGCTCTCAGGTCAGAAGAGGGATATATGCAATTAAAATTGAAAAGACAGGGAGGCCTCTTTTTTCAAATAATTCTGTGTACATTTCAGTCTGAGTGAGATGTTGCACCTGTGCCCATCAGATATTAGTACAGAACTATAAATTGGGCCCTAATCTTAATTCTTCTATGTACTGTCTAAAGATTCTTGGTAATGAATGATTTGGCTTAAAAAATACCACTACTGTTGTTAATCACATCAATGTCATTAAACCCCATAGCCAACTAAACCAGGTCTGCTTCTGAGACAAAACTCCTTCATGCAACCCTTACATGAACAGAGCCAGGGCAATGGGTCGCATACGTCTTTAACCATCATAGGTTTTTTTTTTGTTTGGTAGCAAGGAATTGAAATGATAGAAAGGTATACACTGAATTGTTAATAAATTGCCATGCTTTTTCTAAATCTGAGAAAGCAACTAGATTTCTTTTTCTGCTGTTGAGGGAGTGTAATCATCAGGTGCCAGTAAGGATGAATCAACTTGTATACTGCCTAAGTGCAAAGCTGTGATTTTTTTTCTTCTAATGGAAACTGCATCACTGGGGGTGCTGAGGGACAGAGAATGCAGACAGAGATCTCTTGGATGGCTTCCTCACATCTCAGCCTGTTCTTTACAGTAGGAGCAGCTCACAGTTGCATGGTTGTCTTGTGCATAGTCACTGATGGGCTGATGTAAGGAGATGGGCACGTGCATTCCAATGCTGAACAGGAGAACAGGGTAGCATTTTCCTGGGTGGGTGCTGGTAGTGGAACTTGATAGTGATATTTGAAGGAACGGCCCTAGAATGCTGAGTTGGAGACTACATTCTTTCTAGCCCCTGTGGGTGGGAGGGAGCATCAGCCTTCTCTAGCAAGTGCACACCAGCATGCCAGACTTAAATGAGTGGAAGAACTGAAGATCTCTCTTAACTGCATGAGACTCTTCAGTAGCTTTGGGATGTTGGTTGAAAAGATATTGACAAGTGTTAATTAAAAACAAAATTCAGAATTCTGTGGGATAGCTTGCTGTTTTGAGGCTAGAGCTTAGAATATTCAGATGCTAGATTATTTTAATACATGACTGCATTAAACAGCACAATTATTAATTATATGTTGATTTTTTTCTTAAATGATGATAATTGACGTGTATGGTGTAATACTGGTTTCACTAAGTGGTTATCAATACAGAAATAAAACTGAGAGCACTTCAGAGTGAAAGATGTGGAGAGGAAGCATAAATAAATGAAAACTAAAGGCTGTGCTTTGCTATTACGCTCCTTTAATAATTCAGCTGTCTCTGTACTGGATAGCGTTCCTGATGGTTTCAACTGGCACTGCTGAGTATGTTGTATGCTGAATGCATTTGGGTCTGTCCTGTGTGCTACTGTACTCAAACAGAAAAGCTCAGTAGTAAATTTAGATTTTTATAGCTCCTAGTTAAAAATGCTTTATTGAAATTAAGAGGTAGTAAATAACAGTGAATATGGTGTTATTGCCCAACTGCTGTGTAAGCTGCACAGGCAGGAAACATTA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Seq C2 exon
GAGCTGGCAAGCTGTGGTTGGAATAAAAAAGAGAAATACAGTTCTGCTCCAAACGCGGTTGCTTTCACCAGAAGATTCAATCAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000004273:ENSGALT00000006794:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0061714=RasGEF=FE(8.2=100)
A:
NA
C2:
PF0061714=RasGEF=FE(13.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]