BtaINT0123476 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000044062 | RBMS3
Description
RNA binding motif, single stranded interacting protein 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13427]
Coordinates
chr22:4576987-4623712:+
Coord C1 exon
chr22:4576987-4577037
Coord A exon
chr22:4577038-4623601
Coord C2 exon
chr22:4623602-4623712
Length
46564 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTAAGT
5' ss Score
9.49
3' ss Seq
GACGCTGTGTGTGCTTGTAGGGT
3' ss Score
8.37
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCCAGAGCACTTCATGGATGCCTCATCCGCCATACGTTATGCAACCAACA
Seq A exon
GTAAGTGTTCTCAGTCACCTGAGGCTCGATGTTTCTATTATCTGAGTGCAAGCTTTTGTAACATGTAGAAGCTCTGGGGTAAAGCTTTTGTTCTATTCCATGCCTTTTCCTGGCAGCCTTATTTTCCAGATACAAAGCTGTTCCTGAAATTCTACAAAAGCGTGTACAACAGACAGAGATAGTGACAGTGATGGAGAGAAAGAGAGTTGAGAGAGGAAGAGGGAGGGAGGGAGAGAATCAACTTGATTGGAGGAAATAGCAATCAACCTCTCACGCTGATGTCTGCCATTTGTCATGAAGAGGGAAGGTCTACAGGTAGTACTGAGTGCCCTGGACGGTTAAATCCATTATCGGAGGAAAGCTTTTCTGTTGTCCTTCTCTTTCTGTTATGCTTTCTTTTCTTTGGATGCTTTGCGAATCATGGCTCAGTGTTGACTCAAAGCATCATATTTGAAATAGGAAGATATTCATCGACTAATAGGTGTGGCTAGATAATAGATAGTAAGGTTGGTAGATGACTTTTATGTTAACCAAAAGGGTCATTCTCTTCTTTAGTGGAAAGTTTCTTCCCCAAATATTCAATCTATGTTCTACTAGCTAGCTGTTCCCATTTTGTGGTACAATATGACATAAGTCCCCAAGGAAAAGTATTATATATTCCATTAGAATACAGGCTGAAGGCTAGTGATTCTATGTATCTTTGTCAAGTTCTTGCATGTTTTCTAGCTCTTGGAAAGAAGAGGACAGGAAGATTTCTAGAACGATACACTCATGAGAGTTGGGAGAAGGGGAAAGGTCCCCAGTGGGAAGTTGTGTGACAGGATCTCTGGTGTCCTCTCCTGGGTCTGTCCAAATCTGTAACTTTGTTTCCTCTTCTGCCACTATACTTAACATGGCTTTGGGGAGGATCAAAGCCGAGAGAATATATGAAAACAATGTTTAAAGTATGACATGTTACACCTGATTATGGTCATTAATCCTCATTAGTGAATGTATCAGTCGTACAAAGAAGAAGCAATGCTACATTTTAACTCTTTTCAAAGCTAAATATAAATAAAGTCATGCATATCAAAAACAGGGAGTTACATACACAGGCATCCATTTCCTGGACTCAAAGGATCGTAGCACCTGGCTTTCATAATTGAGCTTTGTCCAGTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGGAGCATTCCACGTTGCTCCTAGTGTTTTGATAATTTGCTTTGTATTTGAAAAATAAAGTATATGTAGCTTCTGACAACAGAACTTTAGACCCTATTTTGCAAGTGTCCCTGTTTACTCTTATTTGCCTACCTTGGGGGCTTTGTGAGTTCATCTGGTCTGTGTTGTGGAAATCACACTGAACAGGCAAGGAATCCAGGCTGTTCTTTTCTGTCCAAGTCATCAGGTAGAATCCAGTAGAAGCTGCCAGACCAACATATAGCACAGACTAGGCCAACACAGGAAGAGGAAAGAAGCCTTGCCAAGTTCTAAAGAGACTTTCTAGAAGGAAGCAACTACCTTCTAAGGAAATAATGTGTGTGTGTTTAGGGAGTGCAGGGGCTAACTTGGTCTTCATGCTGAGGTCAAGCATCATCTCATTGCAACCTCAAGGAAAGCACATCTGGCAAAATCTGAATTTTTTTTCAGATACCAAAGGTGTATGATTCTACAATACTTGCAAAGCTGTGAGGAGAAGGGAAGACATTTGTGTTTTATTTCAACTGTCATTCAGGACCCTAGCAAAGTGTTTCATGAGCACCTCCTCCTCCCTTCCCCAGCTTCCAGCTTCACCCATTTGGGGATGTATTATTTCTAGTATCCTTCTCCCTAGCAATAGTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTCCTTTGTCCCTATGAGATCTTCTTGCCATGGCTGCTGCTCCCTAATACCCCTTCCCCGATTAGACTCTGCATGATGTTTGAGCTTAGGTCACCCTGTCTAAGACCGCAGTCCCCAACCTTTTGGCACCAAGGACTGGTTTTGTGGAAGATAATCTTTCCACGAACCAGTGGGGCAGGGGATGGTTTCAGGATGATTCAAGGGCATTGCATTTACTGTGCAATTTATTTCTATTATTATTACATCAATTCCATCTCAGATCATCAGGCATTATGATCCTGGAGGTTCGGGACTCCTGGTTTAAGAGGTAGCACTTACTTGTGCCAGGGACAGATTTCCTGGGAACAGGAGTGGCCGGGCCACCCACCACTTTGTTGTTTTTAACTTGGAAACACTGGCTAAACAGCATTTTGGAAACACATTACTTGTACCATCCGTTGTTTCCTTATGACAGTTTTCTTGGTAGTTTTATTGTATGAAGAACCTTGATGCAACTGCTCTTGGTTTTATTATCAGAGTGGGGTTTAATGTTTTAATGTTACTCTGTAACATTAAAACATAAAAATACATAGGTGATGATCTAGGGCAAAGAAATAAAATCACCTGGATGTGAAGAGAAGGAATGAGTGACTTGGTGATTAATAGCATGGATTCTTAGTTAGGCTCTTTGGGAGACAAAATCCTTTCTGATCTAGGACTTTAGGCAGTTAAACTTCCCTACACACAGTTTTCTCGTCTGTAATATGGACACAATCACGACTAAATTATTATGCTTTCAGTTCATTAAATTAAGTAATGCTTTAAAGCTCTTAAAATAGCACCCAAGAAATATCAAACACTCAATAAATTACTGTTATCATGACTCAGTTATATGAGTACTGCTGCTGCTGCTGCTAAGTCGCTTCAGTCTTGTCCGACTCTGTGTGACCCCATAGACGGCAGCCCACCAGGTTCCCCCGCCCCTGGGATTCTCCAGGCAAGAACACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAATGCACGAAAGTGAAAGTGAAGTCGCTCAGTCGTGTCCGACTCTAGTGACCCCATGGACTGCAGCCTACCAGGCTCCTCCGTCCATGGGATTTTCTAGGCAAAAGTACTGGAGTGGGGTGCCATTGCCTTCTCCGAGTTATATGAGTAGATGACTGCAAATTCTGCTTTAGATTAGGCCAATTATGTAAAATGAGTGTTGGTACAGGAAGAACTGGAGAAAAAGCAATCATCAGCCATGTCTACCACATTTATCCTGCTCACTTTGCACACTTTACTAATGAGTTTGGTGGAGGTAGCCTCTGTGGCTATAAATAAGATGAATCACTTAGATTGGTGCTTCTCTGATTTACTTGCTAAATCTTTCAACACCTATAATAAAAATAAATACAAGTAATGAAAATAAGAATTAAAGGCCTACTGGGCTACCTCTTGTGTGGCAGTCACTGGAACCTACTTTACAAATAAATTCAAGGTGTGAGTAGCTACACATCTCCCGTAGGTTGCCCGTAATAATGATTGGTTTACAACTTTTCTCTTTTCTCATGTCTTCTCCTCCATGATTTTGAGAAACTCTCACAGATAAGGTCTCTGTACATAGAGTAGAGACATGCTTCCCCCATCGTGATGAAGCTCACAGACCCCTACACTGTAGCCAGAGTCCTGCAGGTTCTTTGTAGGCTTGACTCGCCGGCCCCAAGGCCTCAGCCAGGCTTGTATCTGAAGCCGGCGCTTCGGTCAAGTCTTAACACAGAGCACAGTGCTTCTGGTCTTTTCCTACCTGGGAGGGGTAATGATCTATAAGGGAGACGTGAATTGATGGAAAGAAGGGATGAGAGACCAGCAGAAATCCTGAGTATAAAGCTACAGCTGGCTTAGGCTTTCTTCTTCAGAGACTGACATTTCTGAGTTGTGTGCAGTGTACCCTTTTCGTAACTTTAGAAGAAAGACTGAGAAACTTTTCACTTTTAAGGAAAAGGGACTAAAAGTTTCCTCACCTGGATCCTCTCTCGTACTGGTGTTTCTGCAAGGAAACACATTCTCTGTCTGTCTGTTGGACTCTGGGACTTGATCGGGTCAAATCCTGTGGATGACAGTGAGAGCATTTTTATTTGCACTTTATTTTTTGTTCACTGAAAGAGAACACTACGAGACGAAATCAGGAATGCACTCTTTGCTGACATTGCCGATGCCATCAGGCACGTGTTGCTGATTGCCACTGCAAGGTTTCTTTCCTAAACTCTGAAATTTCACCATGACGCTGGCAGGATTTTAATAGGTGATGGATTGAACTAGATATCTGCTTTGCTTGGCAGCTTGTCACACTGGAATCTTCTATGAATGCACAATTGAAATCCCCATGTTGGGATACGTCGGGTATTTTGTTAAATCTGTGCTGACAGGGAGAAAAGATGATAGCTCCCAAGAAGAAGCAGAGTTCAGTTCTCTTAAATTCTATTTAGGCTTGTGTGAATCATAAATCTTCTGTTTTTCATGTGTTTAGCATTATTTATTCTCAAGGATAAAGGTCAGTTTTCATTTTTACCTAATTACAAACAGGATATCTAACTACTGGGTTTCCCTGATCGCTCAGACAGTAAAGAATCCACCTTGCAGTGCAGGAGACCCAGGTTCAATCCCTGGATTGGGAAGATCTCCTGGAGAAGCAAAGGATACCCACTCCAGTATTCTTGCCTGGAGAATCCCATGGACAGAGGAAGCTGGAGGGCTACAGTCCATGGGGTTGCAAAGAGTCATACATGACTGAATGACTAAATTAATACTATACTATCTAACTACAGGATTCTAAGAAATGCAAGATGCTTTTATGGAACCGCTGCGTGATTTGTTGCTATACATGGCTAAATTATAACACTTTTGATGAATAAACCTTACATTTACAGCTAACGTGTCAATATAAACTTTCCCTTTAGAACAACAACAACAAAAAGTTCAAGAAAGTGCCAAGATTTCATTGGTAATTGGTGATTAGGTAAGGCTTAATTTTAAGGGCCGTGTCCTCCAAACTTGCAGACACATTTCCCCTCAAAGCACATCATCAAGTTTGGAAAGGACATTGAAATCATTAGAATTCTGTTCAGAATGCAGTGT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Seq C2 exon
GGTGCTGTGATTACGCCAGCGATGGACCATCCCATGTCAATGCAGCCAGCAAGCATGATGGGCCCCCTGACACAGCAGATGAACCACCTTTCGCTGGGCACCACGGGAACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000044062:ENSBTAT00000061510:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.059 A=NA C2=0.811
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]