GgaINT0091855 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000010910 | RAPGEF5
Description
NA
Coordinates
chr2:30690573-30716319:-
Coord C1 exon
chr2:30716231-30716319
Coord A exon
chr2:30690649-30716230
Coord C2 exon
chr2:30690573-30690648
Length
25582 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTAAGA
5' ss Score
9.84
3' ss Seq
TTTTTTGTATTTCTCTGCAGAAA
3' ss Score
11.8
Exon sequences
Seq C1 exon
GTACGTGGTGGTGTCGGGGACGCCGGAGAAGATTTTAGAGCATCTCCTGAGCGACCTGCACCTGGAAGCCGCGCAGGACAAAGAGACGG
Seq A exon
GTAAGAAGCGCGCCCGGCAGCGGGGTCCCGGGAGGCCGGGAGGGGGCGGGGGGCGATGCGGGTACACCGACTGGAAGCCGGCCGCTTCCCGGCGCTGGCACCGGGCGAGCGAAAAGAGAGCGTGCGGCGATCGGTGCACGCGGCCTCGGGGCGCAGGCAGCCGGGAGGCAACTTCGTGCGGAGCGGAGCGGGTGCCGTCACCGGGCCTGCAGCCCCCGTCTCAGCCCGGCACTCGGCTTCAGCCTCCGGGCTGCCGCTCGGTTTGCCACCACTTCGGCACGTTCTTTAAGTGCGGCTTATAAATTTCCTCCTAACGCTGTAGAGCTGATGCTGTACTTATGCGTCTTCAACCAGACGTTGCAATTTGTTTCAGCCCGGAGCAATGATTATATTGATCGGGCTACTTGACATGCAGTTTAATTTTCAGTGGGATCTCCTGGCTCCATGCATGGCTCGCTGTCACCGGAGCTCCTGTGGTAGTTCGTTAGGAGCTCCATTCCCATAGAGCTTAATGAAAGCGGAGGGGCTGCTGAGCGCTCCCCGCGTCCCACATCCCAAGGAGCCGAGAGAGGCACTGACTGTGCAGTGGAGCCCGGTGTTCCATCGCTCCTCAACAGGGTTCACGTGCACGCTCCTGGTGCCTGCATATGTCTCTCTCTACAAATGAGATTACTGAGAATAAGCACACTTTAATCCTTTTAAGTGACTGCAAATATAAATAACATCTGTGATTCCCAGAGGAGTGCCGGGATTGGGTTCTTGGAACAAGTCATTAGTTTAATGTGGGACAATGGGCATCTTCCTAGCGAAGATGCATGAATGCCCCGAAGAAATACATAGAGTGTCTGGTAGCGACATTACGATGGTATTCGTGGTGCTGCTTTTGTCTGCCTAGACATTAATATTTAGTGCAGAGGGAGGCTGCGATTGCTTCGCTTCTGTGCATGCCGTCAGCCTGGTTCTATAGGCAGTGTGGGGAGGGTCCTTAGCTGGCCCTTAAGATCAAATGTTAGATCCAGAATAAGTTTCCCCATGAATGTTTATTGCCCACAGACTGAGGGACGTCAGCGACCCACCGTTATAGACTGCCTCAGCTATTTTTTATGAGCTCATAATCTTGCTGGAAAACAGTGAGACTTTCACTAGTGTTACGCATTGTATTTCAGTGTTTTTAAGTACAAAGAACTCCTTGCACAAAGCATTAGGTGCTGAATACAGCCTCACGTGTATTACCTTATCTTTTTTTTCCCCTTTTTCTCTCTTCCTCCTGTCAGCAGGAGGCAGTTCGTAAGCCTGTTCTTATTGTTACAGAGAGGGGCTGGTAAACTGCCCTCAAAACCAGTGCTAAAGCCACTGTTTGACTAGTTTTTAGCAGATGGCAAAGTATTTAAAGGTAGATTGGATTCTCCTCACCTCATCTTGCCTTACTGCATCTCCTCTGAGAAAGAAACAATCTGCTCTGCTTTGTGGCCGGGGCTCACTGGGTCCCAGGGCTCAAACAAAGTAGCTGTGGTTGCAGTTTTTTGCCAGCACAGAGGTGTGGTAAACCTTGCCCAGTGGCCCTCCGCTTTCTTCTGTAGTTTCATCATGCACCGTTTCTGTCTGACTTTATCAACCTGGCAACATAGAACTTCTCCAAAATAAAACAATTCTGGAGTTATGTTTCCCAGTGTTTGTGTGGCAGATGCCCCTGTAATGCTTTTCATCAGTCTGTTTTGCAGGCTGAATAGTTACAGAGTTATAGGATATCGGCTGTGCAGTGCGTGTGTCTTTCTCTGTGTACCTGGAGGCATCCTTCTGCTGTTAGTCTGCTTGCATTTGCTGTTCTTTGTGGGTGATTCTTGTAGCTCATTCTGGCCCATCACAGAGGATGGTGGAGTTGCGAGGCCCCGCAGGTTTGTGTCTTTGCAGACGTAGCTTAGTGGAACAGAAAATGATGATGATGAACCCAGCTGCTGCTGCTCCTGCTGCTGATTTTCCAGGTCCGGGATGATTTCCTCAGCCTCCTGTTTTCCCTGCAGCCCCCACCTGGTTTGCTTATTTGAAACATATAGAATTTTGGAAAGAGTAGTTGTTAAACATCCTTGCGCGCAGGGGCTGCTGTTCTGTTTGATCCTTGGCATGGATTCACAGAAAGAGACATTTCACATGTTTTCATTCTCTCCTCTTCTGTAACACATCATAACTGCAGCCCTCAGTGGTCATTACAGAGAACATCTGCGTTCTTTTGGGGCTAGAGTGGCCATAGGATACCACTTCCTAACCACTGACATGGCCGAATGGTGTCAGTACATCCAGCCATTCTCTACTCTCTAGGCCCAGCCAGAAGATACTGTTTGTAGCTCTGAGAATAAAGGAAGGCCCTGGGGCTCCTCAGTAAGTCAGCTAGTGCCCAGCCCAGGCCTCACATCACTCTGCGTTTGCTGCTAATCCCATAGTAAGATACCTGAAGCACTCTGCTCTCATAGCGTCTGCTATGATAGAGTGGGACTCTTTAAGCTGCCATACTTAATAACCGTTTAATGACAGGAGTTTTTGGTAATAACTTTATTAGTAATACATGTGAGCTCTTGTGGCAGCACTGTAAATGGGGACTTGCCACTAACAATCCTACAGCCTTCCATCTCCAAAGGGAGTTTTCTTCTTGTTGAGTTGCTGTGGCCTGTCACATACCACCTCCCGGGAAAACCATTCCTTATGTTTCCTGCTGTGAGATGGTTGGGAATTCTTCCATTTCTATTACAATCAACTTTTTTGAATAATCTCTATGACTGTTGGAGTCACTGGGGTGCCTGCTGCTTGCACAGTTTAAAAATTGAACAGTGAGGCCCCTGAAATAAGTCAATAACCAGGCAGAAAATGCTAGGCATGCCTCCTGGCTAATCCTCATTGAGGATCAGGATTTGAATGAGTAATCTCCAAGAGGCCAAATCTTAGCGTCTCAGGATCTCAAAAGCCATCCCACTGACTACAGTATTTCTTTCAGAGAAGTTTTTTTCTTCTTCAGAAGCTTTTCTAACCTGGATGTGAGCAACATTTCCTTCCTTGGATGCTATTTTTGGTCTGGTCTTTGAGTATCCTCTGGCTGATTGCTGTTCGCATTGCAGTGACAGCATTCAATGTTTGACCACTTCTGCAATGACACAATGGTCATCTCACCCACAGGCTGCCAGAGAAATTAGGATGGCAGATCATCCTCGTGGGTCCCTTCCAACTTAGGATATTCCATGATTCTGTGATGAATGTTTGGATAAGGATTGATGGGACAGAAAAAGAGGATGAGGTCTCAAGACCAGGCTAAAATAGATGTGTAAAGGTGTAGATATTGTCTGCATATCTTTGAAACTGGAAAATAAAGGACTGGCAACATTTGTTCCATGCTGTGTCATCGTATCTGGGACTGGGAATGAATGGTCCTGGGATTAGTGGGAATTCTCCCCTCATACACGCAGGTAGTTTTAGCTTTTGGATCGTACCCTTGCATCAGGGAGGGAGGTGCCCTCAGACCATGTCTATTTGTACTGTAAGTGCTACTTAAGTAGAGGTTACTTTTGTTTAATTCCTTCTCTTTCTGCACTTGCACCAAAGACAGGGCTTTGGTGTGAGGTGGTGGCGCCCACTGGGAAGCTGTGTGTGACCTGTGAGAGGAGAGCGGTGCTGTCCTGTGTGAGCAGATGCAGTCAGACAGCTGCTGAATGGTGCTGCTGGAAAAGGGTATACCTCTGCCTCTCCCAGGCATTGCATTTTGTTTAATAATCCAAGAAAGAAAAGAAAAGAGATCTGATTGCTTTCTGATGTTGTTTCTTTGTTGTAAAGAATGCTGTTAGGACTCTTGCTCACTGTGCCTTGTTCCTGATGAGTAAAACGTGTTAAAAACATGCTCTGGTGATGGCCACAAAGTCAACATGATTATGTCTGATTCATAGAGACCGATGTCAAGGGGAGCAAATATTTACCTAACACTTTGTGATCCTATTTTCCAGCCTTTAGGGTGGAGAGAGTAAATACTCGCTAGTCCTACCTCCTACTGCTTGTCCATGCTGAAATGCTTTCTGTCATTCTGATCAACATCATAAACTCTTCCCCAAAGTCCTGGGAAAAGTTAGTGAACTGAGTAGACTAAGTTAGCATGGCATGTTACTGCCATGCCCCATGCAAAGGAATAAGGCTTTAGCGGGGTTAGCACGCATGGAGCAACGCTGATGTGACAACAGCAGAGAAGCTAAAATAATCATTTGTCTCAGTGCTCAGTGTGCAGGAACGTGGGGAGGTTTTTGCACAGGTCTGTTTCTTCATGCACAATGAGTCTAAGCTTTCTCATATTGAAGTGTCAGTAGAAGTAGGTTTAGAATAAATCAATAAAATGAATAGTTACAAATCACCGGGATCAGATGTTACTCCCCAAAGACTTCTAAAGGAACTGAGATATGAAATTGCTGAACTCCTAACAGTGCCGTATAATCTATCATATAAATCAGCTTCCGTGGTAGAGGAAGGTGGAAAATGTGATGCCAATTAAAAGAAATGGTTCTATTTGGGGAGCATCTAGGCAGTAAGGTTGTCATTTTACTGATGCATTATTCCAGCCTAAGCTGGTGCTGTGGTCGAAGGTGGCTGCTCAGCCTCCCCCAGCCCATTACTGTGGTTGCACTGGTCCTGCTGTGCCAGTCCAGACTGCTGTGTCATTCTGTGCTCACTCTGAGCAGGGAGCTGGTCTTGCTTGGCACTGGCCCAAGAAATACTAAATTGTTGTTAGTGTTAAGACTGATCAGTTTACTGACACACAAACTTTGCCCCTGTCGCAAGGGAGATGGTAGCACAGAGTGGGAAATGGGCAGACAGCAGGACAGAGGGACCAGTCCCTCCAGCGGCTGTGATTGCTCACAGGGGCTGGAACAGCGTGCAAAACTGCATCCTCAAATTATGACTTTGTGCTGGGAGATTCATAGCATTGCACTAAAAGCAGTAGGAAGAAAGGCATGCAGGAATATAGTACCAAG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Seq C2 exon
AAACTCTCCTGGATGACTTCCTTCTCACATACACAGTCTTCATGACAACAGATGACTTGTGCCAGGCACTTCTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000010910:ENSGALT00000017745:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0061815=RasGEF_N=PU(26.7=90.3)
A:
NA
C2:
PF0061815=RasGEF_N=FE(23.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]