RnoINT0124280 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000005271 | Rapgef5
Description
Rap guanine nucleotide exchange factor 5 [Source:RGD Symbol;Acc:1561668]
Coordinates
chr6:145546595-145572400:+
Coord C1 exon
chr6:145546595-145546970
Coord A exon
chr6:145546971-145572321
Coord C2 exon
chr6:145572322-145572400
Length
25351 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGC
5' ss Score
9.88
3' ss Seq
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3' ss Score
12.26
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AAACACTCCTTGATGACTTCCTCCTCACGTATACGGTATTCATGACAACCGATGACTTGTGCCAGGCGCTGTTAAGACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000005271:ENSRNOT00000007112:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.143 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0061815=RasGEF_N=PU(25.5=28.6)
A:
NA
C2:
PF0061815=RasGEF_N=FE(23.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]