MmuINT0132957 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000039607 | Rbms3
Description
RNA binding motif, single stranded interacting protein [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2444477]
Coordinates
chr9:116636369-116678697:-
Coord C1 exon
chr9:116678647-116678697
Coord A exon
chr9:116636480-116678646
Coord C2 exon
chr9:116636369-116636479
Length
42167 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTAAGT
5' ss Score
9.49
3' ss Seq
GACATTGTATGTGCTTTTAGGGT
3' ss Score
8.99
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCCAGAGCACGTCATGGACGCCACACCTGCCATACATTATGCAACCAACA
Seq A exon
GTAAGTGTTCTCAGTCACCTGAGGCTCAATGTTTCTATTCTCCAAGGGCAAGCTTTCGGGATGCAGAGCGGCTCTGGGGTGGAACTTTGCTCATAGACCAGAACTCTTTCAGACGGACACTTCCCTCCAGAAGCAGAGAGGCCACTGGAAAAGGCACAGAAGCACATACCACAGGCAGCTAGAGATAGGCGTAGACACAGAGGCAGGAACAGATTTATGTGCAAGAGGACTCCCACTTCAGAAAGAAACTCCTAACTCTTTACAGTTAAACCTGACTTATGAACTCAGTGAAATGCATTTGGAAAACCTACTGAGGAAAGAGGACGCATGGGTAGATTCCATGTTAAAGACCATTTGCCATTCTATTCTTTACTGAAAAAAAAAATGTCTTCCAAAACATTCCAAGTACTTCCTACTTGCTGGATTTCCCAGCTGTAGTTCCTTTCCTTGGGCTCCAGTGAAAAGAGGGGTATGTTACAGAAGAACCTAGACTGTAGCTTAGGATCCTTTTGATCTTTCTTTTATTGTGCAGTTTTTATAGCTCTATAGGAGAAGAAAGGAGGGGGAGGGAGTCACACACACACACACACAGATGTGACAGAAAGAGAGAGAATATTTCAACAGCACCACGTCACTTGAGTTTGAGAGCAAGGTCAGAGCCCTAGTCAGGGTGTTGTGTTTTGTGACAGGTACCCTGGCTTCCCTTTTGACTACGTAATAGTATTTTGTCAGGGGCAGAAGCTGTAAGTGACAGAAAAATGTAAAAATGGCCATCATGAACATTATCTTCATTAAAGAATTTTAATCCTTTCAGATAGCTCACTTATACAAAATAGACATAGTGAAGGGCAGGGGATTAAATGTGTATACACACACACACACACACACACAAGCAAATTTACTAGACTCAAAAGATCAGAGAACACAGTTTTCAAATTGACAAGTTGCCTCTTTCATGTTTTAAGAAAAAAAGGTTCCATATTTCCTCTAACATTTCAATAATTATCTCTTTATTTCTTTTTATATATACTACAGTGCACGCACACACACACATGGATGCATGTGTGTGTGTGTGTGTCCCTCTAGTCCCTCTAGTTTCCCTTATTTATACATCTTAGGGCCTTTCTAAGTTCATCGTGCCTTTGTTCTATAAATTATACCAATATGTCCAACACAGAGCAAAAATCTAGGCTCACTGTTCAAGTCATGAGATAAGACTCAGAATGTACTGCCAAAGCCATATATAGCCGAGTACAGACAGGGGCAGCATGGGGAGAGCACAGAATGCTTGGCCAGCTCGAGAGAGGAGACTGTCCAGCAGGAACCAATAGACTTCTAAAAAAAAGGTGCTCATCTCTGGAGTAATGATGCTCATAGCCTCTCTCTGAGGCAAGCACCATTGCCTTATGGCCAGAAGGAATGCACATCTGGAAAACTTCGAATATTTTTCCAGATGTCAAGCATGAATGAATCCCAGTTCTTTTTAAACTGTTAAAAGAGGGAGGTAAAAGAAAGAGGGGAAGAGAAATAGAGGGGGGAGAGAAAGAGAAAGAGGGAGAGAGAAATTGAATAGAACTTTATTTCAGCAGGAACTTGGAACCACACCCACAGCATTCTGATTCCTCCTCCTCTGTCCCAGCAGATATTCATCTCTATCTTAATGTGCATTTATAGCATGTCTTTCTTCATCAAACAGTAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCATGTGTATGTGTGTTAATGTGTCTTTGGATTTTGCAAGCTGTGGCTTCTGGTCAAGGAGAACACATCACTTCCCACCAGTGAGCTATGCATTGTGGCTGGGCTTGGTTTCTAAGGCTAACATGTGAGGTCTATTGCTCCAGTGGTTTCCTGGACTGCCTCGGCCACCCACCACTTTGTTTTCTGAAAATGAGCTAAACAGTGTCATGGCAACACAGAGTTTGTGCCATCTGTCTTCCCCTAACATGCTTTCTGGTTGTCTATACTGTATAAAGAACATAACCAGCTGGCCTGAGGCCTTTTCCAGGGTCAAAGTTAAACTGGTCTCTCTCCATGATACTAAAGTATAAATATAGTTTAGCTATGTCAGGCCAAAAATAAGACTAACTGGAGTTGGCAAGTCAGAACAAGTCGATGACAGTTGTGTTAATTCTTGGCTGGGATGGTTGTGCTTGAAAATGTTTCTAGCTTGTAGGGTGTTGTTGTACAGCAGATTAAACTTCCCTTGTCCTTACATGATCATAGTAATATCTAAATAATTATGGATTTCGTTCATTAAATGAAGCATAATACCAATGCTTGGAAGTATGTTTTGTCAAACTCAAATTTTCAACAAATGCTTATTATTGAGTTGGAATAAACAAATGTCTAATTTTATTTTAAGTAACATCATTTGTGGAAAATGGCTGTTTGTATAGAAGCAAGCCTAAGGACAATAAGAATCAAACTTCTCTAACACATTTAGGAGTTATTTAAATTCCTTGCCAGTAAGTGAGGTGCAAATACCTTTAACTATAAGTAAGTAAAATTAATTATATTAAACTTACTTAATTTCCTAATTAAACCATTTAACATCTAATTCTTAAAGATAATAGCTATTAGTATACTGTTCTTACTAGGGAAAGCTTGATTTACAAGCATGTTCACAAAGTCAATACCCACGTCTCAAATATTGAATTCCAATTTATTTTCAGTTTCTCTCATTGTCCTGGTTAGCTTTGCATATCAATTTGACACAGACTGGAATCAGCTGAAAAAGAGTCCTGATAGAGTAATTGTCCATATTAGATTTGTGTGTTGGTATATGAGAGAAATTGTCTTGATTGATAAGAGATGTAGGATGTCCACTATGGGTGATAACATTCCCTTGGTAGAATGCCCTGACCTGTAGAAGGAAACTAGCAGAACAAGAGGTGGAGCAAGCAAGAGAATGAGGCAGAAACCAGTTCCTTCATGTTTCTACTCTGACTTCCTTCAACGTAGACCAAGACCCATGAGTGAAAGATAATAAAACAAAGTTTTCCTCACTTAAATTGCCTTTTGTTCATGATGTTTGTCATAGCAACAGAAAGAAAAGCAGGACGTACCTCCATCATTTATTCTGTCCCCATCTTTATACAAACTTGCATCTGAGCCTCTTTGTAATGGTGGCTTCTTACATTGTGCTTTTGTGCTGACTCCTAAGTGCGTACCAGATGCCTCATCCCTACTAAAGTCCCTAGGCTTGACTCAGGGGACCTTGTGTTCTCAAAAATGATATTAATTAAAGGCAGAACCATGCTTCCATGAAGGCATGAAGAATTAAAGAAGAACCCAGGCCCGGGGCTGGTTTGCCCAAATGCATGAATGGTTAAGGCAGAACAATGATGGTTGGTCACTGAGAACTGACTGTGGCGAAAGGGGTGGGTGTATGCACTGAGAGGCGGGAAGAAAGAAGTGTGTTATACCACCACACGCCTGACAAGAAGCCACTGGGAGAGTAGGCAACCCTCTGGCAACTCGAGGGGGAAGGCTTTCCACTTGCTCATTGATTAGAGAGGACATAGTTGATCCTGATGGGGAGACATTGCATCAAGAGGAATTGTCGGCGGTGGAGTGAGCATAGCTTGCCCACAGTCGATCCAATCAGAAAGATGACGAGCAAAGTGTGGGTGCCTCACTGGCTTTCTTCTTTGTTCTTTTGTGTTCGGTCTGAGATCCCATGTCATAGGATGGCACAAGCCATACTCATGGGGGGGGGGTTATCCCCCTCAGCTATCCCTTTCAGGTAGCACCCTCACAAATACACTCGGGGTGAGCTTCATCAAATCCTAGACATTTTTAAAACTATTCGAACTGACAATCCAAGTGAATAATTACACTGCCTTGCCAAAGTTTGCTGTTCCAGTTTGCTTATCTTCAATCTTAATTTTCTAAGCACTCTTTTTATTAATTTAGAACAAAAGATTCTGGGGAGATGGGGTGAAAATCTCCTATTGTGGGTCGTAGCCAGTGTTATAGTGTTTGTACAAGGAAACGGTTCACAGTTTACTGTAGCTGGACCTGGAGATTGTAGAGAATTGCCAGTCCCACTTAGAGAAGATAATCATGTCTGTTTGGGCTGGTTGCTATAAAACATAAGAAACTCCAAGGTGAGAGGATTGTTGCACTTCTGACTACTTTGTTGCACATGTGAGCTACTTTGTCAACACACTCAGTTGTCTCTGTGATTGTTCGCTGAGCTGTCAGCATTACCCTCCTGGGCTGGTGGGTTGCTCAGCTCACCCACTCTCCAAAGCAGCATGCACAATGGGAATGGCACATGCGCACACAGTGGACAGATCTGTATTCCAATGTGTGCACACTTGTTAACTCCAAGCAGAGTCTCGTTGCCTTCAGCTCCGTGTAGCTCCTTTGATTCCTAAGTCTCCTAATCTTCATACAATTAGTGTTATTCATTTCAAGGAGAAAGGTCACCTTTTCTTTCTACTTAATTAAGTTTGGTTATCTAATTACAACCGTGTAAGAAGTGTGGTGCAGCTTTGACAGTTCTGTCACCATGAGGGCTACATGGGGATTTTAATGGCGAGCAAACCCTGTGTCTAGGGCTAAAGGACAAATGGCGATTTCCCTTTGGCAGCAGGGCTGTTTCAGCCAGGACACTGAATCTGAGTCTTCCTTGCCTGACTGTAGGTTGTGGCTGCTCAATTTCTAGGGGTGTTTTCTGAGGGAACATAGATTTGGAAAGAACACTGCATTTGCATTCCACACACACTCTTTTGTACAACTTCTCTTTTATGACACCACCGGAAAAGAACAAAACAGCAAAGCCTTCATGGTTTCATTGCTCAAGTGTCAGAATAATGTGTTTTGAGTAATCTGCAGAAGTAACCTGGACATAAAATTACAGGTATTCACATAAAATAGTTCCCAGTCTAATAAGAACAACTAACTCCTAGGCCGGCCCCATGTTACTGCTTCTAGCAGGACAGAATG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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000039607:ENSMUST00000111773:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.008 A=NA C2=0.608
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types