BtaINT0122399 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000015539 | RAPGEF5
Description
Rap guanine nucleotide exchange factor (GEF) 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:16862]
Coordinates
chr4:31059778-31084684:-
Coord C1 exon
chr4:31084596-31084684
Coord A exon
chr4:31059854-31084595
Coord C2 exon
chr4:31059778-31059853
Length
24742 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGG
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
TGTTTGTCCTTTCTTTGCAGAGA
3' ss Score
11.22
Exon sequences
Seq C1 exon
ATACGTCGTCGTGTCCGGGACCCCGGAGAAGATCTTGGAGCATCTTTTGAATGACTTGCACCTGGAAGAAGTCCAGGACAAAGAAACAG
Seq A exon
GTAAGGCAGGGGGGTGTCTCCCGCTTCTTCCAGACTCACGGCTGCAGCGCCCTTATCAGTTTCCTGAGGGGCAAGGCTCCCTCCCTAACCAAAGCAGCAAAGCGCGGGTGGGGGGCGGGGGGGTGGGGTGGAGCGGGGCGGCTGAGCCGGCAGACCTTTGTGCGCCTCCCCCTTAGCCTCCTGCCGTTTTGTTTAAATCCAGTAAATGGACGCATGGAGATCCCAGCAGCCGCCTGGTAAGTGGCTGTACAAAGAAATGATAGGAAGGCACGTATTCTTGTTTTGCTGGCAATTTTTACCAAATCTCACCTAAAGGCAGTTGACAACAAGAGGCCAGCATCCAGTAGCCAGTGTTCAGTGGGAAGGATTACAAGGGAGATGGGGGTTACCGGCAAGCATTTACCTAGCCCGCCCGTGGGAAGCACTGAGCTGGCCGGAGGAGCCTCCCTGCCAAAATGTCAACAATTAATGCAACTATTCAGCAACTAGAAGCTTAGTGGCAACTTCTGCGTTTTTCCAAGTGTTTCACAAACTGCTCAAAGCAAGCCCTACTGTGCAGAATATGAGACTCACAGCTTCTCAGACTAGAAATAATTCACTGAAGTCTTCTTGGTCAGGTTCCTTGTCCTTCTATTTAATCCTCAGGCAAAATACCCGCTTAGCTTTTTCACCCTTGCACTACTGGAAATGCTATCCCTGCATGATCTGGCTAAACTTCCTTCATCACACAGGGCAGTGCTGGATTCTTTTAACCAGGATTTGTAATTTGTTTCAGCCTGGAGCAGTTATCCCAATGAATAGGCCTCTGACTTTAGCCTGAATTCTGTGACTTGATCCCCTGACTAAAATGCACTTTTTGCTGCCGCCATAGCACCTGTCGTGACCACGGTTTGCAATACATGGACTGCATCAATAAAAGGCATTTGGGGGTTGTGCTGGTACAATACTTTGTATCGATAACTCCTTAAGTTTCTCCCATTCAAGAAGGATTTTGAGAGGATAGCTCAGGTGAGAACAAGCATTTCCTTGGGTCCTAGCAGTTTTGTCTGAACTTAACAGATCTGTGCTGCATTATGAAGGACATTAAGAGGAACAAAGATATGTGAAATATGCAGTTGAGTTTTTTAAAAGTCAAAATGACTCCATCACTCATCCTACTGATAGTGTTATTGTTTGATCTCACAATTCAAATAAAAACTTTACTTTGCCTTATGTGTATTTGGGGAAAAAAATAGCAGTAGTCATTTATACACAGGCTAAAAGAAAAACGTATTCTTGTGGCATTTGCTGGGTGGTTTTTGCTCGTCTGTCTATTAATATTTGCACATTTGAGTAATGTTTGCAAGTTCTGCTTCATCAGAGGTGGTCATTATGGAACTGGCCATAATTTTCTGTGTACCGATTACCAGACTGCTTTACACAGGTGGTTTGGACTTGATTACAGACAGGTTATCTGCCATGAAGACACCTTTGAATATGGGTACCAGGTTGGGAGATTCAGTGGCTTGTTCTTAATAGCACTACAGTTCTATTCTGTAGCACAGGACTTCATGTCTAAGTTGTATAAATAAGAGTAGAGATTACTGAAGTCAATCCTGGGCCAGTTGGTTTCTTTTTTTCTTTTGTTCTCACTGTCATTTGTTTTTTGTGAGGGATGGCCTTCTTGTTGTTGTTTAGTCGCCCAGTCGTGTCCAACTCTTGCAACCCCATGGCCTGTAGCCTGCTAGGCTCTGCTGTCCATGGGATTTCCCAGGCAAGAACACTGGAGTGGGTTGCATTTCCTCCTGCGGGGCATCTTGCTGACGCAGGGATTGAACCTGTGTCTGCTCGATTGGCAGACAGATCCTTTATCACTGAGCCTCCAGGGAAGTCCTGGTGCCTACTAACAAGCTCCCATACTTAATACTGGGAATGAAAAATCACCCTGATCCCTCTTAGTAATGCCAGCGGTCGCCTCCTGTTGGGAAAGGGTGTTGTAGCTGGTGTGTCGTGACTGTTAGTCCCAGGTTGCTTTAGATTATACCAACACCGGGGTCTCACGTGTCACTCTTGCCAGGTGCTGAGCAAAGCAGAGAGGACCAGGACTCAGTGGGGGTGGCTTCAGTCCTGCTGGGCCAGCCTCTCCTCACTCCTACTCATTTCCTTAGCATTTGCAGGGGACGCAAACACATGTGTTGGCAGAGACACCTGAGGGGGAAAATGGTAATAATACTTCCTCTGATCAAAGGAGAGTTTTATGATAATGAAAAAATCAACTTTGGAGAGAGATGGATGTGTAATATCATAGGGACACCTAAGTAGAAGTCACACACAGTTCTTCCAAACTTCATGAACAGCACTTGGAGAAAATACAACAGAAAGACCCGTATGTGGCTTTTGTTGATAAAACTAAAAGAAATCTCATAAATATAAGATCAGTTTCATGTAAAAATGGAAGAAAAGTGATTATGAGTTTGTTCTAGTTTGAACACCAAATGAATCACTTATTTTAAAGTAGCTGAGGCCCCTTGTCACTGATAGAGGTGAATTTCAGTTCTTTATCTTGTTCAGGCTGGCAACCCTCATTATAAAAGGCCTATGTATTCAGGGGTCTAATAGAGTCTCGTAAACATATGGAAGACAGATGGAGGAAAATGAGAAGGGGCTGTAATAAAAGTATACAGCAGTGTTTTTATGTTCTTGAGCGCCCCTTTTAGGGAGCTGGAGCCATATGGAGCCGGGTGGAGCCATATGGTGGTGGTCCACATGGCCCCAATGGCAGTGAGGGAGAAAGGTACATGGGAGGAAATAAATGATTCGGGTTGGGATGAGCCTGATCTTGATTCTTACATTCCTGTACCTGCCAGAGGCTGGGGAAGTTAACCAAACAAGAGATGCAAGTTATTCCCCATCTCTTTGCCACAAAAGTCACTTCATTGTTAAAGTGTAGGTTCACGGCCCAGTAGAAGAGACTTATACTCAGAAAGGAAAGTTCAAGCGATTGCTAGTTGATGTTAAGATGCAAGCAGGAAAAAAAGTTTACTTAATTGAGTGGAATAGAAATATGAGATAATGTATTTTTGTTATTACCTGAATTAAGAATAGAATAGAAAACAACAATTCATACAGTATTCTATCACCATATCAAACTGAGTTTTAAAAGCAAAAAAGATTGGAGATGCTTACAAGCAACCTACTAATGATTTTCCTAAATGATTTGACCCACATGACACTATGCTTATTTTCATATCATAATCTTCTGCGTGCCTACCTTTCCCCTCTGGTAGTACCTGGCACAAAAACCCATCCTTTGATTATCTCTGGAATGAATGAATGCATAATCCTTCCTTGTTTAAAATTGAAAAACTATTTGAGTCTGGTAACTGGATATCTGTTGGTGAACATGCAAAGACTGAAGCTGTTTGCAAAGATTTCCTTTTCTTTCAAGGTTCAGGTTCTGACTTGAAGGATTTGGAATGTTAGAGGAAAATCAAGCAGCTCTGTCTTCCATCTTCCCAGAAATAGGACAGATATCACTGGGCATTCCTAGCCCAGGAGACTTACACGGAAGGCAAGAAGCAAGAAAACCAGTTTGTTGTGTGTGGAGGAGCTGGGGGGATGGAGGTCTAAGTCTGTACCACTGCCCTGGTCCGCAGTGGTGGCTGCTCCTGTTTAAGCCCTTCCCCTCCCTGGAAAGGATGCAAGATGCTTCTGTTAGGAATAACGATTTCTGTTTCAAAGTGGGGCAGATGGGGGCGACACACTGTGTATCCTATGGATTACACAGAGAAAATCCTTCTTACTGATTTTTTTTCCTACATCTGCATTATGATGAGTCTACTTTAGGGGAAACATGAGCAAAGGACATTATTTGCTGCCCTGTTTCTTCTGTGTCTTGGGTTTTTTTTCATCTTTTCAAAGCAAATATGCTTGTGATAACAGGTTTTCAAGAAAAACAGAGACTAGGATAGTGGAAACAGGTAAAGCCTATCAGCCAATGCTTACTAGGCTTGACCTGCTTTCTTTCAGGTATGGCTGTTCTTACTTCATGAGGTTGCCTTCAGGATATCGTGGACTCGGTGTGTGTTGACCACAGTGTAGTCTGTGCGAGTGGGTGTACTTTCAGTGGCATCTACAAGGCTCCTTACATCATGGAGAAAGTGAGTCCCTTACCTGTGTAGCGAGGCCACCACCTCTGTGAAAGTTAATACCTGGGTTATGTCATAGAAGCGTCTCACTTAATTGATGGGGTGCCACAGCTGCTCTCCATCTCCAGCTTAGTAGTGTTTTTGGAGCACTGCATTGATGGGACCTTGAGTGGAACTAGAACAGCATGACAGTTTTTCACTGACTTTTTTACCTTCTTCCCCCTGCCAACAGCAAACCTGTCCTGAATACATGATACATACTTCTTTTGAAGGAAAATTAAGAATGCCTTTTTTCCTGATCATTGGAAATACAGAAGACAATTTAGGTGAACTTCTTCCTTAATTTCCTTATCTTTTAGGATTTCTGAAAAGCTGTTGGGTCCTCTTCCAGGCTTTCTTTTGCAAGTGACAAGATCTTTTTAAGCCTGTGCCCGCATGGCTGTGGAGGACTAGAACTTTTGGGGGCTGGCATAGAGCTTTTAGATGGTTGGGAGGCTCCCCATGGTTTTATGCAGTTAACATGCATGTAACATTATCTTGGATTTGTCTTTTTATTTTTGTGGTACCATGTGACACGTCATAGACCAGTCATAGATCTTATCTGTGTCTGCATCATTGGCTGCACACGGGGCATTTTTCAAAATACCAGTATCTGAGTCCCACCCCAGAGATGCTGATTCAGTTGACCTGAGTTGAGACCTAGGCCTTACGGTCTTTGAAAGCTCCGCAGGTGATGCTGTGCGTAGGCAGGTCTGAGAGCCACAGAGCTAGCATGATGACTGTGTCTCCCCACTTTCTTCAAAGACAAATTCCAAGCGTCAAATAGTTATGCATTTGCCCCTGGAAGCTAGGGGGGAGTCATTTCCACTTTGC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Seq C2 exon
AGACTCTCCTTGATGACTTCCTTCTCACGTACACAGTCTTCATGACAACTGACGACTTGTGCCAGGCGCTGTTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000015539:ENSBTAT00000033832:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0061815=RasGEF_N=PU(25.5=90.3)
A:
NA
C2:
PF0061815=RasGEF_N=FE(22.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]