HsaINT0137418 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000136237 | RAPGEF5
Description
Rap guanine nucleotide exchange factor 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:16862]
Coordinates
chr7:22167070-22193909:-
Coord C1 exon
chr7:22193367-22193909
Coord A exon
chr7:22167149-22193366
Coord C2 exon
chr7:22167070-22167148
Length
26218 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGG
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
TGTTTTTTTTTTCTTTGCAGAGA
3' ss Score
11.73
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AGACCCTCCTGGATGACTTCCTTCTCACGTACACTGTCTTCATGACAACTGATGACTTGTGCCAGGCTCTGTTAAGGCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000136237:ENST00000401957:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.153 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0061815=RasGEF_N=PU(25.5=90.3)
A:
NA
C2:
PF0061815=RasGEF_N=PD(46.3=92.6)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development