MmuINT0131388 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026594 | Ralgps2
Description
Ral GEF with PH domain and SH3 binding motif 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1925505]
Coordinates
chr1:158818078-158830767:-
Coord C1 exon
chr1:158830717-158830767
Coord A exon
chr1:158818162-158830716
Coord C2 exon
chr1:158818078-158818161
Length
12555 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GATGTAAGT
5' ss Score
9.11
3' ss Seq
TTTCTGTTTTAATCTTCTAGGAA
3' ss Score
11.44
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTCAGATAACACTAATGGATGTTCCAGTGTTTAAAGCTATTCAGCCAGAT
Seq A exon
GTAAGTAGTTTTAAGAATATTCTTTGAATATAGAAGATAGTAAACCATAGTGTCTTAAGATGTTGAAGAAATTCAAATCATATTTTGTATTAATCATTAAATGTCTAAAGCTTGTAATGTCACTTAACCTATTCAGATGCCAGTCATCATAGTGCATTCTTTAGTCAAAAATGGGATGTTTGAATCACTTGGTTATGGAAGGAAGGAATAGACTTAAGGAAGTTTTTACCCATGGTGCGGAGACTGTTTAATGGGAAGGTGAAAATTAGACATAACTTACTAGTCTTTCCTTCTACCTTAATTTTTTTATAATATGACTTATTTTAGCTTATTTACCTTTTAAAAATTATCGGGTGTGCTCATGTGTTGTGAGTGGTGTGGATGCATGTGTAGAGGTCAGGGAACAACTTTCATGAGGTCGCTTCTCTCTCTACCCTCATGTGCCACTTGAACTCAGGGCTAGGATAGGTGGTCCCAATATTGACACTTTAGAGGAGGACCACAAAACACATTTTTCTCACGATAAAAATAGAGACTAATATGACATATCTACCTCCTCACTGTAAGTGCATGTGTGTGTGCGCTCAGGTACATTTATAGTTTATCATTTAAAGGCCTATGTATAATAATCTTGCTTCATTGATGAGCTAATAGTGACACCTATGCTTTATATACAGCTGTCTTAGTTGACTTTGCATTGCTATAACAAAATGCCTGATGCTGGGTAATTTATATAGAGGAGGTTTCTTTAGATACTAGTTCTCAGAGGCTGAAAGTTCAGAACCAGGAGGTATTATTTGTTGGACCTTGAGTCTGCCCCACAGTGTGGCAGGAAAGTAGAAAGGGAAATGGCATGTGCAGCAGAGCCAAGCATGGGTGTCTTTATGACAGCCACTCCTAGAGAGCCACCTCACTCTTGTGTGCGCCTGTGCTATAAGACTTTCCATAAGACTCGGAAAGCTTCCCTCATCTCCCTACATTAGAGACTCAGACAGCACATGTACCTTCAGAGATGCATTCAGGTCACAGCTAAACTATTATAAGAGCTCAGTATTGACAGTAGCCTTAGATTCGGGAAAGACAGGTTTTGCTCTTAGTAAGCAGCAAACTTGATCTTTGTCTCCCAAAGAAAGCCATTTGGTAATTCACGGTTGGGTCTTTGGGAATAGTGTGCATTATCTGTTGTGTTCTATGCGGTCTGTAGTGACCCTGACTGCTGTAATAGCTGAAGTCCAGCACATCTGAGTGTGAACAGGTCATGCTTGTGATTTTTCTTCCCCATGTAGGCTACTCATGGGTTAGTATCTCAAGTTTGCTGCCTATCAAGTGACAGGAGAGCTGGCCGAGTGACCTCCAAGCCCTGTCATTTCCAAAAGTTGTCCTTCTCTAACAATGCAGAGGGGTTAAAAAATAGTTATGGGTTAATAGGAGACAAAGAACTGTGTACTCTATAGATAATGGTAGACAGAGAATGTTGTATTTAAGTGATCAAAGCAAAACACCTTGGAGCATTCATTCCTGTTTTTCCTGAGAAGCCCGTCTGCCGCCTTGATTTCAACAGTCTTCTAAGAATCATTTTCCTTTAGAATAAAATATATTTGCTATTGCTCTTTCGTCTGACTCACATAAGCCATGGACAACTGGTCTCATTTATTTAACTGTATATTATGTAGTAGCCACATTAGACAGTATCAAGGAGTAGGTCAAATCAATGGGTGACTTATTTAACCTCCAGGAGCCAAAATATTTCAGCTTGTAATCAGGATAAAATTTTTATTGAGATATTTTATACTTTCCCCCACGCTAAGTTTTGTGAATTCCAGGTTTACCATTAGATGATGGTATTCTTTTACCTGGAGTAGCCCTCTTTCAGGTGCTGTGAAATGGATGACTTGGAGGTTGGACATGGTACACTAGATTGTTACTTGAAGACATAGACTTCCATTTTAAGAGGATTTTTTTTTTTTAATTTCCCTTGGGACACTGAACAATGCTTTGAACCTTCAAAGTTGATTCCCAGTCCCCCACGTTTTTGAGACAAGGTGTTAGGTAGCCCACACTAGCCTAGAACTCAGTATATGTAGCCAAAGACATAAGCCCGAGAGCTTCTGATAGTTCTTCCTCCACCTCCTAAGTGCTAGAATTTTAGGTGTGCACTACTGCACCCAGTTCTTGATAAATACCCAATTCTCTATCGTCAGCACCTCAATCCAAAGAAGCCATCTTCTCTCCACCAATCACGGCAGCACTCCCTCACTTGATCTGTGTGTACACTGTGCCCAAATACCCAACAGAACCAACTTCCTGGAGGAAAGATCTGGGCTTGTGGTCTGAGAGAGTCCATCCTGGTGGGGAAAGCATGGTGCAGCCGAGCAGTTATTACCTTGTAGGCCATAGAGCAGAGAAAAGAGGGAAGCTGGCACTCAGCTGGCCTCCCCTCATTCAGAGTGGGTCTTCCTTTTAGTTGTCATTGGAGAACCCTCACAGACACCTGGACACGTGCATCCACTCCCTTGGACAGTGCTGGTTACTGTTACAGGAGCTTCTGCTGTGACCCCTGCGGTCTGTCTTCTCAGGTAGCCATGGTAAGCAGAGTTGAAATGTGCTCACGTGGTCTCTGCTCACCACCTCAGTGGTCTCACTTGCTTTGAAGATCTGAAGCAGGATCTGAGTCGCTTCATTGTTTTGCCGCCTTCTTGCTTCTAAGCACATTTTCTACTGTTTTTGGTCTAGCAAAATGACCTCGTTTCAGTCCTTCATCCCTAACTCCCTCTTCCTCCTTGAGTTATCTGGTGGTGTTAGTTAGACTTCCTTGCTTTTCTACAGATTCCCGACATTTTACACGTGTTATCTGACAGAACTGTTTACGTTGTGATGCTGTCAGCATACCTTCAAGTGTCTGTTATGTGTTAGGCACTGCTTTAGTTGCTGGAGACCCAACAGTAAAACGTACACTGAAGTTTGTTCCCCAGATTGCTTGTTTGAGTGAAATGAGTTAGACAGTGTTACATGAACAATACAGAGGAGAGCATAGGGCACAAGGTGTAGTCGTCTTATGTGTTGATGTGATAATCAAGTCTTCACTGAGCAGCACTGTAAGGAGGTGAGACTGCGCACTGTTAGTGTGTTTGGGGAAATGTGTTCTGGTGAGGAACTGGTGAGCAAAGGCTAGTGGATGGCAACCCTGTAAGCTGGATGAAAGGGCTGTGCACGAGAGGACTGGAGTGAGGGCTGGGTGGGTGTGTTACCGTGGAGACTGTTACTCTGATGAAGGTGGTAAGCCTTTGGGGACATTGTTTGCTTTTAATTATGTGTGTGTTTATTAAGTGCCCTCTCCTGACTAACAAACAAGCCCACTCTCCATCCACAGTGGCTTTTTTATCTCTCTTCTTCCTTCACTTTCCACGGCCAATTGCTATGTGCTTTGATGCTGCTGTGAAATCTGCTGCTTCAGTACACGGTTCTAAATACATTCTTTCATTTGTTTATCTTTATTTTTAAAGTAGTGCTGGTTAGCAAACTCATGCCTTGCTCACACTGTGGTACTTCACCCTAGATGCTAAATACATTCCCTCCCCTCCCCTCTCCTCCCCTCCCTCGAAGTTTCCTATCTTCTGTCCCCCCTGCCCCCCCACCCCATATTTTCAAAGGTGAAAAGGTTTGTTTTATTTTAATTCAGTCATGGCAGCAAAGCATGGTAAAGTGGAGACATTTTTGTCAGGGTTGTCCAGAAAGCAGAGAAAGGGAAATGCCAGTACATTATAGTTTTTTTTATAGAAGATTTTTTTTGTTTTTATTTTATGTGTATGTTTTGCCTGCATATGTGTTTCTGCAGCACATGATATGCAGAGGATAGTGCTGGAACTCCTGGTACTTGAAGTCATAAACTATGTGGGTGCTAGAATCCTAGCCAAGGCCTCTGCAAGAGCTATAAATGCTCTTAACCACTTACCTGTCTCCCTAGTCCATTTCATTTCACATACACTTAGGATGACGAGTCAGAAGAGTTGTGGGTTTTGTTTTCTTTTGTTTTTTCAGCTTTGCTGTTCATAAATTGTGCCACTAATGTATTCATCTTTGCCTTTAAAAAGCTGGCTTAACCTGTGGGGAGTGGGGGCTAGTGATGGTGGTGATGGTGGTGGTGGAGGAGGAGGTGATAGTTCCTTGAAACTGCCAAGTCTTTCGAGTAAATCTCAGAAGTGGGTGATTTCAGAACCAGGGGTCAGTTATATGTAGATACAGCCATTGGGAGAGCTGCTGTCAAAGCTACAGCCGTCTTCAGAAGTGGTAACAGCAGAGGGGCCACCATGAGTCAGGTTCTTATGGATTGTAGATTTGTCACCCATACAATGGCAGGAAACTTTGTTTCACTTGTAGTGAATTGAAGCAGTGACTATTAATCACTTCCACCTTCTTAAACAATTTGTAGCCAGTTTTACAAGTCTATTCTTAGTGCTCCATGATTTCTAAAGGTGACATTCCTTCTGTGGACAGAGGCTGTTGTTTTGTTCCCCTCTGCTAGAATATTTTAGGTTTCTTCCCTAACACTGGATCTTCTAATACTGATTAAGGACGAAAAGTTAGCTGGGAGGCTTTGTACAGTCATTAATTTCTAATATTTCCAGCACCGAGCTCTTGTAGAAGTCTCTTGCATACACATGGTGCTGGTCGCTCTGACGTCTCTCTGGATCATGAAGAAAGTTGTTACACATCCATAGGGCCTCGTCTGCGTGCAGTATCTCACGCTGGAGCTCTGACTGATTCTAAAAGTTCTCCATTGCATTCATTACTCTTCTGTTGCTCTGATGAAATTCCATGACCAAGGCAGTATACAGAGGGAGTTTGTCTAGACTTATGGTTCCAGAGGAGTCTGTCACAGAGAGGGGAGCATAGCAGCGGGCGAGGTGTGGCTGGTGGAGTGGGAAGCTGAGGGCTCCTTGTCTTGAACTGCAGGCACAAAGCAGAGAGAGAGCAGGCTAACAAGCCTGTGAGGCTTTTAC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Seq C2 exon
GAACTTTCAAGTTGTGGATGGAATAAAAAAGAAAAATATAGTTCTGCACCAAATGCAGTTGCTTTCACAAGAAGATTTAATCAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026594-Ralgps2:NM_001159965:4
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0061714=RasGEF=FE(8.2=100)
A:
NA
C2:
PF0061714=RasGEF=FE(13.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: